Basic Information

Symbol
PTPRE
RNA class
mRNA
Alias
Protein Tyrosine Phosphatase Receptor Type E PTPE Receptor-Type Tyrosine-Protein Phosphatase Epsilon EC 3.1.3.48 Protein Tyrosine Phosphatase, Receptor Type, Epsilon Polypeptide Protein-Tyrosine Phosphatase Epsilon R-PTP-EPSILON R-PTP-Epsilon HPTPE
Location (GRCh38)
10:127906805-128085856
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006504.6
Sequence length
5289.0 nt
GC content
0.4674

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1596.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1689.80 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1381.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....((((((.(((((.(((.....((((((((((((((..((((((((.(((((((((...((.(((.....((((.(.(((((..((((((...(((((((((.......)))))))))...))))))..))))).).)))))))))......((.(((....(((..((((.....))))...)))...))).)).(((((.....((......))....)))))....)).)))))))))))))))..)))))))))(((((((((...((((.(.(((.(((((.((((.(......))))))).))).)))).)))).)))))..))))...((..(((((((((....)))(((((..(((((....)))))...))).))...(((.(((..((((((((((((((.(((((((....(((.............)))..))).)))))))))..((((((.....)).))))......(((((.((....)).))))))))))))))..))).))).((((((((.((((...)))))))))))).))))))..))...............)))))...))))))))))))))...)))((((((((....((((.(((((....)))))))))((((((((((.(.((((..((.((((.((....(((((((...((((((.((((((((((((((.....((((((...((((((...((((((....((((((..(((((((((..((.((((.(((((...((((((((......))))))))....((((.(((.......))).))))..........(((.......)))......))))).))))))...(((((..((.....))..))))).))))))))))))))).....((.((((((.....(((.(((....))).)))...((((((((((((((.((((...((.((((((((........(((((.(((...((((.((((.((((((((.(.((((..(((((........)))))..)))).))))))))).))).).))))...)))..(((((.((..((((....))))....(((((......)))))........((..(((((((((((((((.((.((.............)).)).))))))))......((..((....))..)).((((((((((((.((((((......)))))).))).))))))).)))))))))..))(((...((((.((.(((........))).)).))))))).)).)))))....((((((((..........(((((((((.(((((((((((.(.......).)))))...)))))).)).)).)))))..))))))))..(((((..(((.((.....(((((.((((((((..........)))))).)).)))))..((....))......(((.(((((((.((((((...((.....))..))).))).))......((((....))))....((((((..(((((........)))))...))))))...)))))))).)).)))..)))))..((((...((((((((((((....(.(((((((((.(((..(((((......)))))((((...........))))...........((((((...(.(((...))).).))))))...............((((......))))..))).))))))))).).....).)))))))))))...(((.....)))......((.((((((((.....(((((((((.(((((((.......))))........((((...((..(((((..(((((((...)))...))))((((((((.................(((((((...((.......))...)))))))....)))))))))))))..))...))))(((((((((.((.(.(((((((.((..(((((.....((((((((((((..(..((((...)))).)..))))..(((((....)).))).....))))))))..))))).)).(((((...((((((.....((((.(.(((.((((....))))))).).)))).....(((((((((...(((((((.((.....((((...)))).....)).))))).))....))))))))).(((((......)))))..((((((..(((((((((..(((....)))(((((((.(((((((((.((((((...)))))).((((((((((((((((......(((...........)))...((((((..((((((((((.((.....)).))))).)).))).................(((((((((........)))))))))....))))))............(((((((((((((...((((...)))).............((((((..(((((((((((...((((((...))))))..)))).)))))))..)))))).....)))))))))))))........))))))))))).)))))............)))))))))(((((((...................)))))))((((..((((((((((.(...((((.................))))...).))))))))))