Basic Information

Symbol
PRDM1
RNA class
mRNA
Alias
PR/SET Domain 1 PRDI-BF1 Blimp-1 BLIMP1 PR Domain Containing 1, With ZNF Domain PR Domain Zinc Finger Protein 1 PR Domain 1 Beta-Interferon Gene Positive-Regulatory Domain I Binding Factor Beta-Interferon Gene Positive Regulatory Domain I-Binding Factor Positive Regulatory Domain I-Binding Factor 1 B Lymphocyte-Induced Maturation Protein 1 B-Lymphocyte-Induced Maturation Protein 1 PR Domain-Containing Protein 1 PRDI-Binding Factor-1 PRDI-Binding Factor 1 EC 2.1.1.- BLIMP-1
Location (GRCh38)
6:105993463-106109939
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001198.4
Sequence length
5148.0 nt
GC content
0.4563

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1472.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1567.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1117.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001198.4 NCBI
AACACAGACAAAGUGCUGCCGUGACACUCGGCCCUCCAGUGUUGCGGAG… 5148 nt 0.4563
NM_182907.3 NCBI
AGUAGCAUCGCCCAUUUGCCAUUCACUGCAGUAGCAAAAGUAGUACUCU… 4673 nt 0.4415
Summary

This gene encodes a protein that acts as a repressor of beta-interferon gene expression. The protein binds specifically to the PRDI (positive regulatory domain I element) of the beta-IFN gene promoter. Transcription of this gene increases upon virus induction. Two alternatively spliced transcript variants that encode different isoforms have been reported. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for PRDM1 Gene

Forensic Context

A study in pigs demonstrated that the transcription factor PRDM1 is a key regulator in the cold response, being upregulated in the diencephalon of Min pigs after cold exposure and associated with selected genomic regions presenting cold-responsive alterations in H3K27ac modification [Yaping Guo et al. DOI:10.1016/j.jgg.2024.06.017].