Basic Information

Symbol
PRKAA1
RNA class
mRNA
Alias
Protein Kinase AMP-Activated Catalytic Subunit Alpha 1 AMPKa1 5'-AMP-Activated Protein Kinase Catalytic Subunit Alpha-1 Protein Kinase, AMP-Activated, Alpha 1 Catalytic Subunit Hydroxymethylglutaryl-CoA Reductase Kinase Acetyl-CoA Carboxylase Kinase Tau-Protein Kinase PRKAA1 AMPK Subunit Alpha-1 AMPK, Alpha, 1 ACACA Kinase HMGCR Kinase EC 2.7.11.1 5'-AMP-Activated Protein Kinase, Catalytic Alpha-1 Chain AMP-Activated Protein Kinase, Catalytic, Alpha-1 AMP -Activate Kinase Alpha 1 Subunit AMPK Alpha 1 EC 2.7.11.31 EC 2.7.11.26 EC 2.7.11 AMPK1 AMPK
Location (GRCh38)
5:40759389-40798374
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006251.6
Sequence length
5254.0 nt
GC content
0.3691

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1304.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1416.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1441.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001355028.2 NCBI
AGUUCCUGGAGAAAGAUGGCGACAGCCGAGAAGCAGAAACACGACGGGC… 5363 nt 0.3513
NM_001355029.2 NCBI
AGUUCCUGGAGAAAGAUGGCGACAGCCGAGAAGCAGAAACACGACGGGC… 4963 nt 0.3508
NM_001355034.2 NCBI
AUUCUCCUGGCAGCCCCCGCCCGCCCCGCCAGGGGGAGCGUCUGCGCCC… 1283 nt 0.4357
NM_001355035.2 NCBI
AGUUCCUGGAGAAAGAUGGCGACAGCCGAGAAGCAGAAACACGACGGGC… 4969 nt 0.3508
NM_001355036.2 NCBI
AGUUCCUGGAGAAAGAUGGCGACAGCCGAGAAGCAGAAACACGACGGGC… 4904 nt 0.3505
NM_001355037.2 NCBI
AGUUCCUGGAGAAAGAUGGCGACAGCCGAGAAGCAGAAACACGACGGGC… 5014 nt 0.3516
NM_006251.6 NCBI
AUUCUCCUGGCAGCCCCCGCCCGCCCCGCCAGGGGGAGCGUCUGCGCCC… 5254 nt 0.3691
NM_206907.4 NCBI
AUUCUCCUGGCAGCCCCCGCCCGCCCCGCCAGGGGGAGCGUCUGCGCCC… 5299 nt 0.3697
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the ser/thr protein kinase family. It is the catalytic subunit of the 5'-prime-AMP-activated protein kinase ( AMPK ). AMPK is a cellular energy sensor conserved in all eukaryotic cells. The kinase activity of AMPK is activated by the stimuli that increase the cellular AMP/ATP ratio. AMPK regulates the activities of a number of key metabolic enzymes through phosphorylation. It protects cells from stresses that cause ATP depletion by switching off ATP-consuming biosynthetic pathways. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been observed. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice and human cell lines demonstrated that the PRKAA1 is a key downstream target in the circC6orf132/miR-873-5p/PRKAA1 axis, where its upregulation promotes gastric cancer proliferation, migration, invasion, and glycolysis under hypoxic conditions [Huang et al. DOI:10.3390/cells11091381]. A study in human patients with trauma demonstrated that the PRKAA1 is associated with cell motility and re-epithelialization during wound healing, where a hypoxic environment can downregulate the PRKAA1 to induce mTORC1 target expression [Wu et al. DOI:10.21037/atm-22-2033].