Basic Information

Symbol
PRKCSH
RNA class
mRNA
Alias
PRKCSH Beta Subunit Of Glucosidase II PKCSH Glucosidase 2 Subunit Beta GluIIbeta VASAP-60 GIIbeta AGE-R2 80K-H G19P1 GIIB Protein Kinase C Substrate 60.1 KDa Protein Heavy Chain Advanced Glycation End-Product Receptor 2 Protein Kinase C Substrate 80K-H Glucosidase II Subunit Beta Hepatocystin PCLD PLD1 Protein Kinase C Substrate, 80 Kda Protein Glucosidase II Beta Subunit Polycystic Liver Disease AGE-Binding Receptor 2 80K-H Protein PCLD1
Location (GRCh38)
19:11422369-11450969
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001289104.2
Sequence length
2096.0 nt
GC content
0.6112

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-827.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -862.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 419.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001329.3 NCBI
CUUUCUGCAGCAGGAACCGCGGCUGCUGGACAAGAGGGGUGCGGUGGAU… 2066 nt 0.6089
NM_001289102.2 NCBI
CUUCCUCCCACAGAACCCGUUUCGGGCCUCAGAGCGUCUGGUGAGAUGC… 1962 nt 0.6081
NM_001289103.2 NCBI
CUUUCUGCAGCAGGAACCGCGGCUGCUGGACAAGAGGGGUGCGGUGGAU… 2100 nt 0.6110
NM_001289104.2 NCBI
CUUUCUGCAGCAGGAACCGCGGCUGCUGGACAAGAGGGGUGCGGUGGAU… 2096 nt 0.6112
NM_001379608.1 NCBI
CUUUCUGCAGCAGGAACCGCGGCUGCUGGACAAGAGGGGUGCGGUGGAU… 2079 nt 0.6099
NM_001379609.1 NCBI
CUUUCUGCAGCAGGAACCGCGGCUGCUGGACAAGAGGGGUGCGGUGGAU… 2070 nt 0.6087
NM_002743.3 NCBI
CAGGAACCGCGGCUGCUGGACAAGAGGGGUGCGGUGGAUACUGACCUUU… 2079 nt 0.6065
Summary

This gene encodes the beta-subunit of glucosidase II, an N-linked glycan-processing enzyme in the endoplasmic reticulum. The encoded protein is an acidic phosphoprotein known to be a substrate for protein kinase C. Mutations in this gene have been associated with the autosomal dominant polycystic liver disease. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in human patients with sepsis demonstrated that the PRKCSH exhibited increased polyadenylation in viral compared to bacterial infection samples, identifying it as a candidate gene for differential polyadenylation analysis between infection types [He et al. DOI:10.1186/s12879-025-11078-z]. A study in rats demonstrated that the mRNA Pld1, identified as a hub gene within a protein-protein interaction network from a constructed ceRNA network, was upregulated in the cavernous nerve crush model group and was suggested to be regulated by the miRNAs rno-let-7a-2-3p and rno-miR-129-2-3p [Huang et al. DOI:10.1080/21655979.2021.1973863].