Basic Information

Symbol
PRKAR1A
RNA class
mRNA
Alias
Protein Kinase CAMP-Dependent Type I Regulatory Subunit Alpha PRKAR1 CNC1 PKR1 TSE1 Protein Kinase, CAMP-Dependent, Regulatory Subunit Type I Alpha CAMP-Dependent Protein Kinase Type I-Alpha Regulatory Subunit Protein Kinase, CAMP-Dependent, Regulatory, Type I, Alpha Tissue-Specific Extinguisher 1 Carney Complex Type 1 Prkar1alpha CAMP-Dependent Protein Kinase Type I-Alpha Regulatory Chain CAMP-Dependent Protein Kinase Regulatory Subunit RIalpha Protein Kinase A Type 1a Regulatory Subunit Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Tissue Specific Extinguisher 1 ACRDYS1 PPNAD1 ADOHR CAR CNC
Location (GRCh38)
17:68511780-68551319
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002734.5
Sequence length
4253.0 nt
GC content
0.3858

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1149.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1235.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1143.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((..(((.((((((((.((((((((((.(((((((.(((.((..((.((((.(((.((..(((........)))..)).))).)))))).)).)))))).)))))).....((((((.((((((.((((..(((....(((.((.....)).)))..((((((((...((((((..(((((......)).)))...))))))))).)))))............(((.(((((.....))))).))).)))..))))))))))...((((((.(((.((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((....(((.....)))((((((.((..........(((((((......)))))))((((((((.((((....))))...))).)))))......((((((...))))))((((((((..((((((((((((.((((((............(((...)))..............(((((((.((....))....)))))))..(((((((((((.((((((.(((.....)))..)))))).))).)))))))))))))).))))))).((((((((((((((......(.(((.....))))...))))))))))))))..(((((.((........))))))).......(((((((...........)))))))..(((.((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((...(((..............)))..))))))))))..((((........)))).((((((.....(((((.((((..(((...((((((((.(.....(.((.....)).).....).)))))))).)))..))))...))))).......((((((((......((((((...))))))..((((((.(((((((....)))))))......(((((((((((((.(((((((((..(((((((((.....)).)))))))..........((.(((((..((..(((((.(((.((.((...((((((((((((((((((((((((....((((((((.....((((((((.(((((......)))))..)))).))))....((((((((((((((....))).))))).......))))))....((((((........(.(((((..((((.((.(((....))).))))))..))))))......))))))((.((((((((........))))).)))))((((...(((....).))......))))......))))))))..))))))).....))))))).)))))))))))).))))).)))))))..))))).)).)))))))))))).))))))))))....((((((((((((.......)))..)))))))))...(((((((.....))))))).....)))))).....((((((....))))))))))))))(((((.((((((..........)))))).)))))((((((((.((((.....)))).((((((.((((((((((........)).))).......))))).))))))...........((((((((((((((........((((....))))(((((..((.....))..))))).((((((.(((.(((((......))))).))).))))))((.((((...((((((...))))))..))))))...)))))))))).)))).(((((......)))))...................))))))))...))))))......(((((((((.........)))))))))...........)))))))))))).).....((((.((......)).))))..((((.(((......))).))))))))))))))))).)))..(((((....)))))(((...........))).....((((.((.(((((((.(((.........))).))))))).)).))))......((....)).......)))))