Basic Information

Symbol
ATF6B
RNA class
mRNA
Alias
Activating Transcription Factor 6 Beta G13 Cyclic AMP-Dependent Transcription Factor ATF-6 Beta ATF6beta CREBL1 CAMP Response Element-Binding Protein-Related Protein CAMP-Dependent Transcription Factor ATF-6 Beta CAMP-Responsive Element-Binding Protein-Like 1 Protein G13 CAMP Responsive Element Binding Protein-Like 1 Creb-Related Protein ATF6-Beta CREB-RP Creb-Rp
Location (GRCh38)
6:32115264-32128253
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004381.5
Sequence length
2626.0 nt
GC content
0.5758

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1014.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1062.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 673.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001136153.2 NCBI
CUUGGGAACCGUCUCCUGGUUGGGGGGUGGGGGGGAAAGAUGGCGGAGC… 2617 nt 0.5759
NM_004381.5 NCBI
CUUGGGAACCGUCUCCUGGUUGGGGGGUGGGGGGGAAAGAUGGCGGAGC… 2626 nt 0.5758
Summary

The protein encoded by this gene is a transcription factor in the unfolded protein response (UPR) pathway during ER stress. Either as a homodimer or as a heterodimer with ATF6-alpha, the encoded protein binds to the ER stress response element, interacting with nuclear transcription factor Y to activate UPR target genes. The protein is normally found in the membrane of the endoplasmic reticulum; however, under ER stress, the N-terminal cytoplasmic domain is cleaved from the rest of the protein and translocates to the nucleus. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the ATF6B in microglia, where it is involved in the protein processing of endoplasmic reticulum pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].