Basic Information

Symbol
PRKCI
RNA class
mRNA
Alias
Protein Kinase C Iota DXS1179E PKCI Atypical Protein Kinase C-Lambda/Iota Protein Kinase C Iota Type PRKC-Lambda/Iota APKC-Lambda/Iota EC 2.7.11.13 NPKC-Iota Protein Kinase C, Iota EC 2.7.11
Location (GRCh38)
3:170222124-170305978
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002740.6
Sequence length
4887.0 nt
GC content
0.3874

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1323.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1421.69 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1647.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.....))))).(((((((((((((((((....)))))..))))..))))).(((((((((((.(..(((((((.(((((((((.(...((((((.(((((((((((((..(((((...(((((..((..(((((.((((..((((.((.((.((.....)).)))).)))).))))))))).)))))))...)))))..((.(((((((.(((((.......))))).)))).))).)))).))))))))))).((((((.........))))))....)))))).).))).)))))).))))))((((((....(((..((((....))))...)))..)))))).(((.((.(((((((((((((((((((.((......)).))..........)))))))))))..)))))).)).)))....)..).))))))).))))(((((((((....(((((((((((...((((((((((((..((((..(((((((.((((....)))).)))))))))))....((((((.....((((.(.((...)).).))))))))))...((((......))))...((((..(((((((((((((((.(((((((.(((((..((((((((((....((((..((((...((((((...)).))))...........)))).))))....)))))))...((((((.....)))))))))...))))))))..)))).(((((((.....(((......)))......))))))).......((((((((((((......(((.((((((((((.(((((.....)))).((((..((((((((((.(((((((.....)))))))...((((........))))((((((.((..(((((((((((...((((((((((..((((((((....((((((....(((((..((..(((........))).))..)))))..((......))))))))....))))))))))))..((((........((((((((..(((((.......))))).(((((..........))))).......(((((....)))))........((((...((((((.((.(((((...(((((((((.((((((.(......).)))))).......)))))))))))))))).))))))))))(((.(((.((((((.....))))))))).)))((((((((.....(((((.(((((.(((...)))..)))))))))).....)))))))).))))))))........))))((((.......((((((......))).))).......))))))))))..)))))))....))))..)).))...))))......))))))))))..))))..).)))))).(((((((((((....((((.((((((...((((.(((.((.(((((.............))))))).))).))))..))))))))))((((((..((((..(((.(((((..((((((...(((((..((((((((...(((((((.((((.((.(.(((((..(((......)))..))))).).))...)))).)))))))...)))..)))))))))).((((((((....(((((((....)))))))................((((((((((((((((....(((.((.(((((((((.((..((((......((....))..((((.((.(((((.((((((((.....)))))...((((...)))).)))))))).))))))))))..))..)))))))))..)).)))....)))).((((............))))......(((((((....(((.(((((((....(((...)))(((((....))))).))))))).)))))))))).......((((((..(((((.(((((((.(.((.(((((....))))).)).)..))))))).))))).)))))).)))).))))))))..)))))))).......))))))(((((.(((...((((.(((((.((((((((((....(((..((((((..(((..(((((.....................((((((.....................))))))......(((((((((((((.(((((((....((.((((((((((((((.....(((((......((((....)))).....))))).....))))))))...))))))..))....)))))))))))))...(((...((((((.......))))))...)))((((((((.(((((((...(((((((((..((((.((.((((((..............)))))).))...))))....((((((((.((((((((((((...))))))))))....)))))))))).))))))))))))))))....((((((........((((.((..((.(((((...(((((((.((((......)))))))))))...)))))))..)).))))....(((((((((((((((...)))))))......))))))))(((..(((((....)))))))))))))).(((((.((..(((((((..((((((....)))))).......)))))))))))))).((((((((((((((((..((((.(((((...((((((((((...(((((...................((((((((((.((((.....))))))....))))))))((((((((((((...))).....(((((....((((((........(((((.....)))))......))))))....))))).((((((...))))))........(((...)))......))))))))).......)))))..)))))))))).)))))...)))).)))..((((((((.(((.......))).))))))))..((((.((((.....)))).)))).))))))))).))))........((((...((((...((((((((........)))))))))))).)))).))))))))..(((((((((((((.((((((((.....((.......))....(((((...)))))........))))))))))))).))))))))(((....)))..(((......)))