Basic Information

Symbol
POU5F1
RNA class
mRNA
Alias
POU Class 5 Homeobox 1 OCT3 Oct3/4 OCT-4 Oct4 OTF3 POU Domain, Class 5, Transcription Factor 1 Octamer-Binding Transcription Factor 3 Octamer-Binding Protein 3 Octamer-Binding Protein 4 MGC22487 OTF-3 Oct-3 POU-Type Homeodomain-Containing DNA-Binding Protein POU Domain Class 5, Transcription Factor 1 POU Domain Transcription Factor OCT4 OCT4Borf1 Oct-4 OTF4 OCT4
Location (GRCh38)
6:31164337-31180731
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002701.6
Sequence length
1409.0 nt
GC content
0.5784

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-605.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -627.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 265.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001173531.3 NCBI
GGAAAAAAGGAAAGUGCACUUGGAAGAGAUCCAAGUGGGCAACUUGAAG… 1579 nt 0.4820
NM_001285986.2 NCBI
GGAAAAAAGGAAAGUGCACUUGGAAGAGAUCCAAGUGGGCAACUUGAAG… 2290 nt 0.4943
NM_002701.6 NCBI
GAGUAGUCCCUUCGCAAGCCCUCAUUUCACCAGGCCCCCGGCUUGGGGC… 1409 nt 0.5784
NM_203289.6 NCBI
GGAAAAAAGGAAAGUGCACUUGGAAGAGAUCCAAGUGGGCAACUUGAAG… 2065 nt 0.4847
Summary

This gene encodes a transcription factor containing a POU homeodomain that plays a key role in embryonic development and stem cell pluripotency. Aberrant expression of this gene in adult tissues is associated with tumorigenesis. This gene can participate in a translocation with the Ewing's sarcoma gene on chromosome 21, which also leads to tumor formation. Alternative splicing, as well as usage of alternative AUG and non-AUG translation initiation codons, results in multiple isoforms. One of the AUG start codons is polymorphic in human populations. Related pseudogenes have been identified on chromosomes 1, 3, 8, 10, and 12. [provided by RefSeq, Oct 2013] CIViC Summary for POU5F1 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the POU5F1 is a core regulator of pluripotency and self-renewal in neural stem cells, and its protein expression is decreased by prenatal ethanol exposure [Salem et al. DOI:10.1016/J.Ntt.2020.106943]. In canine skin, radiation therapy induced a significant and sustained decrease in Oct4 mRNA levels from weeks 1 to 9 post-exposure, correlating with reduced stem cell activity during tissue injury and recovery [Lee et al. DOI:10.3390/ani14172505].