..))))))))......)).))))))......((((((((((((((((((((.(((((((((.((.....)).)))))).))).)))))))..))))))))))))).....(((...((((.((.((((.....(((((((....(((......)))....))))))))))))).)))).)))...((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((......)))(((((((((((....((((...((((((......((.((((((((((((((((...)))).))))...)))))))).))...........)))))).....))))...))).)))))))).......((((((......((((((((...(((((((((......((((.....(((.......))).....)))))))))))))...)).))))))......)))))).))))))))))))(((((((((.................)))))....))))((((((((............))))))))............((((((((....((((((..((((((.(((..(((((((...(((................(((((((...((((.((....))..))))....)))))))...)))...)))))))))).))).)))..))))))))))).))).))))))))))))))))))........)))).)))))).)))...)))))))))((((((((((((((..((((..(((((((...((((..(((((((......)))))))..))))...))..)))))...))))......))))))))))).))).............((((((((.(.....).))))))))........))))))))))))))).)).)))........))))))))))))......))))))))..))))....(((((((.(((((....))))).)))))))((((((...((((((..(((((((((((.(((((.((((((((..((((((...((.((((((((...((((((((.((((......))........((((((((..(((..((((....))))..)))..))))))))..)).))))))))((((...)))).....)))))))).)).....))))))....(((..(((....(((..(((((((....)))))))....)))..)))..))))))))))).))))).)))..))))))))..))))))............))))))((((((((....((((.....))))....))))).)))..(((((...)))))..........)))).))).(((((((((...)))))))))..((((((((........(((((.(((((((.(((((.....(((((((((((((.(((....(((((.(((((....)))))(((((((((((((.((((..((....))..))))..)))))))))))))..((((.((((...((((......)))).)))))))).((((....((((((((.(((((.(......(((((...(((((........))))).))))).....).))))).)))))).)).....))))..))))).(((((.(((((.((........)).))))))))))........))).)))(((((((.(((((......)))))..)))))))..................)))))).)))).........((((((((((((...........)))))))))))).))))).))))))).))))).......(((((((.......)))))))......)))))))).))))....((((((((..............(((((((.(((......(((((((((((((.....(((((((.((((((..((((..(((((..........(((((((((......((((.(((((.(((......))).))))).)))).((((..((((((((((((.....))))....))))))))...)))).....))))))))))))))...))))..))))))...))))))).......))))...))).))))))......))).((((((((........))))))))........)))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.((,{...,,||||,||,..,,|,{{{{((.(((((((.(((.((..((.((((.(((.((.,(((.....,,,)}}..)).))).)))))).)).)))))).))))))}||{((((((.{(,(((({(((((((.,....||},{(.,...||,|||..{{{|||||,..((((((..(((((......)),}))...))))))}}).)))))....}}}}}}}}}.({(((....)))))||(((,,{{||{{||||,,,}||..,,}}||.||||,.||,,,((((((,.((((((((.(((((,(((((,(({((({...((((.....)))}((((,.(((({({.({,.{((((((.(({....))).))))}}((({((((....))))..,||}{{||||.{{|||((((((,..,|||||((((((((..(((({(((((((.((((((,,....,|,...(((...}))..............(((((((.((....))....)))))))..(((((((((((.{(((((.(((.....)))..)))))}.))).)))))))))))))).))))))).((((((((((((((......{.{((.....)})}...))))))))))))))..,,,,,.{{{{,.....},||}}|{(.((({((({{,{........,,,|,|||||..(((.((((((((((((({.((((((((((((.((((((((((...(((.....,....,...)))..))))))))))..{({,........}|||,((({,({.,{{,,{{,,{{{,..,.....{((({{{||||.(((((..