((((((.....)))))))))))))((((((...)))))))))))..)))..)))))).)))...)))))))))).))))).))))....))).)))))(((((((((((........))).))))))))((((((.....))))))((((((.......))))))...))))).)))...((((.((((.....(((((..((......))..))))).....)))).)).))......))))..))))))...........................(((....)))...))))))))))).....(((((((((((((((.((((((((((.((((((...(((.((((.......))))))).)))))))))))..)))))))))...((((............((((((((........))))))))))))((((((((((.......(((((.....))))).......))))))))))(((((.....)))))((((((((((((..........))))))))))))...)))))))))))......)))).))).......))))).)))))))......))))))))))))))).)))).))))))).......(((((((.......)))))))((((...)))).)))))))))))))))).......(..((((((((.(((((((...........(((...(((......))))))...(((((....((((.(((((...........))))).))))...)))))..(((((((((.((((((((.((((((((.((...(((((..........))))).)).))))))))..))).....))))))))))))))(((...))))))).))).))))))))..)...((((.....))))(((((......((.(((((((((((((...(((.(((((((.((........(((((....(((...((...(((((..((((.....))))..)))))...))..)))..((((.......((((((.((((((..(((((..(((((((...((((((...........))))))....)))))))....))))).))))))))))))...((((....))))..))))..)))))....((((((((...((((........(((((.((......)).)))))...))))...)))))))).........))))))))).))).......((((((((.((......)).)))))))).))))))))))))).))....(((((..(((((.((((((.........((((.....)))).(((..((.((((..(((((((((((....(((....)))((((((((......(((....)))......).)))))))....))))))))))).....)))).))..))))))))))))))..)))))..(((((((..((((....))))..)))))))..)))))...((((.(((((((((((((.((.....)).))..)))))))))))))))...........((((((((((....)))).)))).))..........)))))))))(((((.((((.(((....(((((...))))).....))).)))).)))))....)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.....))))).{((((((((((((((((....)))))..))))..})))).(((((((((((.,,..((((((.(((((((((.(...((((((.{((((((((((((..(((((...(((((.,{{..(((((.((((..((((.({,((.((.....)).)))).)))).))))))))).}))))))...))))),{((,({(((((.(((((.......))))),)))).))).)))).))))))))))).((((((.........))))))....)))))).).))).)))))).)))))),,((((....(((..((((....))))...)))}.})))),.(((.((.((((((((((((((((({(.{(.,....))))|,....,....))))))))))}.,)))))).)}.)))...,}..,.))))))).))))(((((((((,,{(({(((((((((,,,{{((,,{{,,,{,.{{{{..,((((((.{{((,..,||||,|}|||},})))}},.,,,|||.||||{|||}|}||||,||||||||||{{|((({.((((...,{{||||{,{{({{,(((({({{..,{{,...,|,,|||.(((((..(({(((((((..{{{{((,,((({...((((((...))},))}.,....,,,,.}))).))))..,.)))))))...((((((.....))))))}))...)))))}}}||||},},}}||}|,,....,{|{{{{,,|||||..,|||||||{{{|,,|,,{{{((,,,,{,{{,((({,.,,{{,||||||,{(({.,,,.})}}.|,{(,..{({,({(({.,((((((.....)))))})}}}}))).}}.,|,.}}},,,||,.,,}}|||,..,,,|||||,|,.}}})}}}}}}},,|..,|||||||||,...,|||||,.,{.}|||.}}}},,.{{(((,..|{{{({,,,(((({(({((({{{{{{,,,{|||{{,{(((........}}}.,}}|}}}}},,{{{{{....,,,|}}}}.{{{{{........,.)}}}},.,{{,{{(({{..,,|||}|......}.|||||,,|{,|||,||,{((((,..(((((((((.((((((.(......).)))))).,.....}})))))))}}))}}}|}}}}}}}|||(((.(({{((((((.....))))))))).}}|((((((((.....(((((.{{(({.(((...})}..}))))))))),}.,.))))))))},,..})}}}}}}}{{{(({(((.{({{{{{{{(((({.....,})).))..((((((((((((......))))))))))))).,})),,,}))},)))),}}}})),,,.)})}}}},}}}||||||}.,,,{(((({(((,,({{((((.((((((...((((.(((.({{(((((...,.....,...})))))).))).))))..)))))))))|{(((({{{{.{{{.|||,,,,,.|||,||}}}}}|{(({..,{(((((({{,(((({(({((({,{{,{,(({{({{(((,{{..{}||,{||}},......,.}))),}))))||,|,|||,.,}||||||||,((({,{,,.},,{((((((....))))))}................,{{|||||||||,{{{|...,||}||.|||||||,.||{|||,||||....}}}}|.|,..||||,|,,||||}}||||||||}}}}})|}},.,.{{{,...})}|{||||||}|{|||{({{..{{{{{..,}|}))}}}..})})}|...,}},}|||{..,,},},|{{{(({({{....,(((((((....{((,(((((((....{{{...,}}{{{,,....})))}.)))))))}}}}))))))}{{{{{.,,,(((({{,,{{{,((((,,{.,,{{,,,((({{{{{|,,,.||{{{{||,,,,,.,},},{|||||,{|,,||,|,{({|{{.{{.|||||{{{{,{,,..,{(((((((((((.,((({,(({{(,((((((((((,...(((.,((((((..{((,,({{{,.......,,......,,....