Basic Information

Symbol
ATF6
RNA class
mRNA
Alias
Activating Transcription Factor 6 ATP6alpha ATF6A Cyclic AMP-Dependent Transcription Factor ATF-6 Alpha CAMP-Dependent Transcription Factor ATF-6 Alpha Activating Transcription Factor 6 Alpha ATF6-Alpha ACHM7
Location (GRCh38)
1:161766261-161977574
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007348.4
Sequence length
7470.0 nt
GC content
0.4120

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2068.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2214.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2118.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001410890.1 NCBI
AGAUAUUAAUCACGGAGUUCCAGGGAGAAGGAACUUGUGAAAUGGGGGA… 7467 nt 0.4119
NM_007348.4 NCBI
AGAUAUUAAUCACGGAGUUCCAGGGAGAAGGAACUUGUGAAAUGGGGGA… 7470 nt 0.4120
Summary

This gene encodes a transcription factor that activates target genes for the unfolded protein response (UPR) during endoplasmic reticulum (ER) stress. Although it is a transcription factor, this protein is unusual in that it is synthesized as a transmembrane protein that is embedded in the ER. It functions as an ER stress sensor/transducer, and following ER stress-induced proteolysis, it functions as a nuclear transcription factor via a cis-acting ER stress response element (ERSE) that is present in the promoters of genes encoding ER chaperones. This protein has been identified as a survival factor for quiescent but not proliferative squamous carcinoma cells. There have been conflicting reports about the association of polymorphisms in this gene with diabetes in different populations, but another polymorphism has been associated with increased plasma cholesterol levels. This gene is also thought to be a potential therapeutic target for cystic fibrosis. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A longitudinal mRNA expression analysis in human post-mortem blood samples identified the ATF6 as a gene with a negative coefficient in a post-mortem interval (PMI) prediction model, indicating its down-regulated expression pattern is associated with increasing PMI [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z].