Basic Information

Symbol
PPIA
RNA class
mRNA
Alias
Peptidylprolyl Isomerase A CYPA Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase A Cyclosporin A-Binding Protein Cyclophilin A Rotamase A EC 5.2.1.8 PPIase A Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Li 69p Peptidylprolyl Isomerase A (Cyclophilin A) T Cell Cyclophilin HEL-S-69p CYPH
Location (GRCh38)
7:44796678-44824564
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021130.5
Sequence length
2237.0 nt
GC content
0.4595

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-784.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -818.65 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 408.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((((((((..((((.((((((..........))))))..........(((((....))))).((((....))))(((((((((.((((....((((((..(((((((...(((...)))....)))))))......((((((((((...))))).))))).))))))..))))..)))))))))(((......))).....))))..)))....((((((..((((((........))))))..)))))).))))))..))).....(((((((((..((((((((((.((((((((.((((((((....((((((.(((((.(((((...))))))))))))))))....((((((.(((((.......((((.((..((((((((((..(((.(((.....))).)))..))).)))))))(((((((((((((((((........(((((.((((((((.(...(((...((((((((......((((((...........)))))).((((((((((.(((((....))))).))))............))).))).)))))))).(((((((....((((((((..............((((...)))).............)))))))))))))))..)))...).)))))))).)))))...........))))))).((((...((.((((((((((.........(((((((((..(((..(((((.((...(((....)))....)).)))))...)))..)))))))))((.(((((....))))).)).(((((.....))))))))))))))).)))))).........))))))))))(((.......)))((((((((.(((((((..((....(((.(((((((.(((........(((..(((((((((((.(((((((((.......(((((((((.....((.((((((..((((((..((((((((((((.(((.((.(((((((.((((((.(((.(((((((((((((..(((.((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((.(((..((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((((...((.(((..(((((...((((((.((((........).))).))))))...(((..((.((((..........)))).))....))).))))).....(((...(.(((((((..((((..((((....))))....))))))))))).)))).....................))).))..))))))))))))))...))))))))...((....))...))))))))))))))))))..))).))))))))).)).))))))))))..)))))))))))))))).)))..)))))).....))))))).))).)))))).))))))).)).))).))))))))))))...))))))..)))))).))......))))))))).(((..........)))))))))))))))))))))))..)))..)))))))))).)))))..))).))))))).))))))).)))).......))))).))).))).)))))))).))......))))))...)))))).....(((((((((((..(((((((.......(((((((((.(((((((((((((.((((((((((((((..((((........))))..))))))...))))..)))).)))))))...((((((((((...((((....)))).))))))))))((((((...))))))(((((((((........)))).)))))...((((......)))))))))).)))))))))...(((((.......(.((((((((((((((((......)))))).......))))).(((((......)))))((((((.....(((.(((....(((((...)))))....((((((((((((.(((.....))))))))))))))).....))).)))))))))...........))))))...))))))))))))))))).))))))...((((((.((((.(((((...........((((((((((((((....((((((....))))))..........))))..))))).))))))))))))))))))))..........))))..)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((((((((((((..((((.(({(((........,.}})))}.......,},|||{|..,{|||,,.{{{|,,,,}))}((((((((({((((.,,,((((((..(((((((...(((...)))....)))))))......{(((((((((...))))).))))).}})))),.))))}.)))))))))(((......))).....})))..)))....((((((..((((((........))))))..)))))).))))))..))).....(((((((((..((((((((((.((((((((.((((((((....((((((.(((((.(((((...))))))))))))))))....(({(((.(((((.......((((,{({,(((((((((({.(((,{{(...,,|||,||},{|||,|||}|}}{{((({{|||(((((((........(((((.((((((((.(...(((...((((((({......((((((,........,.)))))).{{((((((((.(((({....})))).))))............)))},)).}))))))).(((((((....((((((((..............((((...)))).............)))))))))))))))..)))...).)))))))).)))))...........))))))).((({,,.{{.{(((((((((.........{((((((((..(((.,(((((.{{...(((....)))....,}.))))}.}.)))..))))))))}{{,(({{{,,..|}})}.,),|||||},}}.)))))))))))}))),}}))}}.,,,,,...,,}}}|||||{(|,....,,||||||{(((({(((({{{.,{{,,,,{{{.(((((((.(((.,,.....(((..(((((((((((.(((((((((.......({(((((((..{,.((.((((((.,((((((..((((((((((((.(((.((.(((((((.((((((.(((.(((((((((((((..(((.((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((.(({..((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((({...((.(((.,.,{{{,..{((({(,((({........},}}),)}}|||,,,(,(,{((,(({{..,,.....,|}|}.}}..,,}}}.,}}},,.}.,(((...{.(((((({{,((((..((((....))))....))))))))))).}))))}},,},,..,,,,,.....,))).))..))))))))))))))...)))))))),,.{{....))...))))))))))))))))))..})).))))))))).)).))))))))))..)))))))))))))))).)))..)))))),....})))))).))).)))))).))))))).)).))).))))))))))))...)))))),.)))))).)).,.}..))))))))).{{{.,........)))))))))))))))))))))))..))),.)))))))))).))}.,..|||,,}))}}}|||||}}}.)}))}}},,,.))))).))).})).)))))))).)).,.,..})))))...))))),.....{((((((((((..(((((((,......(((((((({.(((((((((((((.((((((((((((((..((((........))))..))))))...))))..)))).)))))))...{(((((((((...((((....)))).)))))))))}((((({...})))))(((((((((........)))).)))))...((((......))))}))))).}))))))))...{(({{.,,{...{.(((((({{{{((((((......)))))).,.....}}}}}.(((((......)))))((((({.....(((.(((....(((({...})))).,..((((((((((((.{{(,....))})))))))))))).....))).)))))))))...........)))))}}}}))))))))))))))))).))))))...((((((.((((.(((((...........((((((((((((({....{(((((,...}},)))....,.....)})}..))))).)))))))))))))))))))).........}))))..)))))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001300981.2 NCBI
GUUUUGCAGACGCCACCGCCGAGGAAAACCGUGUACUAUUAGCCAUGGU… 2394 nt 0.4570
NM_021130.5 NCBI
GUUUUGCAGACGCCACCGCCGAGGAAAACCGUGUACUAUUAGCCAUGGU… 2237 nt 0.4595
Summary