{{{{{{............,,,,,...,))))))......{{{,{(,{(((((.(((((((....((.{{((({{{{{{{{{.....(((((.,....((((....)))).....))))).|.,,||}}}}}),..)))))}..))....)))))))))))))},.{{,...((((((.......,)))}},..,,,,{|{||,{.{{{{|||}}}||{||||||},||||,||,||||||,,,,,,........||)))}.}},,,}|}}.,|,{({((({{{(({(({{((({{...}}}}})))}}....)))))|||||,|}}}}}}}}}}|)))},,|,,,.,.....,,..,||||,{{..{{.(((({...(((((((.((((......)))))))))))...}))}},}..)),}}}},{{|(((((((({((((({......})))}.....}))))))}|||},||((({{{{,|}}}{{{{({({..,,,,|}|}}.,|||{|,..||||||,...}))))),|,.,|||||||}|},|||||,{{|{{{{{|||||,|,..||||})}|||,..||||||||,,,}|||||||.,,,..............((((((((,(.((((.....)))),}....)))))))),,,((((((((,...{{{(((..(((((,,..((((((..,..,..(((((.....)))))..,}..))))))....))))).((((((...))))))........{{....|}|{,,,,{||||,|}}}}|,{{{{||,..,}))))},}},},},,}},}}))}},}}...{(((((((.(((.......))).))))))))..|{{{.{(((.....)))).}))}..,))))))))))}}}}|}....,{||...((({...((((((((........))))))))}))).))))|}|}})))},}|||{((({(((((.((((((((.....({.......)}....{{{{,...,}}}}........))))))))))))).}))}}}|{(((....))))},(({{{{..|||((((((.....)))))),))))))((((((...)))))}}}}}},,|}}..}}}}}}.}})|.,))}})))))).)))))}))))|,,.|,,.{{{{{(((((((((((........))).))))))))}}}||||,||,|}}}},{||||{.......}))))),||||,|,,,{{,,,(((,{{{((....,||||}}},,..,,,}),},}},,}}},,.}}}}}}},))||))}}.}}}}),,,))))}}.}}}}}}.......,,.}}}}},(((((((.((((((((((.(((..{((({{((((((((((({{((,{,,,{({{{{.((((({...{((.((((.......))))})).})))))})))},,||,,,||||.,{((((............((((((((........))))))))))))||((((((({,,.....{{{{{...,})}},..,.,,..}))))))))}|,,,|......,,|.((((((((((((..........))))))))))))...))))))))))}........{(((((((.......},.))))))))}}}}}}....}}}...)))))))))).))))))).......{((((((.......))))))}{{{,...,))),)))))))...,,)))))}}}}..,...|||||{{.,||||||..,.}}}}}..(((..,(((......))))}).,|{(((|....||||,||(((...........)))}},||||...,)))),.{(((((((,{((((({((,((((((((.{(...(((((,{,....,}.))))).)}.))))))))..,}}.,,,.)))))))))))))},((.{{|||}|||,}||,|||,||},,},,,}||||..,,,),,)}}}))}}.}}}}}}||||,,||||,||}},}||}|||||...|}},,||,.{((((|....,.}|}}|....|||||..,((({{{{,|||,{{||||,.{{{{{{|,|{,,,)).,}}}})},}}}}}},|},|},.......,,,|||}}}}|{|||,,|,}}}}}},..||||,..{((((((((...{{{{...,,))))))))))))),|||,.,,,))),,},,,,.}}}}},,..{((((((({{{{(((.....,,{{{{{{.,,..,,,.})})}}},...))})}}.)))))))}.,,,,,,....,})))))},|,,,|,,.,(((({{{{.,|,.....)).))))))||{|||||({{|||||{{|{{{{(((((..(((((.(({{{|....,.,..{(({.....)))){{{{..,|.((((..(((((((((((.,{.,{{....|},((((((((......(((....)))......).))))))).,}.))))))))))).....)))).,}..))))))))))))))..))))}..(((((((..((((....))))..)))))))..}|,|||,||(({.{(((((((((({(.((.....)).)),.}}))))))))}})))}.,,,.,,}}}})},,,|||}}}}}))))))))},},}},,..,.,.}))))))))(((((.{(({.{({...,{(({,...,)))).....))).)))).)))))....)),

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002740.6 NCBI
GACGCAGGAGGUGUCUUGGGCCCGGGCGGCUGUAGAGGCGGCGGCGCCU… 4887 nt 0.3874
Summary

This gene encodes a member of the protein kinase C (PKC) family of serine/threonine protein kinases. The PKC family comprises at least eight members, which are differentially expressed and are involved in a wide variety of cellular processes. This protein kinase is calcium-independent and phospholipid-dependent. It is not activated by phorbolesters or diacylglycerol. This kinase can be recruited to vesicle tubular clusters (VTCs) by direct interaction with the small GTPase RAB2, where this kinase phosphorylates glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPD/GAPDH) and plays a role in microtubule dynamics in the early secretory pathway. This kinase is found to be necessary for BCL-ABL-mediated resistance to drug-induced apoptosis and therefore protects leukemia cells against drug-induced apoptosis. There is a single exon pseudogene mapped on chromosome X. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.