Basic Information

Symbol
POPDC1
RNA class
mRNA
Alias
Popeye Domain CAMP Effector 1 POP1 HBVES BVES Popeye Domain-Containing Protein 1 Blood Vessel Epicardial Substance Popeye Domain Containing 1 Popeye Protein 1 LGMDR25 CARICK LGMD2X
Location (GRCh38)
6:105096822-105137216
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001199563.2
Sequence length
5550.0 nt
GC content
0.4243

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1743.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1852.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1265.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.((((((.((((..((((((..((((.((((..((...))..)))).).))))))).))...(((((.(((((((..((......)).)))))))))))))))).).))))))))....(((.((((..((((...)))).))))))).(((.((((.(((....)))...)))))))....((((...))))...(((((.((((...(((((..((((((..((((((((((((..(((..............)))....)))))))..(((((((((((((((.((.((((((((((((........)).)))))))))))).)).(((((.......)))))(((((((........))))))).(((((.(((..((((...(((.((((((((.........)))))))).)))....(((((((....((((((.((......)))).))))..)))))))((((((((((..(((.((((((.....((((..((((((....(((.(.((((......)))).).)))..)))))).))))..)))))).)))(((.(.(((((((.(.............).))).)))).))))((.((((((((........)))))))).)).((((((......((((....)))).......))))))((((((((((....((((.((.(..((((.((......((((((...))))))....)).))))..).)).))))..)))))))))).....((((((..(((((.....(((((((....))))))).(((......))))))))..))))))...)))))))))).......(((((.......)))))......))))..))).)))))(((((((..(((((.(((((....)))))........))))).))))))).))..)))))))))))................(((....(((((................)))))......))).....(((((......))))).....((((....)))).......((((((((.((((((((((((..(((((.((((((((((((((((.(((((((....((......((((........(((((.........))))).....))))))....))))))))).(((..((((..............(((.((((..((((..((((.((.........)).))))..(((.....)))......))))..)))))))((((((.(((((..(((((.....((((((((((((((((((((..(((...(((((..(((((((........((((((....))))))..(((......)))....).))))))((((...(((((((((..((((((((((..(((.((((((....))))))))))))))))....(((((((.......(((((.....))))).......))))))).((((((((((..(((((((((((((...((((.((((.....))))......(((((.......)))))((((((.((....((.((.((((((((.(((((((.(((((((((((((...(((((((((...((((((.....((((((.....((((((((((.....))))))))))..((((.......)))).....(.((((((((.................(((((..........)))))...........((((.....((((....((((((((((((.........(((.(((((((((....))))))))).))).((((((.(((............(((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((.....(((..((((((((((..(((.(((((((((.((((......((((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((....((((((((((((((((((((((((((.........(((((((((((((((..(((((((..(((((.((((((.((.((((((..((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.(.(((((((((...(((((((((.((((((.........)))))).......((((((((((.((((.....)))).))))))))))..)))))..(((((...................)))))....)))).(((((((((((((((.((...((((....................(((.......))).....((((((((.....(((((.(((((((....(((.........)))..))))))).))))).(((.....)))(((((((.....(((((((((((((((...)))).)))((((.(.(.(((((((((((.....)))))......))))))).).))))))))))))...)))))))((((((..((.((((((((((.............)))))))))).))))))))..((((......)))).............(((((((((..(((.......(((((((((((((((((..((((...((((.(........).))))....))))..))(((((((((((((...))).))....((((((.(((...)))..))).)))((.(((((.(((((.........)).))).))))).))..))))))))...))))))))))((((((.....((((..((((((((.(((((((((((...)))))).))))))))))))).))))........(((((((.....(((((((((...)))))).)))......)))))))))))))......))))))))...)))).)))))....))))))))........))))...)).))))).(((((((((((.((((((..........(((((.....(((((((((((....(((((.(((.(..........)))).))))))))))))))))..........(((...(((..((((...))))..)))...)))..)))))..........)))))))))))...)))))).))))))))))....((..(((((((.............((((((........))))))((((((.......)))))).)))))))..))))))))))).).))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))...))..)))))).)).)))))).)))))..)))))))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))....))))))))))))))))))).).))))))))))))))))......)))).))))))))).)))..))))))))))..))).....))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))))(((((((.((((((....((((.((....(((((.(((((..(((...)))