Basic Information
Symbol
PRUNE2
RNA class
mRNA
Alias
Prune Homolog 2 With BCH Domain
KIAA0367
BNIPXL
BMCC1
C9orf65
BNIP2 Motif-Containing Molecule At The C-Terminal Region 1
Protein Prune Homolog 2
BA214N16.3
A214N16.3
Olfaxin
BNIP2 Motif Containing Molecule At The Carboxyl Terminal Region 1
BCH Motif-Containing Molecule At The Carboxyl Terminal Region 1
Chromosome 9 Open Reading Frame 65
Prune Homolog 2 (Drosophila)
Prune Homolog 2
Location (GRCh38)
9:76611376-76906591
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
MANE select
Transcript ID
NM_015225.3
Sequence length
12612.0 nt
GC content
0.4493
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3783.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-4020.45 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
2887.30
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
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| CUCCGCCGCAGCCGCCUCAGAGCGGCAGGAGGGAGCAGUCGGUCGCUGC… | 12537 nt | 0.4494 | |
| AUGUGACCAGAAAAUGGAGGCGAAUCUGUAUUUCCAGUUAACUGCUCAG… | 4454 nt | 0.4050 | |
| AUGUGACCAGAAAAUGGAGGCGAAUCUGUAUUUCCAGUUAACUGCUCAG… | 4309 nt | 0.4047 | |
| AUGUGACCAGAAAAUGGAGGCGAAUCUGUAUUUCCAGUUAACUGCUCAG… | 4225 nt | 0.4040 | |
| AUGUGACCAGAAAAUGGAGGCGAAUCUGUAUUUCCAGUUAACUGCUCAG… | 4312 nt | 0.4047 | |
| CUCCGCCGCAGCCGCCUCAGAGCGGCAGGAGGGAGCAGUCGGUCGCUGC… | 12612 nt | 0.4493 |
Summary
The protein encoded by this gene belongs to the B-cell CLL/lymphoma 2 and adenovirus E1B 19 kDa interacting family, whose members play roles in many cellular processes including apotosis, cell transformation, and synaptic function. Several functions for this protein have been demonstrated including suppression of Ras homolog family member A activity, which results in reduced stress fiber formation and suppression of oncogenic cellular transformation. A high molecular weight isoform of this protein has also been shown to colocalize with Adaptor protein complex 2, beta-Adaptin and endodermal markers, suggesting an involvement in post-endocytic trafficking. In prostate cancer cells, this gene acts as a tumor suppressor and its expression is regulated by prostate cancer antigen 3, a non-protein coding gene on the opposite DNA strand in an intron of this gene. Prostate cancer antigen 3 regulates levels of this gene through formation of a double-stranded RNA that undergoes adenosine deaminase actin on RNA-dependent adenosine-to-inosine RNA editing. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2015]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the PRUNE2 (Prune2/Bmcc1) mRNA was validated as a mis-spliced target in hearts from a cardiomyocyte-specific Mbnl1/Mbnl2 double knockout model, which recapitulates myotonic dystrophy cardiac pathology and sudden death [Lee et al. DOI:10.1093/hmg/ddac108]. This splicing alteration was strictly concordant between RNA-seq and RT-PCR validation and was noted as not previously reported in myotonic dystrophy patient studies.