Basic Information

Symbol
PRKD3
RNA class
mRNA
Alias
Protein Kinase D3 EPK2 PRKCN Serine/Threonine-Protein Kinase D3 Protein Kinase C Nu Type Protein Kinase EPK2 EC 2.7.11.13 Protein Kinase C, Nu EC 2.7.11 NPKC-NU NPKC-Nu PKC-NU PKD3
Location (GRCh38)
2:37250502-37324833
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005813.6
Sequence length
6156.0 nt
GC content
0.3892

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1604.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1729.38 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1840.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..((((.(.......)))))..))))))(((((((((.((((((.(.(((((....((.(((((((.......))))))).)))))))).)))))).)))......((((((((.(.((((........)))).).))))))))..(((..((.......))..)))((((.((((((..((((..(.((((..(((((((((((((((.................))...)))))))))..))))....((((((......).))))))))).)..)))).)))))).))))....((((.((((((((....))))))))))))...((((((..((...)).....))))))((((((((.((((..(((..((((((((((.(((.(..((((......))))..)......((((((....((((...((((((((((........)).))..))))))...))))(((((((((((((.(((((......((((((.(((((((((....)))))))...)))))))).......))))).)))).(((((...((((.((((((((.((((((((.(((((((.((((((.................((.((((((((.(((.(((((((((..(((....)))...((((.((((((((.....((((.........((((...))))...........(((((.((((((((((.((...(((.((((((((.....((((.......))))................)))))))))))...))))))).))))).))))).........))))....)))).((((((..((......((((((.......))))))......)).))))))((((.((........)).)))).))))..)))).(((..(((..(((..(((((((((......(((((.((.......(((((.((((.....((((.........))))...))))))))).....)).)))))....)))))))))))))))...))).........)))))))))..))).)))))))).)).......((((..((((.....))))..))))....(((.((((....(((((((((((..(((((...(((..(((((...(((((....(((((.....)))))))))).......((((((.(((((.(((((((.(((.(((((((...(((((.(((((...(((.((((((((((.((((....(((..(((((((((((((.....(((((((..............)))).)))......)))))))..))))))..)))...(((...((((((((((((.........)))))........)))))))...))).......((((((.((.((..(((.((((.(((.(((....(((....)))...)))..))).))))..)))....))))))))))((((.((((((.((.((((.....)))).)).))))))....))))..(((((.(((.......)))))))).)))).))...))))))))(((....(((((...((((.(((((((((((.............))).)))))))))))).))))))))......)))..))))).....))))))))))))))).)))))))........(((((((....((.(((........))).))..)))))))............(((((.......)))))..))))).)))))).(((((....)))))(((((....)))))...(((((.((...)))))))(((.((.((.((.......)).)).)).)))(((((...((((.(........).))))))))).((((((........))))))........)))))..))).)))))..))))).))))))...))))..)))))))))))))))).))))...............(((.((((((((((...((.((((...((((((((...((((((.((..((((((((((((((((((((((............((((.....)))).....((((.......(((((((.((((.....))))..((.((..((((((.....))))))..)).)).......(((...)))(((((..(((((.(((((.((((((((((((((((((((((.............((((((.........)))))))))))))..((((........))))....))).)))))).....((((((.....))))))..(((((((((((((((...(.((((...)))).).)))))).))))).))))....((((...(((((((((((((.(((.....((((..((.(((((....)))))))..))))...)))........((((((((((...(((.(((...((((((((((((.((........)).))).)))))).)))))))))....))))))))))...)))))).)))))))....((((...)))).((.((((((........))))))..))..(((((((((((.(((((...((((((((.((((((((((((((.((...((((((...(((....((((...(((((((((.((((((((((((....((...(((((.((.(((((.((.....)).))))).)).)))))((((.(((((((((((.........))))))..))))).))))))....)))))).....))))))..)))).)))))......(((((....))))))))).......))).))))))....)).))))))).))))))).....(((.