Basic Information

Symbol
PPP1R12A
RNA class
mRNA
Alias
Protein Phosphatase 1 Regulatory Subunit 12A MBS Myosin Phosphatase-Targeting Subunit 1 MYPT1 M130 Protein Phosphatase 1, Regulatory (Inhibitor) Subunit 12A Protein Phosphatase Myosin-Binding Subunit Myosin Binding Subunit Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 12A Myosin Phosphatase, Target Subunit 1 Myosin Phosphatase Target Subunit 1 GUBS
Location (GRCh38)
12:79773563-79935460
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002480.3
Sequence length
5620.0 nt
GC content
0.3849

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1419.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1531.09 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1422.81
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143885.2 NCBI
GAGGCAGAUCUGCCCUGUAGAGCCUUGCGGUUCCACUGCUGGCCUCCGG… 5582 nt 0.3836
NM_001143886.2 NCBI
AUCAUAUGCUUGUAAGAGAAUGAGAGUAUUAACCUUGUAGACUUCUGUA… 5332 nt 0.3653
NM_001244990.2 NCBI
GAGGCAGAUCUGCCCUGUAGAGCCUUGCGGUUCCACUGCUGGCCUCCGG… 5477 nt 0.3840
NM_001244992.1 NCBI
ACCCGGCGGCAGGAGAGGGGAUGAAGAUGGCGGACGCGAAGCAGAAGCG… 5311 nt 0.3758
NM_002480.3 NCBI
AGUGCUCUGUGGGAUACUGGAAGUCUCGAGCGUCGGCUCCGGGUUCCCA… 5620 nt 0.3849
Summary

Myosin phosphatase target subunit 1, which is also called the myosin-binding subunit of myosin phosphatase, is one of the subunits of myosin phosphatase. Myosin phosphatase regulates the interaction of actin and myosin downstream of the guanosine triphosphatase Rho. The small guanosine triphosphatase Rho is implicated in myosin light chain (MLC) phosphorylation, which results in contraction of smooth muscle and interaction of actin and myosin in nonmuscle cells. The guanosine triphosphate (GTP)-bound, active form of RhoA (GTP.RhoA) specifically interacted with the myosin-binding subunit (MBS) of myosin phosphatase, which regulates the extent of phosphorylation of MLC. Rho-associated kinase (Rho-kinase), which is activated by GTP. RhoA, phosphorylated MBS and consequently inactivated myosin phosphatase. Overexpression of RhoA or activated RhoA in NIH 3T3 cells increased phosphorylation of MBS and MLC. Thus, Rho appears to inhibit myosin phosphatase through the action of Rho-kinase. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2009]

Forensic Context

A review of multi-omics studies for human biological age estimation identified the PPP1R12A as a top list gene associated with 11 epigenetic aging clocks [Solovev et al. DOI:10.1016/j.mad.2019.111192].