Basic Information

Symbol
PPP2R5E
RNA class
mRNA
Alias
Protein Phosphatase 2 Regulatory Subunit B''Epsilon Protein Phosphatase 2 Regulatory Subunit B'Epsilon B56epsilon B56E Serine/Threonine-Protein Phosphatase 2A 56 KDa Regulatory Subunit Epsilon Isoform Serine/Threonine Protein Phosphatase 2A, 56 KDa Regulatory Subunit, Epsilon Protein Phosphatase 2, Regulatory Subunit B (B56), Epsilon Isoform Protein Phosphatase 2 Regulatory Subunit B', Epsilon PP2A B Subunit Isoform PR61-Epsilon PP2A B Subunit Isoform B56-Epsilon PP2A B Subunit Isoform B'-Epsilon PP2A B Subunit Isoform R5-Epsilon PP2A, B Subunit, PR61 Epsilon PP2A, B Subunit, B56 Epsilon PP2A, B Subunit, B' Epsilon PP2A, B Subunit, R5 Epsilon
Location (GRCh38)
14:63371364-63543410
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006246.5
Sequence length
6655.0 nt
GC content
0.3884

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1764.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1904.66 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1939.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282179.3 NCBI
GCUGGCCAGAAGGUUCGGUUGCGCGUGUGCCAUGGACUCAGCCGCCCGG… 6652 nt 0.3885
NM_001282180.3 NCBI
GCUGGCCAGAAGGUUCGGUUGCGCGUGUGCCAUGGACUCAGCCGCCCGG… 6640 nt 0.3880
NM_001282181.3 NCBI
AAGCAUUUGUGUGCAUAGUGGCUCCAAAGAGGUGUGUGAGGUGUGCGAG… 6006 nt 0.3575
NM_001282182.3 NCBI
AAGCAUUUGUGUGCAUAGUGGCUCCAAAGAGGUGUGUGAGGUGUGCGAG… 5961 nt 0.3560
NM_001354926.2 NCBI
GCUGGCCAGAAGGUUCGGUUGCGCGUGUGCCAUGGACUCAGCCGCCCGG… 3382 nt 0.4432
NM_006246.5 NCBI
GCUGGCCAGAAGGUUCGGUUGCGCGUGUGCCAUGGACUCAGCCGCCCGG… 6655 nt 0.3884
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the phosphatase 2A regulatory subunit B family. Protein phosphatase 2A is one of the four major Ser/Thr phosphatases, and it is implicated in the negative control of cell growth and division. It consists of a common heteromeric core enzyme, which is composed of a catalytic subunit and a constant regulatory subunit, that associates with a variety of regulatory subunits. The B regulatory subunit might modulate substrate selectivity and catalytic activity. This gene encodes an epsilon isoform of the regulatory subunit B56 subfamily. Multiple transcript variants encoding several different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2013]

Forensic Context

A study in the forensically important fly *Sarcophaga peregrina* demonstrated that the PPP2R5E was identified as a stably expressed gene and was used as an internal reference control for quantitative real-time PCR validation of developmental stage-specific gene expression patterns [Ren et al. DOI:10.3390/insects13050453].