(((((((.........(((...(((((.(((.((.((....))))))))))))(((.((((((((.(((((((..((((((((((((((((((.(((((...(((((....((((.(((......))).)))).(((((.(((((.......(((((((((.((...((((.(((..((((.((((..(((((.(((.((((.(((..((....))..))))))).)))))))).(((((.....))))).....(((((((((..................))))))))).....(((......)))((((....))))(((.((((....(.(((((((.........((((....))))..((((....((((......))))...)))).........((((....))))..))))))))...)))).))))))).))))))).)))).)).)))))))))((.((((..(((((((..(((((((((((...((((..(((((..................))))).)))).))))..)))))))((........))(((.((.((((..((((((..........((((((.........(((((((((((((((..(((((((((......((((((((.((((((((((((((((((((.....))))).))))))).((((......))))......)))))))).))).)))))...))))))))))))))......(((........))).....(((((((.....(((((((((.(.....((((....((((....))))....)))).....))))))))))....)))))))))))))).)))..........))))))........)))))))))).))))).(((((((.(((((....))))).)))))))......((((((((....))))))))((((((((((................)))))))))).....(((((((.(((....((........))...))))))))))......(((((((....))))))).))))))))))).))..(((((((...((((..((((((...))))))...(((((((.((((.....)))).))))))).........((((((((((((..((((((((((((..(.((((.....((((((((((..((........))..)))))))))).(((((....((((((..(((((.(((((.((.((((.......)))).))))))).).))))..)))..)))....))))).....)))).)...))))))))).)))..)).))))).)))))...))))...)))))))...(((........)))))))).)))))......)))))..)))))...)))))).....((((((......))))))...))))))))).)))..)))))))......)))))))))))................(((((....))))))))))))))).))).(((....))).))))))))..)))))..))).............))))))))..(((((...))))))))))))))).))))).))))))))))..............(((((..((((((((((.(((((((((.(.((((...((((((((((((((((((........((...))........(((((.((((((.....)))))).)))))))))))))))....((.((((((((((...)))))))))).))((((((..........)).)))).......))))))))..(((((((.(((((............)))))))))))).............)))).)))))))))).))...((((((((.......))))))))(((((((((((((((((.((((((((....((((......))))..))))))))..)).)).)))))((((((((((...(((..((((..(((((.(((.(((..(((((.((......)).)..))))...)))...))).))))).)))).............(((((((...............((((..(((........))).))))...............))))))).)))..))))))))))))))))))...)))))))).))))))))))))....((((((((((.....(.(((((((((((.((((...(((((...)))))....))))))..))))))))).))))))))))).))))(((((((((((((((......))))))).)))...(((((....))))).....(((((((((((((((((...((((((..((((......)))).))))))...(((.(((......))))))))))))).))))).).))))...........))))))))))))))))(((((((((...(((.........)))...))).)))))).((((....)))).....((((((((......))))))))........((((((....))))))(((((((((.........)))))))))))))....)))))))..))))))))...................((((...))))..(((....)))...........((((((((.((((((((((....((((.(((.........))).))))......)))))))))).)))))..))).((.((.......)).)).)))))))).)))).)).....(((((..((((((((...))))))))....)))))..........(((((((((.........)))))))))..)))))))))).)))...............)))).))))))))...)))).....)))))......((((.(((((((..(((((((......)))))))..))))))).)))))))))))))(((((.....(((((((((((..((((((((((((((((((..(((.....)))..))))..((((........)))).......))))....))))))))))..))).....))))))))))))).))))))(((.((((((((.....)))))))).)))..))).))))))))))..)))...))))..)))).))))............(((((((((((((............)))))))))).)))........))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..((((.,.......}))))..)))))),((({{(((.((((((.(.(((((....((.(((((((.......))))))).)))))))).)))))).))).,.,{,((((((((.(.((({,....,,.}))).,.)))))))).,||,..,.....|,,||{{{{{,..,}|||||{,.(((({{(.,,{{,,{{{,((((((((((,.,,,.............)