Basic Information

Symbol
PRRT4
RNA class
mRNA
Alias
Proline Rich Transmembrane Protein 4 Proline-Rich Transmembrane Protein 4
Location (GRCh38)
7:128350325-128361690
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001174164.2
Sequence length
3550.0 nt
GC content
0.6834

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1772.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1825.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 822.05
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001114726.3 NCBI
AGAGCCGGCUGCCGCGGAGCCCCGGCGCGGGCGGCUUCGCCGGGGAGCG… 2399 nt 0.6461
NM_001174164.2 NCBI
AGAGCCGGCUGCCGCGGAGCCCCGGCGCGGGCGGCUUCGCCGGGGAGCG… 3550 nt 0.6834
NM_001395429.1 NCBI
AGAGCCGGCUGCCGCGGAGCCCCGGCGCGGGCGGCUUCGCCGGGGAGCG… 3433 nt 0.6828
NM_001405492.1 NCBI
GAGUGUGUUUCCUGGCGCGCGUGUGGAUGUGUGUGCUGGGCCGCCCUGG… 2557 nt 0.6433
NM_001405493.1 NCBI
GAGUGUGUUUCCUGGCGCGCGUGUGGAUGUGUGUGCUGGGCCGCCCUGG… 3350 nt 0.6355
NM_001405494.1 NCBI
AGAGCCGGCUGCCGCGGAGCCCCGGCGCGGGCGGCUUCGCCGGGGAGCG… 2516 nt 0.6486
NM_001405495.1 NCBI
GAGUGUGUUUCCUGGCGCGCGUGUGGAUGUGUGUGCUGGGCCGCCCUGG… 2210 nt 0.6344
NM_001405496.1 NCBI
AGAGCCGGCUGCCGCGGAGCCCCGGCGCGGGCGGCUUCGCCGGGGAGCG… 2169 nt 0.6404
Summary

Predicted to be located in membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in zebrafish and mouse demonstrated that the PRRT4 transcript, a brain/spinal cord development protein, increased in relative abundance at 0.3 hours postmortem in zebrafish [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].