Basic Information

Symbol
PRKACA
RNA class
mRNA
Alias
Protein Kinase CAMP-Activated Catalytic Subunit Alpha CAMP-Dependent Protein Kinase Catalytic Subunit Alpha PKA C-Alpha PKACa Protein Kinase, CAMP-Dependent, Alpha Catalytic Subunit Protein Kinase, CAMP-Dependent, Catalytic, Alpha EC 2.7.11.11 Protein Kinase A Catalytic Subunit EC 2.7.11 PPNAD4 CAFD1 PKACA
Location (GRCh38)
19:14091688-14118084
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002730.4
Sequence length
2695.0 nt
GC content
0.5647

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-973.55 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1027.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 722.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001304349.2 NCBI
AAAUAAAAAAUAAUAAUAGCUGACAUUUAUCUGGCACUAUCAUCACACG… 3114 nt 0.5408
NM_002730.4 NCBI
ACAGACAGCGGCAGAGAUCUUGGGCUGAGGUUCCCGGGCGGGCGGGCGC… 2695 nt 0.5647
NM_207518.3 NCBI
ACCGUAGUGCCGGUGCCCUGAGAACAGGACUGAGUGAUGGCUUCCAACU… 2492 nt 0.5393
Summary

This gene encodes one of the catalytic subunits of protein kinase A, which exists as a tetrameric holoenzyme with two regulatory subunits and two catalytic subunits, in its inactive form. cAMP causes the dissociation of the inactive holoenzyme into a dimer of regulatory subunits bound to four cAMP and two free monomeric catalytic subunits. Four different regulatory subunits and three catalytic subunits have been identified in humans. cAMP-dependent phosphorylation of proteins by protein kinase A is important to many cellular processes, including differentiation, proliferation, and apoptosis. Constitutive activation of this gene caused either by somatic mutations, or genomic duplications of regions that include this gene, have been associated with hyperplasias and adenomas of the adrenal cortex and are linked to corticotropin-independent Cushing's syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. Tissue-specific isoforms that differ at the N-terminus have been described, and these isoforms may differ in the post-translational modifications that occur at the N-terminus of some isoforms. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in human post-mortem brain tissues demonstrated that the PRKACA mRNA level is down-regulated in chronic traumatic encephalopathy (CTE), CTE with Alzheimer's disease (CTE/AD), and Alzheimer's disease (AD) compared to normal subjects, as part of a broader down-regulation of memory function-related genes including CAMK2A, PRKACB, PRKCG, and AMPA receptor subunits [Cho et al. DOI:10.1038/s41598-020-65916-y].