Basic Information

Symbol
PSMD1
RNA class
mRNA
Alias
Proteasome 26S Subunit, Non-ATPase 1 P112 Rpn2 S1 Proteasome (Prosome, Macropain) 26S Subunit, Non-ATPase, 1 26S Proteasome Non-ATPase Regulatory Subunit 1 26S Proteasome Regulatory Subunit RPN2 26S Proteasome Regulatory Subunit S1 26S Proteasome Subunit P112
Location (GRCh38)
2:231056845-231173116
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002807.4
Sequence length
3323.0 nt
GC content
0.4415

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-954.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1017.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1116.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001191037.2 NCBI
GUCCUGGCGAGAAGCGAGCCGGCGGCCUGAGGAGGCGACUGACUGAGCA… 3230 nt 0.4430
NM_002807.4 NCBI
GUCCUGGCGAGAAGCGAGCCGGCGGCCUGAGGAGGCGACUGACUGAGCA… 3323 nt 0.4415
Summary

The 26S proteasome is a multicatalytic proteinase complex with a highly ordered structure composed of 2 complexes, a 20S core and a 19S regulator. The 20S core is composed of 4 rings of 28 non-identical subunits; 2 rings are composed of 7 alpha subunits and 2 rings are composed of 7 beta subunits. The 19S regulator is composed of a base, which contains 6 ATPase subunits and 2 non-ATPase subunits, and a lid, which contains up to 10 non-ATPase subunits. Proteasomes are distributed throughout eukaryotic cells at a high concentration and cleave peptides in an ATP/ubiquitin-dependent process in a non-lysosomal pathway. An essential function of a modified proteasome, the immunoproteasome, is the processing of class I MHC peptides. This gene encodes the largest non-ATPase subunit of the 19S regulator lid, which is responsible for substrate recognition and binding. There is evidence that this proteasome and its subunits interact with viral proteins, including those of coronaviruses. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene.[provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PSMD1 was downregulated in subcutaneous adipose tissue during short-term weight loss [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].