Basic Information

Symbol
PRKN
RNA class
mRNA
Alias
Parkin RBR E3 Ubiquitin Protein Ligase Parkin AR-JP PARK2 PDJ Parkinson Disease (Autosomal Recessive, Juvenile) 2, Parkin Parkinson Protein 2, E3 Ubiquitin Protein Ligase (Parkin) Parkinson Juvenile Disease Protein 2 E3 Ubiquitin-Protein Ligase Parkin Parkinson Protein 2 E3 Ubiquitin Protein Ligase Parkin RBR E3 Ubiquitin-Protein Ligase Parkinson Disease Protein 2 E3 Ubiquitin Ligase EC 2.3.2.31 LPRS2
Location (GRCh38)
6:161347417-162727775
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004562.3
Sequence length
4178.0 nt
GC content
0.4820

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1327.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1404.32 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 953.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004562.3 NCBI
AGGAUUUAACCCAGGAGAGCCGCUGGUGGGAGGCGCGGCUGGCGCCGCU… 4178 nt 0.4820
NM_013987.3 NCBI
AGGAUUUAACCCAGGAGAGCCGCUGGUGGGAGGCGCGGCUGGCGCCGCU… 4094 nt 0.4814
NM_013988.3 NCBI
AGGAUUUAACCCAGGAGAGCCGCUGGUGGGAGGCGCGGCUGGCGCCGCU… 3731 nt 0.4739
Summary

The precise function of this gene is unknown; however, the encoded protein is a component of a multiprotein E3 ubiquitin ligase complex that mediates the targeting of substrate proteins for proteasomal degradation. Mutations in this gene are known to cause Parkinson disease and autosomal recessive juvenile Parkinson disease. Alternative splicing of this gene produces multiple transcript variants encoding distinct isoforms. Additional splice variants of this gene have been described but currently lack transcript support. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for PRKN Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.