Basic Information

Symbol
ATG4B
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 4B Cysteine Peptidase AUTL1 KIAA0943 Apg4B Autophagy-Related Cysteine Endopeptidase 1 Autophagy-Related Protein 4 Homolog B AUT-Like 1 Cysteine Endopeptidase Cysteine Protease ATG4B DKFZp586D1822 Autophagin-1 HsAPG4B HAPG4B ATG4 Autophagy Related 4 Homolog B (S. Cerevisiae) APG4 Autophagy 4 Homolog B (S. Cerevisiae) Autophagy Related 4B, Cysteine Peptidase ATG4 Autophagy Related 4 Homolog B APG4 Autophagy 4 Homolog B EC 3.4.22.- EC 3.4.22 APG4B
Location (GRCh38)
2:241637213-241673857
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013325.5
Sequence length
2797.0 nt
GC content
0.5856

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1129.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1178.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 928.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_013325.5 NCBI
AGUCGGCGGCCGGACUGGGAAGAUGGACGCAGCUACUCUGACCUACGAC… 2797 nt 0.5856
NM_178326.3 NCBI
AGUCGGCGGCCGGACUGGGAAGAUGGACGCAGCUACUCUGACCUACGAC… 2817 nt 0.5857
Summary

Autophagy is the process by which endogenous proteins and damaged organelles are destroyed intracellularly. Autophagy is postulated to be essential for cell homeostasis and cell remodeling during differentiation, metamorphosis, non-apoptotic cell death, and aging. Reduced levels of autophagy have been described in some malignant tumors, and a role for autophagy in controlling the unregulated cell growth linked to cancer has been proposed. This gene encodes a member of the autophagin protein family. The encoded protein is also designated as a member of the C-54 family of cysteine proteases. Alternate transcriptional splice variants, encoding different isoforms, have been characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulated the ATG4B in microglia, as part of a broad disruption of autophagy pathways revealed by single-cell RNA sequencing [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].