Basic Information

Symbol
PRKCZ
RNA class
mRNA
Alias
Protein Kinase C Zeta PKC2 Protein Kinase C Zeta Type EC 2.7.11.13 NPKC-Zeta Protein Kinase C, Zeta EC 2.7.11 PKC-ZETA
Location (GRCh38)
1:2050411-2185395
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002744.6
Sequence length
2385.0 nt
GC content
0.6034

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-950.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -995.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 594.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001033581.3 NCBI
AGCUGCUGGCUACAGCUUCCCGGGGGAGCCGGGUACCACCCGGGCCUGG… 2097 nt 0.5804
NM_001033582.3 NCBI
AGAACAUCGCUCGGUGCCAGACAGGCAGGACGCAGCGGGCUGGCCUGCG… 2011 nt 0.5773
NM_001242874.3 NCBI
GCACAGAUGCUCCGGGCAGCAACACGGCUGGUGCCACGGCCCGGGGAAG… 2036 nt 0.5742
NM_001350803.2 NCBI
AGCUGCUGGCUACAGCUUCCCGGGGGAGCCGGGUACCACCCGGGCCUGG… 2121 nt 0.5823
NM_001350804.2 NCBI
AGCUGCUGGCUACAGCUUCCCGGGGGAGCCGGGUACCACCCGGGCCUGG… 2330 nt 0.5841
NM_001350805.2 NCBI
GCACAGAUGCUCCGGGCAGCAACACGGCUGGUGCCACGGCCCGGGGAAG… 2233 nt 0.5786
NM_001350806.2 NCBI
AGCUGCUGGCUACAGCUUCCCGGGGGAGCCGGGUACCACCCGGGCCUGG… 2294 nt 0.5841
NM_002744.6 NCBI
GUUCGGACACCGCCCCCCGCCCCCGCCGGACGGUCCCGCCCCGCGCGCC… 2385 nt 0.6034
Summary

Protein kinase C (PKC) zeta is a member of the PKC family of serine/threonine kinases which are involved in a variety of cellular processes such as proliferation, differentiation and secretion. Unlike the classical PKC isoenzymes which are calcium-dependent, PKC zeta exhibits a kinase activity which is independent of calcium and diacylglycerol but not of phosphatidylserine. Furthermore, it is insensitive to typical PKC inhibitors and cannot be activated by phorbol ester. Unlike the classical PKC isoenzymes, it has only a single zinc finger module. These structural and biochemical properties indicate that the zeta subspecies is related to, but distinct from other isoenzymes of PKC. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly downregulated the PRKCZ in oligodendrocytes, specifically within the Rap1 signaling pathway, as part of broader transcriptomic disruptions in cortical glial cells [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].