..)))))....)))))..)).))))..)))))).).)))))).(((((.........)))))(((((((((...........(((.((....))...)))...........)))))))))(((((......)))))..(((.((((((..((((((......(((((((.....))))))).((((...))))..))))))....)))).)).)))................(((((.(((......((((...)))).....))).))))).....))).))))))(((.(((......))).)))...((((((((.....((((((....(((.(((((...))))))))...)))))).......)))))))).....))))))))))))....)))).....))))((((((....(((.......)))))))))..........)))))))).))))))).....)))))).....................))))))))).....)))...))))))........)))).)))))))......)))))).)).)).))))))))))((((...))))(((((...((((((((....)))))))))))))(((((.(((((.........))))).)))))........(((((.((((((((..((((.(((((((.....))))))))))).....))))..((((((.......))))))....))))..)))))...(((((((((((((((...........(((.......)))...........))))))))....)))))))....((((((((.((..(((.(((((.(((..(((((((((((......))).))))))))..............))).))))).))))))))))))).....))))....)))))))))))))..)).))))..)))).............((((((.................))))))....)))..)))))))))...))))..))))).)))..)))..)))))))))).)))))))(((....)))...(((.....))).......(((..(((.....)))..)))))))).))))))))))).........(((((((((..........)).)))))))))))..)))......(((...))).....))))))..))))).)))..))))).....(((((((((..((((......))))..((((((.........))))))..((((((....))))))..))))))))).......))))))))..((((..(((((...))))).))))..(((((((((((((((((........))))((((((((............))))))))......(((....)))...((((...((.(((((...))))).))......)))).((((((((((...)))))))))).....))).))).)))))))..((........))....))))))))))))...((((....)))).......))))).)))))).(((........))).((((....)))))))))..)))).)))))(((((.((((((((((((((((.......)))))))))....)))...((((((.....)))))).....((((((.((....)).))))))..)))).)))))....(((((((((..(((((((.......)))))))........(((((((((....(((((...)))))))))))))).((((((....(((.(((((..(((((....(((((..(((((((((.(((......)).).)))))))))..)))))..)))))..))))))))...........))))))........((((((((...)))))))).))))))))).............(((((......)))))))..))))))........(((((.....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..(((.,,(((({,(({..({((((||(((({(({{((((({.((...(((,(,{,{{{,{.((.(((((({.(((((((..{{......)}.))))))))))))})})}),,.,))).}).)}}))}{|{|,,||{,...,})),)))))}}}))}.|||||{{,,,,.))).,,,)))))},...({{,...,))}......,,.,|}}}}}}}.,,,,((.({({{((((((((((((..,,.,,|{({{,,{({..|{{,....,.|{{,..((((((((((({{,{.{(((((((((((({{,,......)).))))))))))))),..(((((.......)))))(((((((........))))))).(((((.(((..((((.{,(((.((((((((.........)))))))).})}....(((((((....((({{((((......)).)}))))..)))))))((((((((((..(((.((((((.....((((..{((({{,,{.(((.,.((((,.....}))),),))).}))}))}.))))..)))))).))),((.{.(((((((.(...{,....,,..}.))).))))..}}|((.((((((((........)))))))).)}.((((((......((((....)))).......))))))((((((((((....((((.((.(,.((((.((......((((((...))))))....)).)))),,,.)).))))..)))))))))).....((((((..(((((.....(((((((....))))))).{,,......)),)))))..))))))...))))))))))......,(((((.......))))),.....))))..))).)))))(((((((..(((((.,{(((....)))),........))))).))))))).))}.)))))))))))...}}}.......,,.|,}}},,|||{{,,,,|....,...,...,|||......|||.....{((((,....,))))|,(((((((((((({{.,{{{((({((((((((.((((((((((((.,(((((,((((((((((((((,{.(((((((....((......((((........(((((.........))))).....))))}}....)))))))}}.{{{..{{{{...,,.........{||.((((..((((,,({((.{({,,.,,.,.,}.}}}}..|||...,.,}}...}},))))..))))}},((((((.(((((..((((({,,,.((((((((((((((((((((,{(({.,,(((({...,{{{{,.,,....,{{||{|,,,,})}},,..||{...,,,)),.,,.,,|}}}},((((.||((((((((({{(,((((((((((.((((((..(((.((({.((((({..{{{,,,..(((((((.......(((((.....))))).......)))))))...{((((((((((((((((({{{{({{{..,.,{,,,.....))))}}},..(((((.......))))},,,,,,(({.......,,|}}.......,,,,,.......((((((((({..(((((((((.,.(({(((..,{{((,,..,}},,{||||{{{{{.....)))))))))},,,,,....}}..}},,...|||,(((((({(|,....,,.....,,..(((({..........}))))...........,,{{,,...((((....((((((((((((.........{{(,((((((({,....))))))))).,,,.((((((.(((...,{{,,....(((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((.....(((..((((((((((,.(((.(((((((((.((((.,..,,{(((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((....((((((((((((((((((((((((({......,,.(((((((((((((((..(((((((..(((((.((((((.((.((((((..((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.(.(((((((((.,.