Basic Information

Symbol
PTBP2
RNA class
mRNA
Alias
Polypyrimidine Tract Binding Protein 2 PTBLP NPTB BrPTB PTB Polypyrimidine Tract-Binding Protein 2 Neurally-Enriched Homolog Of PTB PTB-Like Protein Neural Polypyrimidine Tract Binding Protein Neural Polypyrimidine Tract-Binding Protein
Location (GRCh38)
1:96721573-96823738
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021190.4
Sequence length
3321.0 nt
GC content
0.3719

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-853.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -920.60 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 902.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((..(((((....))))).(((((((((((.(.((((((......((.(((...((((((((.........)))))))).))))))))))).))))))))))))...((((.((((((((.((((.((((....).)))))))))))..))))...)))).......(((((((((((.....(((((.(((.(((..(((((..........((((((.((.((((.((.((((........(((.(((.....))).))).........(((((((..(((((((.((((..((..(((.((((((((((....))))))((.....)).(((((.......))))).........((((...(((((..(((((((((((..(((((.......(((((.....)))))...)))))....))))....(((.((((..(((((.....((((((((.(.........................(((((((...((((((((((((((((((((.....))))))(((((((((....)))))....(((((((((..((((......))))..))))).).)))(((((.......))))).(((((......................))))).((((((((((..((.((((((.((((((((.........)))))))).((((.(((......)))....))))..((((((((((((((..(((.(((....))).)))..((.(((((((((.(((..(((((.(((((((((((((((((((......((((((.((((((.........(((........)))....(((((.((((.......)))).).)))).......)))))).))))))......))))....))))))))))..((.((((((((.((((.((.(((....)))((((((((((((((((.(((.....((..((((........))))..))))))))))))......))))))))).((((((((((...)))))))))).)))))))))))).))))..(((((((....((((((..(((((((.((.((...............((((((..(((.(((..........)))..)))))))))(((((((((((((.((((....(((((((...)))))))...........((((..(((.....)))..)))).(((...)))..)))).))..))))))).))))....((((((((.....((((((.......))))))....))))))))..)).)))))))))..))))))......)))))))((((((((((((....((((....)))).......))).))).))))))..(((((((((.((..((((((...(((((.......((((((((...(((..(((((.((.((((.....((((((....((((.(((.((............)).)))))))....))))))...((.((((((......)))))).))((((((...((.(((((((((((...((....))...))))))).......))))))...)))))).............((((((((((((..((......))..)).))))))))))...............)))).)).)))))..)))((((((...(((((....)))))..)))))).(((((....))))).))).)))))......)))))...))))))...........)).)))))))))....((((((((((((((.(((((............))))))))))))).....((((((....((((((((((((((...(....)...)))))((((((.(..(((.(((..........)))..)))..).))))))...........................)))))))))....)))))).....))))))))))).))))).))).))))))))).)).....)))))))))))))))))))))).))))))).))).......((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(((..((((((((...((((((((...(((((.................(((......)))........((.((((((((((((........((((....))))......)))))))).)))).)).............((((((((((..........(((((.(((((....))))).)))))....((((....)))).))))))))))..............)))))...))))))))..)))))))).))).......))))))))....)))).)))))))))))..))))))))))))).))))))))........)))).(((((((((.(((((...(((......((((((((.....))))))))..)))...))))).))))).))))(((((....((((((.(((..(((((((...)))))))...)))))))))....)))))..))))))))))...(((((((...))))))).......))))..)))))))((((.........))))).)))))).)).....((..(((((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((.(((((((((.((((.........)))).)))).....))))).)..)))......))))))))).(((((...((((....)))).)))))((((((.((.(((((.........((((((..(((((((((..(((((......(((((((((.....((((((.......)))))).))))))))))))))......((((((((((((.....))))))))))))....)))))))))....)))))).........))))).)).))))))((((...(((((((((.((((........))))))))))))).))))...))))))).)))).....)))))))))))))..))..)))))..))))))).)))))))...)))))....))))(((..((((........))))..)))............)))).)))..))..))))...)))))))))))))).)))))))))).))))))))((((((...(((((((...(((.((....((((........))))...))))))))))))))))))......)))))..)))))))))))...)))))..............)))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,{{{(({,,{..(((((....))))).{((((((((((.({((,,(({{....}}}|,,}}}|,|||{||}|.,||},,}}||||}}.}}}||||||||,|,|}}}}}}|}},({(((({(((,((((.((((.((({....}.)))))))))))..|}}}...,||,.....||((((((,(((,(((({(((,(((((((((.{(((({..........,{{{{,,{,......,,,,{{{{{|,,||{{{{.{{,||,,...{{{{{{{{...{{{({{{,{{,.,|,{{..(((((((....))))))).,{{,(({{{{|||||((({.....