Basic Information

Symbol
ATG3
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 3 PC3-96 APG3L Ubiquitin-Like-Conjugating Enzyme ATG3 Autophagy-Related Protein 3 DKFZp564M1178 FLJ22125 MGC15201 HApg3 APG3 ATG3 Autophagy Related 3 Homolog (S. Cerevisiae) APG3 Autophagy 3-Like (S. Cerevisiae) ATG3 Autophagy Related 3 Homolog APG3 Autophagy 3-Like Protein PC3-96 EC 2.3.2.- APG3-LIKE APG3-Like
Location (GRCh38)
3:112532510-112562046
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_022488.5
Sequence length
1568.0 nt
GC content
0.4847

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-485.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -513.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 426.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278712.2 NCBI
AGUGUCACGUGAGGCCCCGGUGGCGGCGCAGCUACGGCAAGAGAGUGAG… 3056 nt 0.4035
NM_022488.5 NCBI
AGUGUCACGUGAGGCCCCGGUGGCGGCGCAGCUACGGCAAGAGAGUGAG… 1568 nt 0.4847
Summary

This gene encodes a ubiquitin-like-conjugating enzyme and is a component of ubiquitination-like systems involved in autophagy, the process of degradation, turnover and recycling of cytoplasmic constituents in eukaryotic cells. This protein is known to play a role in regulation of autophagy during cell death. A pseudogene of this gene is located on chromosome 20. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2013]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulated the ATG3 in microglia, implicating it in autophagy pathway disruption [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649]. A separate investigation in mouse embryos showed that acute alcohol exposure during neurulation upregulated the ATG3 in the rostroventral neural tube two hours post-exposure, associating it with autophagy and cellular stress responses [Boschen et al. DOI:10.1016/J.Alcohol.2022.09.001].