Basic Information

Symbol
PTGER3
RNA class
mRNA
Alias
Prostaglandin E Receptor 3 Lnc003875 EP3 Prostaglandin E Receptor 3 (Subtype EP3) Prostaglandin E2 Receptor EP3 Subtype PGE2 Receptor EP3 Subtype Prostanoid EP3 Receptor PGE2-R Prostaglandin Receptor (PGE-2) PGE Receptor, EP3 Subtype PGE Receptor EP3 Subtype EP3-III EP3-II EP3-IV EP3-VI EP3-I EP3e
Location (GRCh38)
1:70852353-71047816
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_198719.2
Sequence length
2360.0 nt
GC content
0.5085

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-812.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -856.10 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 642.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001126044.2 NCBI
GCCUCGCCACCAGAGGUUUCCCAGAGAGGAAGGCGUGGCUCCCUCCCGG… 2063 nt 0.5584
NM_198714.2 NCBI
GCCUCGCCACCAGAGGUUUCCCAGAGAGGAAGGCGUGGCUCCCUCCCGG… 1937 nt 0.5514
NM_198715.3 NCBI
GCCUCGCCACCAGAGGUUUCCCAGAGAGGAAGGCGUGGCUCCCUCCCGG… 7761 nt 0.3833
NM_198716.2 NCBI
GCCUCGCCACCAGAGGUUUCCCAGAGAGGAAGGCGUGGCUCCCUCCCGG… 1845 nt 0.5539
NM_198717.2 NCBI
GCCUCGCCACCAGAGGUUUCCCAGAGAGGAAGGCGUGGCUCCCUCCCGG… 1818 nt 0.5567
NM_198718.2 NCBI
GCCUCGCCACCAGAGGUUUCCCAGAGAGGAAGGCGUGGCUCCCUCCCGG… 1971 nt 0.5611
NM_198719.2 NCBI
GCCUCGCCACCAGAGGUUUCCCAGAGAGGAAGGCGUGGCUCCCUCCCGG… 2360 nt 0.5085
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the G-protein coupled receptor family. This protein is one of four receptors identified for prostaglandin E2 (PGE2). This receptor may have many biological functions, which involve digestion, nervous system, kidney reabsorption, and uterine contraction activities. Studies of the mouse counterpart suggest that this receptor may also mediate adrenocorticotropic hormone response as well as fever generation in response to exogenous and endogenous stimuli. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2009]

Forensic Context

A study in human traumatic brain injury (TBI) patients identified the PTGER3 as one of the top five downregulated mRNAs in brain contusion tissues compared to adjacent tissues, with a log2(fold change) of -3.4536 [Zhang et al. DOI:10.097/WNR.0000000000001756].