}...))))))))}..}})},..}||||||,,,,,.|,|}}||||||,|..|||||},}}}||||,,....((((.((((((((....))))))))})})...{(((({..{{...||.....}}))}}{((({{{{.((((..(((..((((((((((,,,,.,..((((......))))..,.,,,..,{,,,{|||.{(((...((((({((((........)).))..))))))...)))){|||,....((((.(((((..,...((((({,(((((((((....)))))))...))))))))....,..))))).)))),|,{{((((((,,....|}}||,,,|,(((((((..(((((((.(((((...,((((((((..((.((((((((.(((.(((((((((..{..,,,.,|,...((((.((({((((.....((((.........{({{...,}}}...........(((((.((((({((((.((...({{.((((((({...,.{(((.......})},..,}............))))))))}}}...))})))).))))).))))).........))))....)))).((((((,,({......((((((.......))))))....,,)}.)))))){{{{.{{...,,,,,}}.}}))})))),,)))).(((..{{{..(((..(((((((((......(((((.((.......(((((.(({({{,..,((,.......,,},))},.})))))))).....)).)))))....))))))))))))}}}...))),,,,.....)))))))))..))).)))))))).)).|{{{({,{((,,((((,.,,,|}}|..}}||||,{(((,{{,{..{,({(((((,{{{.,,({{{{{.{({,.,((({,,..,{{,{{{.(((((.....))))).,,,|,,,,.,,(((((({{{((,.,,,,,,,.||}}}}}}}|{...,{(((((((((({.,,...,,(((,((({(((((((.((((((((((((((,(((((((((((.,,,....{({{,...|{{{|||{{|{,|||,{{((({..({{{{{{,.{({..,({{.,.((((((((((((.........)))))........)))))))...})},,.....((((((.((.((..(((.((((.(((.(((....(((....)))...)))..))).))))..)))....}))}))))))|||{.,,||||,{|.,|||}},,.}}}}.}),))}}}|{{{{{|||..(((((.(((.,....}}))))))).}|||.,,.|,},})))).|||,...(((((...((((.(((((((((((.............))).)))))))))))).))))),,,.....,|||{{{{|||....}))}}))))),}}|||{{{|||||....({,((((((......)))))}..}}}...,}}.......,||{{{{{{{......,((....{{{{{{,,|{({,{((({.|{||,...|||}}}}})))))(((((....)))))...{{{{{.{(...}}}}))}|.,....{{.{(.......)).}}.))}))),{|||,,.|}|}.}}}}}..{.{{||{{|{|{((((((((........)))))},)).,,|,|||,|{{||,.,|||}..,})))}},}}},...||,...,,.,}},,}||}|||,.,|||.......,,,,{{{..(({(((((,,.,}}}}|.}}}}}}...,...|||}},|,||||},,..||||||,|||.|||||||||||.|..........((((.....)))).}}}}||||},,,.,,(((({.,.((((.....))))..,,.,,..((((((.....))))))..,,.}}.......{({...})),,,}},,,,,..}}|||}|||,||||||||||{{|,,.|||,,.,,{,{{{.,{((((((.........)))))))),,|||,.,.{{|,{,..,{|||,,,{|||||||||||||,,,|||{||,..,,}))}}}..,||}|||||||||{{...{{(((({,,||||.}|||}||,.}||||{||||....,,...,,(((((((((((((.(((,,...,(((..((.(((((....)))))))..))))..,))}........((((((((((,..((,{(((...{{((((((((((.((........)).))).)))))),}))))))))..,.))))))))))...)))))).)))))))....{((|,..}))).{{.((((((........))))))..},,{{((.(((((.(.((((((({.....}))))},}.}.).}}))))).},...,,...}||}|}}}}|||,|||}}}})}))},}.,},|||,,|,|{||.,...{||||.,|,|||||}||,,,}|}|,||}||....}})))..,}}}.}))}))}|.}}}}.......))))))))))))))}|}}|..}}},}}}..,((((((.....{((..{(((({....,......{(((((((.((((((((((.{{((({..((((((((,,{,.(((((..,,....,,..))))),,||..}}}}}}}}.{(.{{{{(.{((,{{|{{....))))})))))))})})))))),..)))))))))).)))))))),,,.{{,,.,|||||...,|||,{{({((,(.,{{{{{,{.||,.,,)),}}})),....}.}}}}},(((((((((.((...((((.(((..((((.((({..{((({{(((.((((.(((..((....,),,))))))).)))))))).(((((.....))))).,...(((((((((.............}....)))))))))...},(({......))){(({....})))(((.((((....(.(((((((.......,,({{{..,,||}}..((((....((((......))))...)))).,..||},.{{{|,,..))))..))))))))...)))).)))}))).))))))).)))).)).)))))))))....((((((,,......)))})),||||,||{(((..{{(((.|,,,,....,.......)))}}.}})}.}))}..|||||.|||........))}}}))}..})}}}}..|||,,||..))}}}|,,,..(((((((.((((((((..{((({.,((((((((,,,,...((((((((.((((((((((((((((((((.....))))).))))))),((((......))))......}))))))).)))}})))).,})))))))))))))}((((((((((((((((,,.((({..((((.((((.((.((..,{.(((((((((..({....{{,.......