Basic Information

Symbol
PRAF2
RNA class
mRNA
Alias
PRA1 Domain Family Member 2 Yip6a JM4 PRA1 Family Protein 2 PRA1 Domain Family, Member 2 PRA1 Domain Family 2 Jena-Muenchen 4
Location (GRCh38)
X:49071161-49074017
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007213.3
Sequence length
1260.0 nt
GC content
0.5992

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-466.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -483.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 320.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((.((((((.((.((((((...((....))..))))))..(((.(((((((((.((((((.((((.((..(((((.(((((((....((((((((.(((((((((((....))))))))............................(((......(((.(((((.((((.........))))(((((.((((((((.......((((....)))).((.(((.((((.((((((...(((((.((.((((((.(((((((.(.....).))))))).)).)))))))))))..)))))))))).))).)).))))))))))))))))))..))).....)))))).)))))))).(((((.(((.(((......)))..))).)))))(((((((.(((((((.....(((((..(((((((((((....))))))(((((........)))))....(((((((.....)))))))..(((((..(((....))))))))....)))))..(((((.(((.((.((.((.(((.(((((((..((((((.......)))))).))))).))...)))))))........((((....)))).......)).))))))))))))).....))))))))).).))))((((...........))))..))))).)))))))..)).....)))).))))))))).......................(((........)))...)))))).)))...((((((..(....)..)))).))..)).)))))).)))......((((.(((((((((.........)))))............)))).))))........((((((((.(.....((((.....(((((...)))))((((((..((((.....((((...))))...(((((..........)))))...........))))....))))))((((((..........)))))).....((((......)))))))).....).))))))))(((((((...)))))))..((((((...))))))(((((.........))))).((((((((.............(((((((.((((...((.(((((((((((..((((..........)))).....))))))))).)).))...)))).)))))))))))))))......))))))))...(((((((........))))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........(((,((((((,((.((((((...((....))..)))))),,(((.({(({{({{.((((((.((((.({..(((((.(((((((,,.,((((((((.(((((((((((....))))))))............................{{{......{{,.{((({.{(({...{{...,||||(((({.((((((((.......((({....}))).{{,||{.||||,((((((...(((((.((.((((((.(((((((.(.....).))))))),))}}}),)))))))..))))))}})).})}.)).))))})))))))))))))..)))....,)))))).})))))))|(((((.(((.({{....,,|||..}}}.}}}}}(((((((.(((((((.,...(((((..(((((((((((....))))))(((((........)))))....{{{{{((.....)))))))..(((((..(((....))))))))....))))).,(((((.(((.((.((.((.(((.(((((((..((((((.......)))))).))))).))...))))))).......,((((....)))).......)).))))))))))))).....)))))))},.).)))){{{|,..........)))),.})))).)))))))..}}...,.)))).)))))),,,...|,..,,,.,........,..{{,.....,,.|||.{{||}||}.,,,...|{((((..|,,}}}..,,}}.||..}}.}}}}}}.|||......,{||||,..(((((,........)))))...,,,,.....}))}.,,}|,{{..,,.((((((((................(((({...})))).,.((((((.(({(({.{,,..,,||||...(((((..........)))))...........{{{........)))|(((((..,,......)))))}..,,,}|.....})}))}}}.)))))).).))))))))(((((((...)))))))..((((((...))))))(((((.........))))).|||,{{{,|||,,..,.....(((((((.((((...((.(((((((((((..,(((..........},.),,...))))))))).)).))...)))).))))))),,)))))}},,.,})},))))}.,,(((((((........))))))).......}))}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_007213.3 NCBI
ACAUUAACCGGCAGGAUGUCGGAGGUGCGGCUGCCACCGCUACGCGCCC… 1260 nt 0.5992
Summary

Predicted to be involved in L-glutamate transmembrane transport. Predicted to be located in endosome membrane. Predicted to be active in several cellular components, including GABA-ergic synapse; glutamatergic synapse; and postsynapse. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue identified the PRAF2 as down-regulated in the hippocampus of individuals with alcohol use disorder [Warden & Mayfield 10.1016/J.Neuropharm.2017.02.017].