Basic Information

Symbol
PRRX1
RNA class
mRNA
Alias
Paired Related Homeobox 1 PHOX1 PMX1 Paired Mesoderm Homeobox Protein 1 Homeobox Protein PHOX1 PRX-1 Paired-Related Homeobox Protein 1 Paired Mesoderm Homeo Box 1 AGOTC PRX1
Location (GRCh38)
1:170662728-170739421
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_022716.4
Sequence length
4061.0 nt
GC content
0.4041

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1091.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1174.20 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1161.84
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006902.5 NCBI
ACUCGGCUCCUCUCCCCCCUCGCGCCCACAGCGUUUGGUGUUGAUUCGA… 4133 nt 0.4053
NM_022716.4 NCBI
ACUCGGCUCCUCUCCCCCCUCGCGCCCACAGCGUUUGGUGUUGAUUCGA… 4061 nt 0.4041
Summary

The DNA-associated protein encoded by this gene is a member of the paired family of homeobox proteins localized to the nucleus. The protein functions as a transcription co-activator, enhancing the DNA-binding activity of serum response factor, a protein required for the induction of genes by growth and differentiation factors. The protein regulates muscle creatine kinase, indicating a role in the establishment of diverse mesodermal muscle types. Alternative splicing yields two isoforms that differ in abundance and expression patterns. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

The transcriptional factor prx1 is activated during the initial stages of limb regeneration in *Xenopus* and in mononuclear cells under the wound epidermis in froglets, but not in mouse skin, and its induction is suggested as a marker for therapeutically induced scarless wound healing in mammals [Kosykh et al. DOI:10.3390/ijms24097895].