Basic Information

Symbol
PRMT5
RNA class
mRNA
Alias
Protein Arginine Methyltransferase 5 SKB1Hs HRMT1L5 SKB1 Histone-Arginine N-Methyltransferase PRMT5 Protein Arginine N-Methyltransferase 5 Shk1 Kinase-Binding Protein 1 Homolog 72 KDa ICln-Binding Protein Jak-Binding Protein 1 SKB1 Homolog IBP72 JBP1 HMT1 HnRNP Methyltransferase-Like 5 Skb1 (S. Pombe) Homolog SKB1 Homolog (S. Pombe) EC 2.1.1.320 HSL7
Location (GRCh38)
14:22920525-22929458
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006109.5
Sequence length
2304.0 nt
GC content
0.5126

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-792.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -835.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 654.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001039619.3 NCBI
AGCGCGAGGAGAAAGAUGGCGGCGAUGGCGGUCGGGGGUGCUGGUGGGA… 2389 nt 0.5182
NM_001282953.2 NCBI
AGCGCGAGGAGAAAGAUGGCGGCGAUGGCGGUCGGGGGUGCUGGUGGGA… 2257 nt 0.5206
NM_001282954.2 NCBI
AGCGCGAGGAGAAAGAUGGCGGCGAUGGCGGUCGGGGGUGCUGGUGGGA… 2270 nt 0.5172
NM_001282955.2 NCBI
AGCGCGAGGAGAAAGAUGGCGGCGAUGGCGGUCGGGGGUGCUGGUGGGA… 2172 nt 0.5147
NM_001282956.2 NCBI
AGCGCGAGGAGAAAGAUGGCGGCGAUGGCGGUCGGGGGUGCUGGUGGGA… 1927 nt 0.5241
NM_006109.5 NCBI
AGCGCGAGGAGAAAGAUGGCGGCGAUGGCGGUCGGGGGUGCUGGUGGGA… 2304 nt 0.5126
Summary

This gene encodes an enzyme that belongs to the methyltransferase family. The encoded protein catalyzes the transfer of methyl groups to the amino acid arginine, in target proteins that include histones, transcriptional elongation factors and the tumor suppressor p53. This gene plays a role in several cellular processes, including transcriptional regulation, and the assembly of small nuclear ribonucleoproteins. A pseudogene of this gene has been defined on chromosome 4. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Sep 2015]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PRMT5 gene, encoding a protein involved in RNA metabolism, was upregulated as part of the metabolism of RNA pathway specifically in the colon of post-mortem sepsis patients compared to uninfected controls [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].