Basic Information

Symbol
PRKCQ
RNA class
mRNA
Alias
Protein Kinase C Theta Protein Kinase C Theta Type EC 2.7.11.13 NPKC-Theta PRKCT Protein Kinase C, Theta EC 2.7.11
Location (GRCh38)
10:6427136-6580855
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006257.5
Sequence length
3255.0 nt
GC content
0.4713

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-990.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1052.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 928.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001242413.2 NCBI
CCGCCAGCCCCGCCAGUCCCCGCGCAGUCCCCGCGCAGUCCCCGCGCAG… 3106 nt 0.4697
NM_001282644.2 NCBI
AGUCCCCGCGCAGUCCCCGCGCAGUCCCAGCGCCACCGGGCAGCAGCGG… 3253 nt 0.4713
NM_001282645.1 NCBI
CCGCCAGCCCCGCCAGUCCCCGCGCAGUCCCCGCGCAGUCCCCGCGCAG… 3234 nt 0.4743
NM_001323265.1 NCBI
AUGUGGCCUCUCGCCCCUUUUCCUGACUCUGAGAAUGUGGCCGGAGCCG… 3340 nt 0.4763
NM_001323266.2 NCBI
AGUCCCCGCGCAGUCCCCGCGCAGUCCCAGCGCCACCGGGCAGCAGCGG… 3192 nt 0.4724
NM_001323267.2 NCBI
AGUCCCCGCGCAGUCCCCGCGCAGUCCCAGCGCCACCGGGCAGCAGCGG… 2351 nt 0.4917
NM_006257.5 NCBI
AGUCCCCGCGCAGUCCCCGCGCAGUCCCAGCGCCACCGGGCAGCAGCGG… 3255 nt 0.4713
Summary

Protein kinase C (PKC) is a family of serine- and threonine-specific protein kinases that can be activated by calcium and the second messenger diacylglycerol. PKC family members phosphorylate a wide variety of protein targets and are known to be involved in diverse cellular signaling pathways. PKC family members also serve as major receptors for phorbol esters, a class of tumor promoters. Each member of the PKC family has a specific expression profile and is believed to play a distinct role. The protein encoded by this gene is one of the PKC family members. It is a calcium-independent and phospholipid-dependent protein kinase. This kinase is important for T-cell activation. It is required for the activation of the transcription factors NF-kappaB and AP-1, and may link the T cell receptor (TCR) signaling complex to the activation of the transcription factors. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

The literature review notes that the PRKCQ is significantly altered in cocaine abusers [Das et al. DOI:10.1080/21655979.2021.2003667].