Basic Information

Symbol
POU3F2
RNA class
mRNA
Alias
POU Class 3 Homeobox 2 BRN2 OCT7 POUF3 OTF7 Nervous System-Specific Octamer-Binding Transcription Factor N-Oct-3 Brain-Specific Homeobox/POU Domain Protein 2 POU Domain, Class 3, Transcription Factor 2 Octamer-Binding Transcription Factor 7 Octamer-Binding Protein 7 Brain-2 OTF-7 Brn-2 Oct-7 POU Domain Class 3, Transcription Factor 2 N-Oct3
Location (GRCh38)
6:98834574-98839458
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005604.4
Sequence length
4885.0 nt
GC content
0.4671

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1634.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1721.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1073.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((.(((..(((((((((..((.(....).))((((.(((((((.((((((.(.((((((((.((.((((((((.(....(((.((.(((((((((((((((((((..((.((.(((((..((.((.......)).((.(((((..(....((((((......)))))))..)))))))(((((((..(.((..((((.(.((..(((((..(..(..(((((((((((.((((..........)))).....)).)))))))))..)..)..)))))..)).).)))).....))....)..)))))))..............)))))).).)).))..))))))).(((((((((((..(.(((((((((((.(((.((....(((((.......)))))..)))))..)))...(((((((((.(....))))))))))((((...((....)))))).((((((((((((.(((((...((((...((((((((((((.((((((((((((((((((.((((.(.(((..(((((.((((..(((((((.(((((((..(((((..((((((((..(((((....((((..............))))...((((((((((((.(((((((((((.(.((((.((((((.((((.....)))))))))).((.((....)).)).((....))....((.((.((..(.((.((....)).)).)..)).)).))....(((((((((((....((((.....))))(((..((.((((((((...)))))...))).)))))))))))))))).......((((((.......))))))))))...).))))).)))))).......(((((((....((.....))....)))))))((((((.((...)).)))))))))))))))))))).)))..))))...))))..)))))......))))).)).)).)))))..)))).))))).))).).)).)).)))))))))))))))))).)))).((((.(((((((....))))))).)).)).....((((..(((..(((((.(.....).)))))..))).........(((((((..((.((....)).))))))))).....((((.....)))).)))).))))))))..((((.((((..((((....(((.((((((((.(.((.(...((.(((((((........))))))).)).))).).))))))))))).......(((((((((...))))).))))(((.(((.....))).))).))))..))))...))))...........(((.((((....))))..)))......))))...)))))...)))))))))...(((((((.(((.(.((.((((....))))))))))))))))))))(((((..(((((((((.((.....(((((...)))))..)).))))))))).....)))))((((((........))))))...............(((((...))))).....)))))))).)..)).)))))))))(((((((......))))).)).((((....))))....)))))))))(((........)))((((((((((..((((.....))))))))))))))))).)))))..)))))))))..)).)))))))).).)))..)))))))))))))).((((((((((((((((.(((((.....(((((...............))))).....)))))............(((((((..(((.(((((((((((.((......)).))))...))))))).)))..)))..))))...((((.((((((.(((.(((((((((((.(((.((.((((((....((((.....((((.(.(((((((((((((((((((.((((.......(((.........................)))......(((((((........((((((((((....(((((....((.((((.......)))))).)))))))))))))))....))))))).((.....(((((((.(...........).))))))).....))..(((((((......)))))))(((((((..((((((.((((((((((((((....)))))..(((((((((((................((((.(((((((((.((((((((((...((.((((((((((...........((((((...((..((((.....))))))))))))...............((((((((((....(((((..(..((((((...........))))))..)....)))))))).))))))).................)))))))))).))....))))...)))))).).)))))))).))))..)))))))))))..((.....))(((((....))))).....(((.....)))................((((((.......))))))....)))))))))))))))..)))))))....((((((((....(((((((.(((((.........(((((((.....))).)))).((((((((((...((...((....(((((((((....((((.....(((((((.......)))))))((((((((((..((....(((((((........(((((((((((((......((((....)))))))))....))))))))..(((((................))))).........(((((....)))))..........((((((.......((((((((......))))))))....))))))....((((((((((......((((((........)))))).........))))))))))...........((((((((((.....)))))..))).))..(((((.....))))).......(((((.....)))))......((((((....))))))......)))))))