Basic Information

Symbol
POU2AF1
RNA class
mRNA
Alias
POU Class 2 Homeobox Associating Factor 1 OCA-B OBF1 BOB1 OCT-Binding Factor 1 POU Domain Class 2-Associating Factor 1 B-Cell-Specific Coactivator OBF-1 POU Class 2 Associating Factor 1 BOB-1 POU Domain Class 2, Associating Factor 1 OBF-1 OCAB
Location (GRCh38)
11:111352255-111455630
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006235.3
Sequence length
2875.0 nt
GC content
0.5339

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1016.63 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1066.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 704.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006235.3 NCBI
AAGCGGUGGCUCCACUGGAGGAAAACACACCCCGGUCUCACAUUAAAGA… 2875 nt 0.5339
Summary

Enables transcription coactivator activity. Involved in positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Part of RNA polymerase II transcription regulator complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025] CIViC Summary for POU2AF1 Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the POU2AF1 is a protein-coding gene with a down-regulated expression pattern after death, is involved in death-inducing signaling complex assembly and immune regulation, and was used in a post-mortem interval (PMI) prediction model with a negative coefficient, contributing to a model achieving a root mean square error of 4.75 hours [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z]. In a separate study in Sprague-Dawley rats, the POU2AF1 was identified as a differentially expressed mRNA present in multiple gene sets (A, C, and D) for wound age estimation following skeletal muscle contusion, and its expression profile contributed to a Random Forest classification model achieving 85.71% accuracy in external validation [Ren et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2022.102722].