Basic Information

Symbol
POU2F2
RNA class
mRNA
Alias
POU Class 2 Homeobox 2 OCT2 Octamer-Binding Transcription Factor 2 OTF2 Lymphoid-Restricted Immunoglobulin Octamer-Binding Protein NF-A2 POU Domain, Class 2, Transcription Factor 2 Octamer-Binding Protein 2 Oct-2 POU Domain Class 2, Transcription Factor 2 Homeobox Protein OTF-2
Location (GRCh38)
19:42086110-42196585
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001394376.1
Sequence length
7057.0 nt
GC content
0.5487

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2678.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2796.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1480.18
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001207025.4 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 6917 nt 0.5476
NM_001207026.3 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 7394 nt 0.5523
NM_001247994.3 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 6733 nt 0.5430
NM_001393934.1 NCBI
AGAGCAGCGCCAGCAGCAGGCAGCGAGCGGGCGCGGGAGCGGGAGCGGG… 7458 nt 0.5569
NM_001393935.1 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 7009 nt 0.5472
NM_001393936.1 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 6943 nt 0.5463
NM_001394376.1 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 7057 nt 0.5487
NM_001394377.1 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 7214 nt 0.5542
NM_001394378.1 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 7166 nt 0.5527
NM_002698.6 NCBI
ACAGUUGUUCCCCCAGCCCUGGCGGGGCGGGCAGCAUGGUUCACUCCAG… 6869 nt 0.5461
Summary

The protein encoded by this gene is a homeobox-containing transcription factor of the POU domain family. The encoded protein binds the octamer sequence 5'-ATTTGCAT-3', a common transcription factor binding site in immunoglobulin gene promoters. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2011] CIViC Summary for POU2F2 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that following clodronate pre-treatment and controlled cortical impact brain injury, monocytes exhibited reduced expression of the transcription factor Pou2f2, indicating a restriction in their conversion from a classical to a non-classical phenotype [Gudenschwager Basso et al. DOI:10.1186/s12974-024-03032-8]. This transcriptional shift was part of a broader emergence of distinct monocyte subsets, including immunoregulatory and neutrophil-like populations, which were associated with neuroprotective outcomes such as reduced lesion volume and attenuated neuroinflammation.