..))))))))))))....)))))))))))))...))...))..))))))))))..............)))))..)))))))..))))))))((((....(((...(((((((((...((((.(((((...(((((((.......((((((((....((((...((.((((((((((((((......))))......(((((.......))))).....(((((....)))))...................(((.(......).)))..........)))))))))).)).))))....))))))))....)))))))...))))).........((((((((..((((((.(((((((((...((((((....))))))..(((((((((((.((.....(((((((....((((((((((.(((..............(((((((..((((.((.((.((...........)))).)).)))).)))))))...((((..(((...(((((........))))))))..))))(((((((..............(((((((((((.((((((((((.((((((.((((...(((.((((((.......)))))).))).....)))).)).)))).))))))(((.....)))..(((((((((..(((((....))))).....))).))))))(((.(((((((((((.....(((((.(((((((..((....))..))))))))))))....(((..(((........))).))).))).)))))))))))........((((((((...((((.(((((.....))))))))).)))))))))))).)))))))))))((.(((.(((((.(((((..(((((((((((((((..(((((....)))))...((((...(((...((((.......)))))))...))))..)))))).)))))))))))))).))))).))).)).(((((((((..(((((...)))))....)))))))))....(((((((..........((((((((.....(((((((.((((((((.................))))))))..(((((((...(((((....)))))....)))))))........)))))))...(((((((((......))))).)))).((((((((.........))))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))))))...)))))))..((((((((((((((...((((....((((((.....))))))....))))....))))))))))).)))))..)))))))))))...........))))))))).))))))..)))))))).....)))).))))))))).)))..))))......((((.(((((((((((((((....((((.....))))...))))))).)))..))))).))))..))))...)))))))))))))...(((((....)).))).)))))).))))).....)).))..)))))))).).))))))))))))).......(((((..(((.((((...(((((....))))).)))).)))..)))))......)))))))))))))((((((.((((...)))))))))).........((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))...((((....)))).....)))).(((((.(((......))).)))))))))))))))))))))............)))))))))..)))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.....,|||(((({,,{((((({...,,((((.(((((((({({(((.(.((((((((.((.((((((((.(....(((.((.(((((((((((((((((((..((.((.(({(({,(,.({.{{....||.((.(((((..(....((((((......)))))))..)))))))(((((((..(..,,,((((.{.((..(((((..(..(..(((((((((((.,(({..........,,,,.....)).)))))))))..)..)..)))))..)).,.)))).....)).,..)..))))))),,,,....,}},}.))))))}).)).))..))))))).,((((((((((..(.(((((((((({.,{{.{{.{{{(,((({{{{{{.|}|||..}))),,,))},,.(((((((((.(....))))))))))((((...((....)})))).,{{(((((((((.(((((...(((({({(({(({.{((((.((((((((((((((((((.((((.(,,(({.(((((.((((..(((((((.(((((((..(((((..((((((((..(((((,,..((((..,........,..))))..,((((((((((((.(((((((((((.(.((((.((((((.((((.....)))))))))).((.((....)).)).((....}}....||.((.((....||.{{....}}.||.|,.)).)).||....(((((((((((....((((.....))))(((..((.((((((((...)))))...))).)))))))))))))))).,.,,..((((((.......))))))))))...).)))))}}))))).......(((((((....((.....))....)))))))((((((.{,..,)),)))))})))))))))))))),}))..))))...))))..)))))......))))).)).)).)))))..)))).))))).))).).)).)).)))))))))))))))))).)))).((((((((((((....))))))).,..,,..}}}||{,..(((..(((((.{.....}.)))))..)))..}}}.,},|{(((((..((.{{....)).)))))))}}.....((((.....)))).||}}.((((((((({,(({.((((..{{.,....((,,((((((((.{.((.{,,.((.(((((((........))))))).)).|)).}.)))))))))))..,,,..{((({((((...})))).))))|||,||{},,..}}}})))..))})))))))))).})..........,(((.((((....))))..))),.....))))...)))))...)))))))))...{((((({.,(({({,..,|||}}...,,,))))),}}))))))))||{{{..{((((((((.((.....(((((...)))))..)}.))))))))).,...|||,}((((((........)))))}..............,{{{((,..))))),,})))))))))).)..)).))))))))|({(((((......))))).)).((((....))))....))))))))|(((........)))|(((((((((..((((.....))))))))))))))))).)))))..)))))))))..)).)))))))).),)))..,)))))))))))))..{{{,,,,||{,,,,,.|||||}}.}}||||,...............,,,,|{{,,,||||{{{{......(((((,(,(({.(((.,,,|||||||,}||}}....,,.))))},.,))))))},,|,,|},.{||||(((,,(((((((,((((,.((((((((((({((({,(,((((({{.(({{{,,(,,,{{{((,{(((.