Basic Information
Symbol
PRPH
RNA class
mRNA
Alias
Peripherin
PRPH1
NEF4
Neurofilament 4 (57kD)
Neurofilament 4
Location (GRCh38)
12:49295147-49298686
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
Mechanical injury analysis
Sudden death from CNS diseases
MANE select
Transcript ID
NM_006262.4
Sequence length
1800.0 nt
GC content
0.6344
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-760.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-791.15 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
334.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| CUUCCCAGCCCCCGGCCUAGCUCUGCGAACGGUGACUGCCCAUCCUUGG… | 1800 nt | 0.6344 |
Summary
This gene encodes a cytoskeletal protein found in neurons of the peripheral nervous system. The encoded protein is a type III intermediate filament protein with homology to other cytoskeletal proteins such as desmin, and is a different protein that the peripherin found in photoreceptors. Mutations in this gene have been associated with susceptibility to amyotrophic lateral sclerosis. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in human postmortem cerebellar tissue demonstrated that the PRPH was analyzed via qRT-PCR as a candidate gene from a microarray screen comparing individuals who died from severe frontal cortex injuries to a reference group [Schober et al. DOI:10.1007/s00414-014-1129-3]. A study in mice demonstrated that the PRPH was the most downregulated gene affected exclusively by formalin-induced inflammatory pain in the primary somatosensory cortex one hour after treatment [Erdei et al. DOI:10.3390/ijms26083538].