Basic Information

Symbol
PPARD
RNA class
mRNA
Alias
Peroxisome Proliferator Activated Receptor Delta NR1C2 PPARB NUC1 Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Delta NUCII FAAR Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Beta Nuclear Receptor Subfamily 1 Group C Member 2 Nuclear Hormone Receptor 1 PPAR-Delta PPAR-Beta NUCI Peroxisome Proliferative Activated Receptor, Delta Peroxisome Proliferator Activated Receptor Beta PPARD/MYO1D Fusion
Location (GRCh38)
6:35342530-35428193
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006238.5
Sequence length
3734.0 nt
GC content
0.5913

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1502.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1565.65 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1059.59
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001171818.2 NCBI
GCGGAGCGUGUGACGCUGCGGCCGCCGCGGACCUGGGGAUUAAUGGGAA… 3830 nt 0.5901
NM_001171819.2 NCBI
GCGGAGCGUGUGACGCUGCGGCCGCCGCGGACCUGGGGAUUAAUGGGAA… 3503 nt 0.5901
NM_001171820.2 NCBI
GCGGAGCGUGUGACGCUGCGGCCGCCGCGGACCUGGGGAUUAAUGGGAA… 3440 nt 0.5907
NM_006238.5 NCBI
GCGGAGCGUGUGACGCUGCGGCCGCCGCGGACCUGGGGAUUAAUGGGAA… 3734 nt 0.5913
NM_177435.3 NCBI
GCGGAGCGUGUGACGCUGCGGCCGCCGCGGACCUGGGGAUUAAUGGGAA… 2008 nt 0.5623
Summary

This gene encodes a member of the peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) family. The encoded protein is thought to function as an integrator of transcriptional repression and nuclear receptor signaling. It may inhibit the ligand-induced transcriptional activity of peroxisome proliferator activated receptors alpha and gamma, though evidence for this effect is inconsistent. Expression of this gene in colorectal cancer cells may be variable but is typically relatively low. Knockout studies in mice suggested a role for this protein in myelination of the corpus callosum, lipid metabolism, differentiation, and epidermal cell proliferation. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct protein isoforms. [provided by RefSeq, Aug 2017]

Forensic Context

A scoping review of human twin studies found that muscle mRNA expression of the PPARD was positively associated with birth weight [Dany Laure Wadji et al. DOI:10.1371/journal.pone.0315549]. A study in mice demonstrated that the PPARD is induced in skin keratinocytes after injury via TNF-α/AP-1 signaling, where it coordinates an anti-apoptotic response via the PKB/Akt-1 pathway to promote keratinocyte survival and migration, with PPARδ-deficient mice showing delayed wound closure [Michalik, L.; Wahli, W. DOI:10.1172/JCI27958].