Basic Information

Symbol
PPP4C
RNA class
mRNA
Alias
Protein Phosphatase 4 Catalytic Subunit PPX PP4 Serine/Threonine-Protein Phosphatase 4 Catalytic Subunit Protein Phosphatase 4 (Formerly X), Catalytic Subunit Protein Phosphatase X, Catalytic Subunit EC 3.1.3.16 PP-X PP4C PPP4 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Protein Phosphatase 4, Catalytic Subunit Protein Phosphatase X PPH3 Pp4
Location (GRCh38)
16:30075967-30085385
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002720.3
Sequence length
1402.0 nt
GC content
0.5785

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-558.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -583.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 486.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001303503.2 NCBI
GCCGGAAGUAGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUCGAAAGCGGA… 1408 nt 0.5767
NM_001303504.2 NCBI
GCCGGAAGUAGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUCGAAAGCGGA… 1300 nt 0.5800
NM_001303506.2 NCBI
GCCGGAAGUAGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUCGAAAGCGGA… 1461 nt 0.5804
NM_001303507.2 NCBI
GCCGGAAGUAGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUCGAAAGCGGA… 1350 nt 0.5793
NM_002720.3 NCBI
GCCGGAAGUAGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUCGAAAGCGGA… 1402 nt 0.5785
Summary

Enables protein serine/threonine phosphatase activity. Involved in regulation of double-strand break repair via homologous recombination. Located in several cellular components, including chromatin; cytosol; and nucleoplasm. Part of protein phosphatase 4 complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PPP4C mRNA was up-regulated by 26% in pericontusional brain tissue from a traumatic brain injury patient (T4) compared to control tissue, as identified via cDNA microarray analysis [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003]. Separately, a proteomic analysis in humans identified the PPP4C protein as a discriminatory marker for vaginal fluid classification, exhibiting a Gini impurity score of 0 and being present in all pure vaginal fluid samples and in some mixtures containing this fluid [Shehata et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103343].