Basic Information

Symbol
PPP2R5D
RNA class
mRNA
Alias
Protein Phosphatase 2 Regulatory Subunit B''Delta Serine/Threonine-Protein Phosphatase 2A 56 KDa Regulatory Subunit Delta Isoform Protein Phosphatase 2 Regulatory Subunit B'Delta B56delta B56D Protein Phosphatase 2, Regulatory Subunit B (B56), Delta Isoform PP2A B Subunit Isoform PR61-Delta PP2A B Subunit Isoform B56-Delta PP2A B Subunit Isoform B'-Delta PP2A B Subunit Isoform R5-Delta MRD35 HJS1
Location (GRCh38)
6:42984538-43012346
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006245.4
Sequence length
2973.0 nt
GC content
0.5526

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1080.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1131.30 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 898.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270476.2 NCBI
GCAGCGCGCAGGCGGUGGCGAAGAGACGCCGAGCGGGCCGAGUGCGGCC… 2990 nt 0.5522
NM_006245.4 NCBI
GCAGCGCGCAGGCGGUGGCGAAGAGACGCCGAGCGGGCCGAGUGCGGCC… 2973 nt 0.5526
NM_180976.3 NCBI
GCAGCGCGCAGGCGGUGGCGAAGAGACGCCGAGCGGGCCGAGUGCGGCC… 2877 nt 0.5509
NM_180977.3 NCBI
GCAGCGCGCAGGCGGUGGCGAAGAGACGCCGAGCGGGCCGAGUGCGGCC… 2655 nt 0.5435
Summary

The product of this gene belongs to the phosphatase 2A regulatory subunit B family. Protein phosphatase 2A is one of the four major Ser/Thr phosphatases, and it is implicated in the negative control of cell growth and division. It consists of a common heteromeric core enzyme, which is composed of a catalytic subunit and a constant regulatory subunit, that associates with a variety of regulatory subunits. The B regulatory subunit might modulate substrate selectivity and catalytic activity. This gene encodes a delta isoform of the regulatory subunit B56 subfamily. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in zebrafish demonstrated that the PPP2R5D transcript, a serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit, increased in abundance postmortem and was functionally categorized among cancer-related genes [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].