Basic Information

Symbol
PTAFR
RNA class
mRNA
Alias
Platelet Activating Factor Receptor Platelet-Activating Factor Receptor PAF-R PAFR PAFr
Location (GRCh38)
1:28147166-28194083
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000952.5
Sequence length
3993.0 nt
GC content
0.5277

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1451.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1522.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1205.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000952.5 NCBI
ACUUCUGCAAUUGCCAGACAGCAUAGAGGCUGAGGCUGGGGCCAGGACC… 3993 nt 0.5277
NM_001164721.2 NCBI
ACCUGCUUCCUGAGCUCCCCGAGAAGUCAUCCAGGACCUCCCCGAGAAG… 4111 nt 0.5300
NM_001164722.3 NCBI
ACCUGCUUCCUGAGCUCCCCGAGAAGUCAUCCAGGACCUCCCCGAGAAG… 4029 nt 0.5279
NM_001164723.3 NCBI
ACUUCUGCAAUUGCCAGACAGCAUAGAGGCUGAGGCUGGGGCCAGGACC… 4064 nt 0.5278
Summary

This gene encodes a seven-transmembrane G-protein-coupled receptor for platelet-activating factor (PAF) that localizes to lipid rafts and/or caveolae in the cell membrane. PAF (1-0-alkyl-2-acetyl-sn-glycero-3-phosphorylcholine) is a phospholipid that plays a significant role in oncogenic transformation, tumor growth, angiogenesis, metastasis, and pro-inflammatory processes. Binding of PAF to the PAF-receptor (PAFR) stimulates numerous signal transduction pathways including phospholipase C, D, A2, mitogen-activated protein kinases (MAPKs), and the phosphatidylinositol-calcium second messenger system. Following PAFR activation, cells become rapidly desensitized and this refractory state is dependent on PAFR phosphorylation, internalization, and down-regulation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in rats using single-cell transcriptomic analysis identified the PTAFR as an orthologous gene associated with inflammatory processes in radiation-induced lung injury [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357]. In human research, the PTAFR mRNA in salivary extracellular vesicles was significantly upregulated in concussion clinic patients compared to healthy participants and higher than in emergency department patients with acute head trauma, indicating its involvement in cerebral edema and cerebral ischemia/reperfusion injury and its application for traumatic brain injury diagnosis and severity evaluation [Cheng et al. DOI:10.4103/1673-5374.266924].