(((((((((.((((((,........)))))).......((((((((((.((((.....||}}.}}}}}}}}}}..})))).,|||{|....,||,,|||,,,,||,}.}}}....))}|.{{{{|{||{{{{{{{.,,.,{(((({{{{{{.{{{({.........,,.......,}},,,{,{,,,,,||,,...(((((.(((((((,...(((.........))).,))))))).))))).{({,....}}}(((((((...,.(((((((((((((({...}))).))}((((.(.(.(((((((((((,....})))}.....,))))))).).))))))))))))...)))))))((((((..{(.((((((((((...........,.)))))))))).}}))))))..||||}}}}}.,,,,}))}}}}}.,,||(({(((,...,}}}}}},,...,,,,|||||||{{(((..((((...((((.(........).))))....))))..))|{(((((.((((((.((...(((.....)}}.)).))).))).})))}|||||,(({{{.|||,|,,,,.....}},))).}}))),}|||||||,.||,{{|||}|||}||(((((({{...((((..((((((((.((((({(((({...}))))}.))))))))))))).))))}}}...{.(((((((.....(((((((({...}))))).)))......)))))))})))},|,{{{{{{{{|{||.,,|}},,}}},.....},,,})))}......,}}}}...,},|||||.(((((((((({{((((((...,{((...{{{||,,...(((((((((((,...,((((.(((.{..........}))).)))))))))))))))).......,,.,{({{{,,,,}|||,.,,|}||,|}}|,,.,....)))))...,}},...)))))))))))...)))))}.}})),}||||...{((..,,|||,,.}}}}.....,}}||{||||}}}|.,|},}}}}{||||{.,...}})))))).,))))))}.},))))))))).).))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))...))..)))))).)).)))))).)))))..)))))))..))))))))))))))),))))))))))))))))))))))))))....))))))))))))))))))).).)))))))))))))))),...,.)))).))))))))).))).,))))))))))..))).....))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))))(((((((.((((((....((((.((....(((((.(((((..(({...}))..)))))....)))))..)).))))..)))))).).)))))).(((((.........))))}{{((((((..{,....(((.((((((....(((((((....,,...,}....)))))))..,|(({{{((({,{{,{....,}||||,|||{,...,,{{{{{{{{{...,,))}}}))}|,||}}.,,)),}|}}||}}}}})))))).))).....,,,,,.,,,.{{{......}}}.,,}.|||}}}...,...,,)))))).)))}}}}.))).)))))),{(.(((.....,))).}}},{{(.((((((....}))}}|...}}||,.(((({...}))))|||.,,.|||||,,.....})}))}}},,...))))))))))))....)))).....)))),|||||}},..{{,,,,,|,,||,)))))...,}}},,.)))))))).}}}|||},..{,|}}}}}.....................)))))))))..}}.}}),,,)}))))})))))}}},)).})))))),{{{{{,,,,,,}))},)))))).}))).))).((((((((((((,..((((((((....))))))))..{{,(((((.(((((.........))))).))))}...,,...,{(((.(((((((,..((((.(((((((.....))))))))))).,,..,,}}..((((((.......))))))....))))..))))))),}))))))))....,{(({{....(((((.((((((((((((((({.{{{,{{{{{{{....,,,.(((((..{({...((((((...(((.((((......(((((((((((......))).)))))))))))}.)))....))))))..})).)))))}}}}},....,.}}))))).))))))...))))).)))))....}))),,.....,,,,,......}}},,)))))).)))).,.......}))))),}}))))))))).,,))))..,,}}}.,,,..))}..)))))))))).))))))),,|.,,,)||.(.(((.....))).,.....,{{..(((.....)))..}}}))))).))))))))))).........(((((((((,.........)).)))))))))))..})).,{,{.(((...)))..}}})}})))}.)))))},)).,))))),....(((((((((..((((......))))..((((((.........))))))..((((((....))))))..)))))))))...,...)))))))),.((((..(((((...))))).)))),.(((((((((((((((((........))))((((((((............)))))))),.,{..(((....)))..,|,,....||.(((({...})))),||......))),.((((((((((...)))))))))).....))).))),}))))))..((........,}....))))))))))))...((((....)))).....{((.(({........}}}},}.,...,.,.((({....)))).)))).})),)}.))))))))).))).|||(((((((((.......)))))))))}|,,}}}...((((((.....)))))}....}}})))).,....}))})),)){(((((...........)))))},,{{((((...|,,,||{|{{,{{.|,.....,,,||,|||||}...,,,,|},}}}..}||||}}}}}.|||.,,,,..||},||,||,.,,,,({{{.((((((((,(((((({.((((((..((((({.,,,.|{{{,..,||}|||||}}...{(((((..(((......)))..)))))).......,|||},,,}}}}})))))).,)))))).)}}}},..,,.,,.}))))))).)))}))).))))))........(((((.....))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199563.2 NCBI
AGUCAAAGCGGCUGCGGGCUUGGGGACCCGGCCCGGGCAGCGGAGCUUC… 5550 nt 0.4243
NM_007073.4 NCBI
CAGGCAGCCCCAGCGUCCCCGGGCCCUCGGCCCCACCGAGUGCCGGCUC… 5469 nt 0.4151
NM_147147.4 NCBI
GGAGAGCGCCGAUGGCUGGGGACCCGAGGUCCGCGCCACCCACCCGCAA… 5509 nt 0.4168
Summary

This gene encodes a member of the POP family of proteins containing three putative transmembrane domains. This gene is expressed in cardiac and skeletal muscle and may play an important role in development of these tissues. The mouse ortholog may be involved in the regeneration of adult skeletal muscle and may act as a cell adhesion molecule in coronary vasculogenesis. Three transcript variants encoding the same protein have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.