Basic Information

Symbol
ATG4D
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 4D Cysteine Peptidase APG4-D APG4D AUTL4 Autophagy-Related Cysteine Endopeptidase 4 Autophagy-Related Protein 4 Homolog D AUT-Like 4 Cysteine Endopeptidase Cysteine Protease ATG4D Autophagin-4 HsAPG4D AUT-Like 4, Cysteine Endopeptidase (S. Cerevisiae) ATG4 Autophagy Related 4 Homolog D (S. Cerevisiae) APG4 Autophagy 4 Homolog D (S. Cerevisiae) Autophagy Related 4D, Cysteine Peptidase Cysteine Protease Involved In Autophagy ATG4 Autophagy Related 4 Homolog D APG4 Autophagy 4 Homolog D EC 3.4.22.- EC 3.4.22 SPGF101
Location (GRCh38)
19:10543533-10553423
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032885.6
Sequence length
1963.0 nt
GC content
0.6480

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-896.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -929.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 590.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001281504.2 NCBI
GUCCUGGCCCGCUAAGAUGGCGAUGGCUGCGGUAGCAGCGGCGGCGGCU… 2037 nt 0.6465
NM_032885.6 NCBI
GUCCUGGCCCGCUAAGAUGGCGAUGGCUGCGGUAGCAGCGGCGGCGGCU… 1963 nt 0.6480
Summary

Autophagy is the process by which endogenous proteins and damaged organelles are destroyed intracellularly. Autophagy is postulated to be essential for cell homeostasis and cell remodeling during differentiation, metamorphosis, non-apoptotic cell death, and aging. Reduced levels of autophagy have been described in some malignant tumors, and a role for autophagy in controlling the unregulated cell growth linked to cancer has been proposed. This gene belongs to the autophagy-related protein 4 (Atg4) family of C54 endopeptidases. Members of this family encode proteins that play a role in the biogenesis of autophagosomes, which sequester the cytosol and organelles for degradation by lysosomes. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2013]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the ATG4D in microglia, where it is involved in the autophagy pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].