This gene encodes a member of the peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase) family. PPIases catalyze the cis-trans isomerization of proline imidic peptide bonds in oligopeptides and accelerate the folding of proteins. The encoded protein is a cyclosporin binding-protein and may play a role in cyclosporin A-mediated immunosuppression. The protein can also interact with several HIV proteins, including p55 gag, Vpr, and capsid protein, and has been shown to be necessary for the formation of infectious HIV virions. Multiple pseudogenes that map to different chromosomes have been reported. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human cadavers demonstrated that the PPIA was analyzed as a candidate reference gene for mRNA normalization in myocardial tissue, pericardial fluid, and blood, where it was compared for stability against other housekeeping genes [Gonzalez-Herrera et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2013.08.001]. A subsequent review noted that the PPIA has been identified as an endogenous reference mRNA with relatively high transcript stability in post-mortem human tissue [Scrivano et al. DOI:10.1007/s00414-019-02125-x]. A study in human postmortem cardiac tissue demonstrated that Peptidylprolyl isomerase A (PPIA) serves as a stable endogenous reference gene for mRNA normalization in quantitative PCR analyses, validated by geNorm with an M value of 0.665, indicating its postmortem stability in heart tissue [Wilmes et al. DOI:10.1007/S00414-019-02051-Y]. In a separate human study on prostate tissue, the PPIA was mentioned as a metabolic gene selected for stability in multiple studies for postmortem interval estimation, though it was not experimentally investigated in that specific work [Javan et al. DOI:10.1038/s41598-025-29561-7].