Basic Information

Symbol
ATG9A
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 9A APG9L1 Autophagy-Related Protein 9A APG9-Like 1 FLJ22169 MATG9 ATG9 Autophagy Related 9 Homolog A (S. Cerevisiae) APG9 Autophagy 9-Like 1 (S. Cerevisiae) ATG9 Autophagy Related 9 Homolog A Autophagy 9-Like 1 Protein APG9 Autophagy 9-Like 1 MGD3208
Location (GRCh38)
2:219219380-219229717
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001077198.3
Sequence length
3770.0 nt
GC content
0.5894

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1522.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1586.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1126.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001077198.3 NCBI
GAGUGGCAGACACCCGGCCUAGCGCCGCGGGUCGCGCCGAGCCGAGCCG… 3770 nt 0.5894
NM_024085.5 NCBI
GAGUGGCAGACACCCGGCCUAGCGCCGCGGGUCGCGCCGAGCCGAGCCG… 3718 nt 0.5893
Summary

Enables phospholipid scramblase activity. Involved in autophagosome assembly. Located in several cellular components, including Golgi apparatus; endosome; and phagophore assembly site. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the ATG9A in microglia, where it is involved in autophagy and mitophagy pathways [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].