Basic Information

Symbol
PRDM5
RNA class
mRNA
Alias
PR/SET Domain 5 PFM2 PR Domain Zinc Finger Protein 5 PR Domain Containing 5 PR Domain 5 PR Domain-Containing Protein 5 EC 2.1.1.- BCS2
Location (GRCh38)
4:120684919-120923089
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018699.4
Sequence length
5207.0 nt
GC content
0.3772

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1357.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1465.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1402.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001300823.2 NCBI
AUUUCCUCCUUCCCUGCCGGUUUCUCCCCUCUACCCUGGCACCCCAAAU… 5114 nt 0.3758
NM_001300824.2 NCBI
AUUUCCUCCUUCCCUGCCGGUUUCUCCCCUCUACCCUGGCACCCCAAAU… 5028 nt 0.3749
NM_001379104.1 NCBI
AUUUCCUCCUUCCCUGCCGGUUUCUCCCCUCUACCCUGGCACCCCAAAU… 5240 nt 0.3765
NM_001379106.1 NCBI
AUUUCCUCCUUCCCUGCCGGUUUCUCCCCUCUACCCUGGCACCCCAAAU… 5009 nt 0.3723
NM_018699.4 NCBI
AUUUCCUCCUUCCCUGCCGGUUUCUCCCCUCUACCCUGGCACCCCAAAU… 5207 nt 0.3772
Summary

The protein encoded by this gene is a transcription factor of the PR-domain protein family. It contains a PR-domain and multiple zinc finger motifs. Transcription factors of the PR-domain family are known to be involved in cell differentiation and tumorigenesis. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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