Basic Information

Symbol
PRDM8
RNA class
mRNA
Alias
PR/SET Domain 8 KMT8D PR Domain Zinc Finger Protein 8 PR Domain 8 PFM5 PR-Domain Containing Protein 8 PR Domain-Containing Protein 8 PR Domain Containing 8 EC 2.1.1.- EPM10
Location (GRCh38)
4:80183879-80204329
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001099403.2
Sequence length
3130.0 nt
GC content
0.5760

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1212.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1269.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001099403.2 NCBI
AGUCACUGCAUCGGGUCCAUCUGUACAACUCUCUCCGUUUCUCCGUCUC… 3130 nt 0.5760
NM_020226.4 NCBI
AAAAGCAGCAUCAGACAAGAGCUUUAUUAAUCCCUUACACGAGCAAAUG… 4098 nt 0.5610
Summary

This gene encodes a protein that belongs to a conserved family of histone methyltransferases that predominantly act as negative regulators of transcription. The encoded protein contains an N-terminal Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, and Trithorax (SET) domain and a double zinc-finger domain. Knockout of this gene in mouse results in mistargeting by neurons of the dorsal telencephalon, abnormal itch-like behavior, and impaired differentiation of rod bipolar cells. In humans, the protein has been shown to interact with the phosphatase laforin and the ubiquitin ligase malin, which regulate glycogen construction in the cytoplasm. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PRDM8 was down-regulated in liver tissue following Kupffer cell-specific and endothelial cell-specific exposures to α-particles, as part of a gene expression profile characteristic of radiation exposure [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078].