Basic Information

Symbol
PPP3CA
RNA class
mRNA
Alias
Protein Phosphatase 3 Catalytic Subunit Alpha Calcineurin A Alpha PPP2B CALNA CNA1 CAM-PRP Catalytic Subunit EC 3.1.3.16 CNA Alpha CALN Protein Phosphatase 3 (Formerly 2B), Catalytic Subunit, Alpha Isoform (Calcineurin A Alpha) Serine/Threonine-Protein Phosphatase 2B Catalytic Subunit Alpha Isoform Protein Phosphatase 3 (Formerly 2B), Catalytic Subunit, Alpha Isoform Protein Phosphatase 2B, Catalytic Subunit, Alpha Isoform Calmodulin-Dependent Calcineurin A Subunit Alpha Isoform Protein Phosphatase 3, Catalytic Subunit, Alpha Isozyme Protein Phosphatase 3 Catalytic Subunit Alpha Isozyme ACCIID CALNA1 IECEE1 DEE91 IECEE CCN1 CNA
Location (GRCh38)
4:101023409-101348278
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Sudden death from respiratory system disease Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000944.5
Sequence length
4743.0 nt
GC content
0.4286

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1399.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1487.18 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1335.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000944.5 NCBI
AGGUUGUGCCCGGGACUGUGUCUGCCGAGCUCGGCGGCUGUGCCUUGGU… 4743 nt 0.4286
NM_001130691.2 NCBI
AGGUUGUGCCCGGGACUGUGUCUGCCGAGCUCGGCGGCUGUGCCUUGGU… 4713 nt 0.4284
NM_001130692.2 NCBI
AGGUUGUGCCCGGGACUGUGUCUGCCGAGCUCGGCGGCUGUGCCUUGGU… 4587 nt 0.4297
Summary

Enables several functions, including ATPase binding activity; calmodulin binding activity; and calmodulin-dependent protein phosphatase activity. Involved in several processes, including calcineurin-NFAT signaling cascade; negative regulation of angiotensin-activated signaling pathway; and peptidyl-serine dephosphorylation. Located in cytoplasm; cytoplasmic side of plasma membrane; and dendritic spine. Part of calcineurin complex. Implicated in developmental and epileptic encephalopathy 91. Biomarker of cholangiocarcinoma; focal segmental glomerulosclerosis; and schizophrenia. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the PPP3CA was significantly altered in expression on day 1 following a 20% total body surface area burn injury, as part of a comprehensive analysis of 740 significantly altered genes in liver tissue [Jayaraman et al. DOI:10.1016/j.jss.2007.05.025]. A study in mice demonstrated that hyperoxia exposure significantly upregulated mRNA levels of the PPP3CA in lung tissue, suggesting a serious risk for developing fibrosing alveolitis [Shimada et al. DOI:10.1007/S00414-008-0226-6]. In human and mouse studies of heart failure post-myocardial infarction, the PPP3CA was identified as a hub gene in a specific fibroblast subset, with its expression characteristics integrated into a predictive deep learning model [Wang et al. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171].