Basic Information

Symbol
POPDC2
RNA class
mRNA
Alias
Popeye Domain CAMP Effector 2 POP2 Popeye Domain-Containing Protein 2 Popeye Domain Containing 2 Popeye Protein 2
Location (GRCh38)
3:119636457-119665324
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001369919.2
Sequence length
1822.0 nt
GC content
0.5373

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-641.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -674.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 610.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001308333.2 NCBI
AUCAUUCCUUCCCAAAGCCACCGGAAGCAUUCCUUCUAGGAAAGGUGGA… 1764 nt 0.5357
NM_001369919.2 NCBI
AUCAUUCCUUCCCAAAGCCACCGGAAGCAUUCCUUCUAGGAAAGGUGGA… 1822 nt 0.5373
NM_022135.4 NCBI
AUCAUUCCUUCCCAAAGCCACCGGAAGCAUUCCUUCUAGGAAAGGUGGA… 1681 nt 0.5396
Summary

This gene encodes a member of the POP family of proteins which contain three putative transmembrane domains. This membrane associated protein is predominantly expressed in skeletal and cardiac muscle, and may have an important function in these tissues. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem-derived iPSC neurons demonstrated that the POPDC2 was dysregulated in both cocaine use disorder (CUD) postmortem brain tissue and in isogenic iPSC-derived neurons following cocaine exposure [Mendez et al. DOI:10.3389/Fpsyt.2023.1070556].