Basic Information

Symbol
PROX1
RNA class
mRNA
Alias
Prospero Homeobox 1 Homeobox Prospero-Like Protein PROX1 Prospero-Related Homeobox 1 Prospero Homeobox Protein 1 PROX-1
Location (GRCh38)
1:213982711-214041510
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001270616.2
Sequence length
8468.0 nt
GC content
0.4067

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2158.97 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2335.10 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2399.96
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270616.2 NCBI
AGCUGAGGGAGCGCUCUGAAAUAAUACACCAUUGCAGCCGGGGAAAGCA… 8468 nt 0.4067
NM_002763.5 NCBI
ACUUGCACUGUCUUGUUCUUGAAUGAGAAAGGAAGAAAAGAGCCUCCCA… 8146 nt 0.3965
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the homeobox transcription factor family. Members of this family contain a homeobox domain that consists of a 60-amino acid helix-turn-helix structure that binds DNA and RNA. The protein encoded by this gene is conserved across vertebrates and may play an essential role during development. Altered levels of this protein have been reported in cancers of different organs, such as colon, brain, blood, breast, pancreas, liver and esophagus. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

A study in human dermal lymphatic endothelial cells (LECs) demonstrated that the PROX1 is a master regulator of LEC identity and is downregulated upon knockdown of the LEC-specific lncRNA LETR1 [Ducoli et al. DOI:10.1038/s41467-021-21217-0]. In a review of mouse and human myocardial infarction models, the PROX1 was identified as a marker for venous endothelial cells, specifically expressed in endothelial cell cluster EC3 [Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680].