((((...,........)))).......,,,....))..))))))))).,,.)).))))))..))))}))})}.))))).........,((((({,({({{|,..}}}}}.)))))))},,|,,((((((((....))))))))((((((((((................)))))))))).........,,,.,......{.{{{{....}}},...)))))))))))...(((((((....)))))))...,,{,{{{((({.......,,,...}})))}{(((({...}))))}...(((((((.,(((,....)))}.))))))).{(({.(((.(...}.))).}))).)))))))).))))))).......{(((((((((..((........))..)))))))))|{{||{(,,{{({.((({.(((({{{{.,||||,||{{,,,....}}}}}|||||||||.,..(((((((((({.....,(((((((({,,,{,,,,,..,(({{{{{{{{{((((((({{(((((((((({{{{{{,...,)))}}||||((((,{.((((((((.,.(((.(((((((((((.,((.....({.{({(,..{|||..,},,|{.....)){((((.((({...|,.......,.....}))).))))}.))}})))))))).)))...)))..))))))))||,,}}}}.{{||||,({,..{|||{{{{.,,||||..,}},,)),),)}}}}........,,{((((({((((...})})},{,{((,,,,}}),|}|||||||||||,....,}}}}}}}||{|{{.||||||{{(({.(((((((((.{.((({..,{((((({{((((((((((........||...))........(((((.((((((.....)))))).))))))))))))))),,,,{{.((((((((({...}))))))))).)}||{{{,.,,,...,{{|,,}}}..,,,,,,}}}}}}}}..{{(({{{.{{{{{............}))}}})))))).............}))).,))))))))).))...((((((((.......)))))))){((((((({(({{{{((,({{{{{{||,..{{{{,||,..||||{{|,,,,,))}}))}||{||}}}{(((((((((...{{{..{{{{..(((((,{{|.(((,.(((((,(({,,...}|,}},}}}}...}||..,|||.}}})),)))).......{{,....,|||((.(((....))).}}(((((({(.,.....}}.))))))...........,,,.|||||,,,,.}}}..))))))))))}}})))}}...})))}))),}}}}|,|}||,|,||,{(((((((((,{{....{((((((((((.((((...(((((...)))))....)))))),.}))))))))}))))))))))}...,,}},|,||{(((((((......))))))).))},|,(((({....)))))..,}))})))|)))))))|,,,{{{.{(((,...........)))},))))))))))}}))))))))))}}|}}}}}.,)))}...,,},}},.,........,{,{|,}|||.,,,,}}}.}}}}}.{{{{...{(({.......,}})...))}})))))))))))).)))))))}...,{((((({......})))))||,,((((({...,)))))).||||.||||,||||,,,|||,.,},}}}}}}}|},,,..,}}}}},,..}|}||||.....}}})),}},....})))))}}}))),}}})..,..))),.,...}))))))))|||{.((((((((((,,{.((((.(((.........))).)))).,.,..)))))))))).,},|{{{{{{{{{.{{{{..,,,|,.||,|{{{|,||{{{{{....}}}}|||,,}}||{||{{,...,}}}}}))|},.))|},.{{{{{{,,.(((((((((.........))))))))).))}}}}}.},)})),.,.,}}}}),.,}})}))))))}}))})},})))),,}},((((((((.,,((((.(((((((..({(((((......)))))))..))))))).)))).,,.)))))))),,|||}}||{{{||.||,.,,,),)})))))})))))},......,,,},,,...|||.,||,,,,,,,.,}}})},,...,}}})))))))))))))).})).})))..))))))),,,}||.})}}}}(({.((((((((,...,)))))))).}))..,}}})))}}))))),.))}...))))..}))).))})...,,.,,....||,{(((((((({...,........)))))))))}})))})}}.....}))))......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005813.6 NCBI
GCCCUCCGGCCCCAGGACGGGACGGGGAGGGAGGGAGGAAGGGGCGCCG… 6156 nt 0.3892
Summary

This gene belongs to the multigene protein kinase D family of serine/threonine kinases, which bind diacylglycerol and phorbol esters. Members of this family are characterized by an N-terminal regulatory domain comprised of a tandem repeat of cysteine-rich zinc-finger motifs and a pleckstrin domain. The C-terminal region contains the catalytic domain and is distantly related to calcium-regulated kinases. Catalytic activity of this enzyme promotes its nuclear localization. This protein has been implicated in a variety of functions including negative regulation of human airway epithelial barrier formation, growth regulation of breast and prostate cancer cells, and vesicle trafficking. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulated the PRKD3 in oligodendrocytes, where it was downregulated as part of broader disruptions to Rap1 signaling pathways [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].