Basic Information

Symbol
PTGS1
RNA class
mRNA
Alias
Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 1 PGHS-1 COX1 Cyclooxygenase-1 PTGHS Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 1 (Prostaglandin G/H Synthase And Cyclooxygenase) Prostaglandin G/H Synthase 1 Prostaglandin H2 Synthase 1 PGH Synthase 1 EC 1.14.99.1 EC 1.14.99 PGG/HS PCOX1 PES-1 PGHS1 COX-1 PHS 1 COX3 PHS1
Location (GRCh38)
9:122370530-122395705
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000962.4
Sequence length
5020.0 nt
GC content
0.5070

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1741.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1835.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1362.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000962.4 NCBI
AGUGUGCGAGGCGCACGCACAGGAGCCUGCACUCUGCGUCCCGCACCCC… 5020 nt 0.5070
NM_001271164.2 NCBI
AGUGUGCGAGGCGCACGCACAGGAGCCUGCACUCUGCGUCCCGCACCCC… 4876 nt 0.5064
NM_001271165.2 NCBI
GUUCCAGCUUCAGCGUCUGGAGCUUGUGGCUCUUCUGCCUGCCGAGGCA… 5008 nt 0.5040
NM_001271166.2 NCBI
AGUGAGUUUCUCAUCUAGGAAACCAUCAGCAGGCCAGGCUGGACUGCCC… 5151 nt 0.5036
NM_001271367.2 NCBI
AGUGUGCGAGGCGCACGCACAGGAGCCUGCACUCUGCGUCCCGCACCCC… 4880 nt 0.5055
NM_001271368.2 NCBI
AGUGAGUUUCUCAUCUAGGAAACCAUCAGCAGGCCAGGCUGGACUGCCC… 5373 nt 0.5049
NM_080591.3 NCBI
AGUGUGCGAGGCGCACGCACAGGAGCCUGCACUCUGCGUCCCGCACCCC… 4909 nt 0.5052
Summary

This is one of two genes encoding similar enzymes that catalyze the conversion of arachidonate to prostaglandin. The encoded protein regulates angiogenesis in endothelial cells, and is inhibited by nonsteroidal anti-inflammatory drugs such as aspirin. Based on its ability to function as both a cyclooxygenase and as a peroxidase, the encoded protein has been identified as a moonlighting protein. The protein may promote cell proliferation during tumor progression. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2021]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the PTGS1 mRNA was down-regulated at 72 hours after higher magnitude blast wave exposures (10-11 psi and 14-15 psi) [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001]. A study in rats demonstrated that the PTGS1 gene expression increased at 3 and 12 hours post-traumatic brain injury, with protein levels significantly increasing in a time-dependent manner up to 48 hours in the ipsilateral cortex [Shojo et al. DOI:10.1177/0963689717715169].