Basic Information

Symbol
ATG2A
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 2A KIAA0404 BLTP4A Bridge-Like Lipid Transfer Protein Family Member 4A Autophagy-Related Protein 2 Homolog A ATG2 Autophagy Related 2 Homolog A (S. Cerevisiae) ATG2 Autophagy Related 2 Homolog A
Location (GRCh38)
11:64894531-64917245
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015104.3
Sequence length
6318.0 nt
GC content
0.6391

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2808.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2913.45 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1687.21
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001367971.1 NCBI
AGUGAACAGCGGAGCCGGACGGGGAUCGCCGGCGGGCGGCAAGCGGAGG… 6294 nt 0.6395
NM_001367972.1 NCBI
AGUGAACAGCGGAGCCGGACGGGGAUCGCCGGCGGGCGGCAAGCGGAGG… 6300 nt 0.6394
NM_015104.3 NCBI
AGUGAACAGCGGAGCCGGACGGGGAUCGCCGGCGGGCGGCAAGCGGAGG… 6318 nt 0.6391
Summary

Enables lipid transfer activity. Involved in autophagosome assembly and positive regulation of autophagosome assembly. Is active in organelle membrane contact site. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans established a targeted RNA sequencing protocol for predicting the time-of-day of bloodstain deposition using 69 candidate mRNA markers, where the ATG2A was excluded from the final analysis due to unreliable expression quantification from rarefaction analysis [Gosch et al. DOI:10.1101/2025.02.03.636230][Gosch et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2025.103287]. The final penalised regression model, which did not include the ATG2A, achieved a root mean squared error of 3 hours and 44 minutes with 78% of predictions correct within ±4 hours via five-fold cross-validation.