((({{{((((........,{(((....))))|((((((((((((,..{((((.((((...,..((((((...))))))..{(((((.(((((((....)))))))......(((((((((((((.(((((((((,,(((((((((.....)).)))))))..........,,.(((((.{({..(((((.(((.((.((...((((((((((((((((((({((((((..((((((((......((,,,.,.,((((.....{|||,,..||{{..,))}}..,||||.((((((((....))).))))).....{{|,||||{{,{(((((,.....}}}}.|||||,}|||}}|,.(((....},|{|||||,..}},,,,|,....,,,,||(({(({{((,,..}}},,.))))).))))))}.,...|||....,.)),.......})......))))))))....)))))}}},.))))))).)))))))))))).))))).))))),,}}))))).)).))))))))))))}}))))))))).,,.((((((((((((.......)))..))))))))).,.(((((((.....))))))).....)))))}...........)))))))))))))))))))))},.,.)))))))))..)))))||{{,..((((((((........)))))))),,||||||}||||}}||||.,,,,||,||{{|((({{,.,,,,..,{|{|||||{,.,,,{{{{{||,((((,,,,{,..{{{.{((((....))))||,||}.||,...,))}.})))),{(((((.(({.(((((......))))).})).)))))}..}||||..,|||||..{{{|||,|{{|||||.,,,,},,,,||||.,|||,{{|,{...,..|||||||,}{{||,...}}}}),.,})))})}...,}},)))))))},||||||,||}}}}})...}||}}}},,},,,,.....)))))))))))).}.....((((.((......)).))))..,{{{.{({......))}.}}),})))))))))))).)))..{,,{,....,||||(({...}}}}},.}))),.,,.((((.((.(((((((.(((.........))).))))))).)),)))),}))))},))}.,}},,,,..}))))..)))))))}....||}}|}}}))}......((((((((((((((((((((.(((((((((.{{.....,}.)))))),,)).)))))))..}))))))))))))..,..(((...((((.{{.((((,....(((((((....(((......)))....)))))))))))}}.)))).)))...((((((((((((.((((((.....(((((((((((({{,,,,,,{|,,{{(((((({{{..,.(((({((({{{{(,,,,,.((.((((((((((((((((...)))).))))...)))))))).)}.{{{,,.....)))))},,,,,)))},,,,}}||}}||}}}..,.,{.((((((....,,|||||||,...{((((((((......({({.....{{{.......))}.....)))))))))))))},,,},))}))),,,...}})))),))))))))))))|||.,,,{,..,,,,,{,........)))),,,,,|||.{{{{{{{{,....,,,|...,}))))}}............{(((((((....((((((..((((((.(((..((({{{{.,.,,,.....,,,,....,..(((((((...({((.{{,,..,}..})))....)))))))..,}}},,.})))))}))).)))},))..))))))))))).))}.)))))))))))))))))).|,..||,|}},.,,,))),))).}})))))))))((((((((((((((..((({..((((({(...((((..(((((((......)))))))..))))...))..)))))...}))).,....))))))))))).)))..,,.,,,,,,..((((((((.{.....}.)))))))}.....,,{{..,,|||,,.......,......,,,,,,,,,))}},.|}}}}))}}))...)))},,.||....{((((((.(((({....})))).))))))}....|,,..((((((..(((((((((((.(((((.((((((((..(((((({({,{,((((((((.,{((((((((.((,{,......,........((((((((..(((..((((....))))..)))..)))))))),,)).))))))))((({...}))).....)))))))),,,...}}))))))....(((..(((....(((..(((((((....)))))))....)))..)))..))))))))))).))))).)))..))))))))..)))))).......{{{{{{{{((.|,{(((((,,{{((,,.,,..||||....,,))},.,,,.(((({...|}}||....{{{{.((({..{(,{(((({{{,.....}))))))}}}|||||||(((((({((((((..,|},|}}}||||}}}}.,|,.,,|}|},})))})}}}}}.,.|}}}|}}}}}}.,,,,.(((((((((((((.((((..((....))..))))..))))))))))))),,{,....{{{{{,.,,,,},,,}))))}.))))).)}}|||}}}}}}|,,,,,.,,,,.}}}}}}..{||,,,,,||{||..}}}}.})))))}))))).....,..,,||{||||||{||{{{.{|(((..((({...((..(((((({((,..{....,|{|||||||({{((({{(((((((((.(((((((.(((((......)))))..))))))),|{,.........,,,,,{{(((,(((((,,,......((((((((((((..{,....}..)))))))))))).|||||...,|)))}),,,..,||,..(((((((.......)))))))...}}.}}}}))))))}},.}))))))))}..}}}}}}(((((((((({{.,,{{|,,,.,.(((((((((,,(((((,..{,.,{{{,,..||.,,|,}}}|||,},.{||},|||}|.||{(((((....)))))}|}}|}|||||.,,,},}})}}})},,}))))),.)}}}}||||{{{{.,,,,||}}.,}})))}}}))},,))))))))))))))))}}...})))}.,.))))))))...)),..,)))}..)))))))}))),),,,,.,))))))).}}.))}})),}.,,,....{|||||,},,{{,......))).,))))))....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001276289.2 NCBI
