Basic Information

Symbol
ATG4C
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 4C Cysteine Peptidase AUTL3 APG4C AUTL1 Autophagy-Related Cysteine Endopeptidase 3 Autophagy-Related Protein 4 Homolog C AUT-Like 3 Cysteine Endopeptidase Cysteine Protease ATG4C Autophagin-3 FLJ14867 HsAPG4C AUT (S. Cerevisiae)-Like 1, Cysteine Endopeptidase; AUT-Like 1, Cysteine Endopeptidase (S. Cerevisiae) ATG4 Autophagy Related 4 Homolog C (S. Cerevisiae) APG4 Autophagy 4 Homolog C (S. Cerevisiae) Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Autophagy Related 4C, Cysteine Peptidase ATG4 Autophagy Related 4 Homolog C AUT-Like 1, Cysteine Endopeptidase APG4 Autophagy 4 Homolog C EC 3.4.22.- EC 3.4.22 APG4-C
Location (GRCh38)
1:62783821-62865999
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032852.4
Sequence length
2944.0 nt
GC content
0.3471

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-708.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -769.37 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 872.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_032852.4 NCBI
AAAGUACCUGUAGCUGCGGCGCUGAGGUCGGAACGUCUGCGUGUGUGCG… 2944 nt 0.3471
NM_178221.3 NCBI
AAAGUACCUGUAGCUGCGGCGCUGAGGUCGGAACGUCUGCGUGUGUGCG… 2896 nt 0.3450
Summary

Autophagy is the process by which endogenous proteins and damaged organelles are destroyed intracellularly. Autophagy is postulated to be essential for cell homeostasis and cell remodeling during differentiation, metamorphosis, non-apoptotic cell death, and aging. Reduced levels of autophagy have been described in some malignant tumors, and a role for autophagy in controlling the unregulated cell growth linked to cancer has been proposed. This gene encodes a member of the autophagin protein family. The encoded protein is also designated as a member of the C-54 family of cysteine proteases. Alternate transcriptional splice variants, encoding the same protein, have been characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the ATG4C in microglia, as part of a broad disruption of autophagy pathways revealed by single-cell RNA sequencing [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].