{,((({{((((((((,{(((,..,{,,,,{(((,,,.,.,,,....,,.{{.....(({{{,,,(((((,({(({{...((((((((((....(((((....{(.((((.......)))))}.)))))))))))))))..,.|||},||{{{....,(((((((,(,..........|.}}}}}}}.....,{{,(((((((......)))))))||((({(..{{{{{,,{{{(((({((((({....}))))|,{|{{,||||||},,|||{(({{.,,..{{{,.|||||||||}|,,|}))}}}},,|,,|||||||{{{.,.,,,,,,,,(((((((({{(..((((|...}))))}))))))|.......,,,.....||||||||{{|,,,|{||{,,{,,|{{{{{.,,,,,,,,..}})))),,).,,,)))}}|||.}}|||||{,.,{{{{.........|||}}|}}}||||{{{.||,....,,,,,,,},||}|||}{{{....})))))})))}}..((.....},(((((....))))).,,,,|||,||,{||||.........,.,,..((((((.......))))))....}))}}}))}}})))).,))})})},,,,((((((((....(((((((.(((({.........{{,{(((.....)))},))}.((((((((((...((...((,...(((((((((....((((.....{((((((.......))))))|(((((((((({.{{....(((((((......,.(((((((((((((......((((....)))))))))....))))))))..(((((....,......,}...))))).........{((((....))))),..,.,,,,|{||||,......,((((((((......)))))))).....(((......((((((((((....,.((((((........)))))).........))))))))))..,,..)))..((((((((((,...,)))))..))).))..{{{((.....)))}}.......(((((.....)))))......((((({....})))))......}}})))),.})))))))))))....)))))))))))))...))...))..)))))))))}..............)))))..)))))))..)))))))),,{{....((({{{{(((({{{{.,,((((,(,(((...{|||,||.|},,,,{{{{{{{{....{{{{...{{,{{{{,{{{|{||{{......)))),,,|,.(((((.......)))))..,,.(((((....)))))...........,,......(((.(......).)))....}}},,.,)))}}||||.,,.,}}),,..))))))))}}}}))))))},}}))))),|,,,,...{(((((((..((((((.(((((((((...((((((....))))))..(((((((((((.((,...,(((((((.,..((((((((((((((..,{{,,...|||,{((((({..{(((,(,.,(,((..,..}|||..,,},,)).},}).))))))),,}|{{{..{{{.,{(((((........)))))))}..}}}|(((((((..{{{....,,.,{(((((((((((.((({((((((.((((((.((((...(((.((((((......,)))))).))).....)))).)).)))).))))))(((.....)))..(((((({((..(((({....})))).....))).)))))){((.(((((((((((.....(((({{(((((((..((....))..))))))))))))....(((..(((........))).))).))),})))))))))}........{(((((((...((((.(((((.....))))})))).))))))}}}))).))))))))))}}},{{{.(((((.((((,.,((((((((({(((({..,({({....,|}||...,||,...,|,.....,,,,{(,,,{}},,.,}}})))}..}))))).)))))))))))))).))))).})}.|{{(((((((((..{{{{{...}}}}}....))))))))).}},{{{{{{,..........((((((((....{(((((((.((((((((.................))))))))..(((((((...{((((,...})))),,..)))))))........)))))},,}}(((((((((......))))),}))).((((((((.........)))))))))))))))),))))))))))))),..)))))))))))))...))))))),}|{{(((((((((((...((((....((((((.....))))))....))))....))))))))))).}})))..)))))))))))...........))))))))).))))))..)))))))}.....}))),}}}}}}}}}.,,,..,,.,,.....{(({.(((((((((((((((....((((.....))))...))))))).)))..))))).}))),,}})}...))))))))))))).,,}},,,,},,}.,}}}}))},,}}})))}.....}||{||{,,,,..))}))),,)))))))))).......,{{{{..{((.((((...(((({....})))).)))).))}..}|||(((,,,.,...}}}}}},,|||||||.,,,.....,||||||||{{.......{((({{{{.(((((((((((....)))))))))))}}}}.,,((({....}))).....)))).(((((.(((......))).))))).,,,,}}}},,)))))))))}.,}.})})))))))))}})))))..............,,,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005604.4 NCBI
AGAGAGCUGGAGAGAGCAGGGAGAGGGGGGAGCGCCGAGCUAGUCAGAG… 4885 nt 0.4671
Summary

This gene encodes a member of the POU-III class of neural transcription factors. The encoded protein is involved in neuronal differentiation and enhances the activation of corticotropin-releasing hormone regulated genes. Overexpression of this protein is associated with an increase in the proliferation of melanoma cells. [provided by RefSeq, Mar 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the transcription factor POU3F2 was enriched in dopaminergic neurons of the ventral tegmental area specifically during the addicting phase of nicotine self-administration and was identified as a key regulator in pseudotime expression clusters associated with neurotransmitter phenotype switching [Fan et al. DOI:10.1016/J.Jgg.2024.08.009].