GGAGCUGUCGCCUAGCCGCUAUCGCAGAGUGGAGCGGGGCUGGGAGCAA… 4386 nt 0.3878
NM_001276290.1 NCBI
AGAACCAUGGAGUCUGGCAGUACCGCCGCCAGUGAGGAGGCACGCAGCC… 1218 nt 0.4589
NM_001278433.2 NCBI
GAGCUGUGGUGGGCUCCACCCAGUUCGAGCUUCCCGGCUGCUUUGGUUA… 4307 nt 0.3854
NM_001369389.1 NCBI
AGAGGCGUCAAGGGAGGCCGGAGGGAGAGUGGGGUGGACAGAGGAGCGG… 4410 nt 0.3864
NM_001369390.1 NCBI
CGCUCACCCUCCCCCAUUUCCUGAAGGACAACGGCUCUAUUUUACUGGG… 4221 nt 0.3798
NM_002734.5 NCBI
GGAGCUGUCGCCUAGCCGCUAUCGCAGAGUGGAGCGGGGCUGGGAGCAA… 4253 nt 0.3858
NM_212471.3 NCBI
AGAGGCGUCAAGGGAGGCCGGAGGGAGAGUGGGGUGGACAGAGGAGCGG… 4277 nt 0.3844
NM_212472.2 NCBI
AUUGACGUCAGUAGCCGAACGCUGAUUGGCUGCGGCCAGGCCGUUUCCG… 4356 nt 0.3893
Summary

cAMP is a signaling molecule important for a variety of cellular functions. cAMP exerts its effects by activating the cAMP-dependent protein kinase, which transduces the signal through phosphorylation of different target proteins. The inactive kinase holoenzyme is a tetramer composed of two regulatory and two catalytic subunits. cAMP causes the dissociation of the inactive holoenzyme into a dimer of regulatory subunits bound to four cAMP and two free monomeric catalytic subunits. Four different regulatory subunits and three catalytic subunits have been identified in humans. This gene encodes one of the regulatory subunits. This protein was found to be a tissue-specific extinguisher that down-regulates the expression of seven liver genes in hepatoma x fibroblast hybrids. Mutations in this gene cause Carney complex (CNC). This gene can fuse to the RET protooncogene by gene rearrangement and form the thyroid tumor-specific chimeric oncogene known as PTC2. A nonconventional nuclear localization sequence (NLS) has been found for this protein which suggests a role in DNA replication via the protein serving as a nuclear transport protein for the second subunit of the Replication Factor C (RFC40). Several alternatively spliced transcript variants encoding two different isoforms have been observed. [provided by RefSeq, Jan 2013] CIViC Summary for PRKAR1A Gene

Forensic Context

A study in humans and mice demonstrated that the PRKAR1A is upregulated in whole blood cells and peripheral blood mononuclear cells of patients who develop heart failure after acute myocardial infarction, and is also upregulated in monocytes/macrophages at day 2 post-infarction in mice [Chen et al. DOI:10.3389/fimmu.2022.878876]. A study in human myocardial samples from explanted hearts demonstrated that the PRKAR1A mRNA expression was significantly upregulated in dilated cardiomyopathy (8.16-fold, p < 0.0002) and ischemic cardiomyopathy (4.33-fold, p < 0.002) compared to a healthy control group [Tatrai et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2011.05.010].