},,||||.,}}}}})))).......}}}|{}||||||||...,|,,|}}}))}}.}||||,,}}}}})},}},..,})))))}..)))))}}}})),,....,,,...,,.,{{{,{,,...{((({,.,{,.{{{.,{,..{{{{{{{,{((((({{{.{((({{.,,,.,,(((((,,{((((((.....||||||{{{,(((((....)))))....,{{{({{{{.,(({{..,.,,})})..)}|||{|{,|,(((((.......)))))},||||}|......,....,,,,,...,||||,.((((((((({..((.({{(((,((((((((.......,.)))))))).,{{,.{|,,|,..,}},...,)})}..((((((((((((((.,((,.,||,,,.,,,,)),..{(.(((((((((.(((..(((((.(((((((((((((((((((......((((((.((((((.........(((........)))....{(((,.,{((.....,.}}}),)}}))}.......)))))).))))))......))))....))))))))))..((.((((((((.((((.{(,(((....||}((((((((((((((((.((,....{((..((((........))))..))))))))))))......))))))))).{{((((((((...)))))))))),)))))))))))).))))..(((((((..,.((((((..(((((((.((,((...............((((((..(((.(((,......,..,))..)))))))))((((((((((({(.((((....((((((,...}))))))...........((((..(((.....)))..)))).(((...))}..)))).})..))))))).))))....((((((((....,((((((.......))))))....))))))))..)).)})))))))..))))))......)))))))((((((((((((.,..((((....})))......,))}.))).)))))}..(((((((((.((..((((((,..((((({(.{{..(((((((({{,(((..(((((.((.({(,.....((((((....((((.(((.((..,,...,,...)).)))))))....))))))...{(.((((((......)))))).)|((((((...,{.(((((((((((...((....))...))))))).......))))})...)))))),............((((((((((,,{,((......)},}),.))))))))))..............,)))).}}.)))))..)))((((((.,.(((((....))))).,)))))).,{{{,....,)))).,)).)))))..}}.))))))...}}}}}),,}}},.....)).)))))))))....,{{{{{((((((((.(((((..,{{....}},))))))))))))).....((((((,,{{(({{(((((,{{{{...,....|...,)))){{((({.{.,{{{.{{{..........))),.})),,),)))))}.................,,..,.....}})))))}}....)}}}}}...,,)))))}))))).))))).))).))))))))).)}.....))))))))))))))}))))))}.))))))).))).......((((((((..((((((((((((((((((((((((,((((((((.(((.((((,((((((((...((((((((...(((((....{{,.{(({,((,.{({,.....}},...,}},.,|}||||||,|||{,.{{{{{,,(((({{,.||||....,{|||,,,||{,}||.....}},.,..}}}}|,{(((,,,,.,}},....,(((((.(((((....))))).)))))..}}||,|}}}}))),.))))))||||.......,,,,...)))))...))))))))..))))))))}))).......))))))))....}))).)))))))))))..))))))))))))).))))))))..,,....}))}}||||{,,{|}||||,,}}||}}}{{{.{{(((({{....,||||||,,..,||{{{},},,})))),.},))}}}}}...,||||||}||{..{||||||},,.))),)),.,)))))))))}}|{{||||{{{{{{{{||{|..,{{{{({({,.|||||||,...}}))))}(((,{{{{{((((.........)))}}.))))))}{{{{{{.{{|,{{((((,,,,||||,|{}|}||||||((((((((((((.,(((((((((.((((,......}.)))).)))),....})))).)..))),.....}))))))))....,,,{,{.(({{{{..,)})))),|}},||}|}}|||||.........||||||}}||||||||}},(((((......(((((((((.,,..,,((((....,}}),,)),.))))))))))))))......((((((((((((.....))))))))))))..{{{||||,,,,..}}))))),,{{{{{{{.|||,}.||{||,,,,{{{{,,.((((((((((((((........))))))))))))}.}})},.,||||}}||}|||{,,,..,||}|||||||{{{(...)))))}}))))}}}}))))))},..}}}}}..{|||{,({{..{(((........)))),,))).}}.,,,,.,....})}}},..}}}}}..}}}..)))))))),,.,,}))))),,,,,.,,,,}}))}}||,,{.{{{{{|{,{{|((|{({....((((........))))...)})),))))))}}}||||{{{,...))))}..,}}|||||}|,,,||}|||............,}),)))))),,,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001300985.2 NCBI
AGCCGCCAUUUUCUCGCCGCUUGUGUGGCUCGCUGGCUGCGUGGCUCGG… 12029 nt 0.3473
NM_001300986.2 NCBI
AGCCGCCAUUUUCUCGCCGCUUGUGUGGCUCGCUGGCUGCGUGGCUCGG… 12038 nt 0.3475
NM_001300987.2 NCBI
AGCCGCCAUUUUCUCGCCGCUUGUGUGGCUCGCUGGCUGCGUGGCUCGG… 12185 nt 0.3476
NM_001300988.2 NCBI
AGCCGCCAUUUUCUCGCCGCUUGUGUGGCUCGCUGGCUGCGUGGCUCGG… 3336 nt 0.3729
NM_001300989.2 NCBI
AGCCGCCAUUUUCUCGCCGCUUGUGUGGCUCGCUGGCUGCGUGGCUCGG… 12014 nt 0.3470
NM_001300990.2 NCBI
AGCCGCCAUUUUCUCGCCGCUUGUGUGGCUCGCUGGCUGCGUGGCUCGG… 11938 nt 0.3463
NM_001410833.1 NCBI
AGCCGCCAUUUUCUCGCCGCUUGUGUGGCUCGCUGGCUGCGUGGCUCGG… 3345 nt 0.3734
NM_021190.4 NCBI
AGCCGCCAUUUUCUCGCCGCUUGUGUGGCUCGCUGGCUGCGUGGCUCGG… 3321 nt 0.3719
Summary

The protein encoded by this gene binds to intronic polypyrimidine clusters in pre-mRNA molecules and is implicated in controlling the assembly of other splicing-regulatory proteins. This protein is very similar to the polypyrimidine tract binding protein (PTB) but most of its isoforms are expressed primarily in the brain. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PTBP2 was up-regulated in the ventral tegmental area during the post-addiction phase of nicotine self-administration compared to the pre-addiction phase, a finding validated by in situ hybridization [Fan et al. DOI:10.1016/J.Jgg.2024.08.009].