..)))).((((((((((((((((..(((((((((((.(((((......(((....)))......))).))..)))))))))))..(((...(((.(......).))).))).......))))))))...)))))))))))))))...)))))))))(((((((.....)))))))....))))))......(((((....)))))(((........))).(((((((((((...((((......))))....((((((..........(((((..(((....)))..)))))((.(((((((((((((.(((...(((((((((((..(((((((((......))))).)))).....((((....((.(((.........))).))....)))).......(((........)))...)))))))).............)))))).))))...))))).......)))).))))))))....((((((..(((((.((...))))))))))))).............((((..........))))...(((((((((..(((((((((((..((.((((((...((((((.......(((..(((..((...))..)))..))).......))))))(((((((..((((((.......((((((((((...((((...)))))))))))))).(((((...........)))))))))))((((((....((((..((((...(((((....)))))...))))......(((((((...........(((((...(((((......(((((...(((.......)))....)))))......)))))...))))))))))))......))))....))))))........(((((((((.(((....)))(((.......)))((((((((.......((((...(((((.....(((((((...................)))))))...)))))...((((((((((((.......))))..))))))))...........(((((...)))))........)))).....(((.....)))..)))))))).))))))))).))))))).)))))).))...))))........)))))))............(((((((......)))))))..)))))))))..(((.((((((..(((.((((.......((((...))))........)))).))))))))).)))....(((.((.((....((((...))))..)))).)))))))))))))).)))))).))))).)))))))).)).)))))))))))).))).))))))......)))))))).))(((((((.(((.....((((((....))))))......))))))))))....................)))).....((((.(((((((((((((((.((((((((((....)))))((((((...))))))....((((((((((......))).((((.....((((.((.((((.(.........).))))...)).))))..))))(((((((((((..((((((((((..((((.(((((.........((((.(..(((((..((.((((((.((((.((.(((((...))))).)).))....)).)))))).))..)))))..)...)))).)))))))))..))))...................))))))..)).))))))).))(((((.......))))).......)))))))..(((((((......(((((((...((.((((((((......((.((((((...(.(((((...))))).).((((......))))(((((((((.........))))))))).(((((((((.(((((....)))))...)))))))))(((.......))))))))).))....)))).))))...))...)))))))......))))))).......))))).))))))))))))))).))))....((((.....))))..)))))........).))))))).))...)))).)))))......))))))))))))))).)).)))))).)).........((((((((((((..(((..(((........))))))..))))))))))))(.(((((......))))).)((((((.(((((...........(((.(((((...(((((.....((((((((....(((((....)))))......))))..))))))))).))))))))))))).))))))........)))).))))))..((((......))))....)))))))))))))).))))))...((((((((.((((.((((((((..........)))))))).))))..)))....)))))........))))))).......((((((((.((......)).))))))))))))))))))))..).)))))))))).....((((...)))).............))))))))((((.....))))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
((,,....,{{(({(,.,,.,||}}.({(({(((((((({(({{((,((,(({(((,,((((..{{...||,,}}}|((({,.,,|||}.((((((...(((((((((.......)))))))))...)))))).{|||||.{{||||{{({{...,.((({({{{,,{(((..((((,...,))))...})}..,|||,,..(((((.....{{......}}....))))).{,.||.}||||||||}|||,|..}}}},||}|||||((,,,.|,||||,|,{||,{||||,||{{.|}||,..,}}}},}.}||,}},}.))},.|||,,.........}}},||||||}||.,}}))))}))))}||,||}}}}))),)}}})))},),.,})))|||||||((((((((((,,,(((((({....((.,(({.,,,,...|})}.,}))..))|))))}..((((((.....))}})))......{{{{|.({....}).))))))))))))},.,,)),))..((((((((.((((...)))))))))))).,|||,,...{{,,...,}}}.....))).,))})))),,))))))))))||||((((((((....((((.(((((....))))))))){(((((((((.{.((((..{{.((((.,,....(((((((,,,((((((.((((((((((((((....,(({{{,....,{,{,...{{{{{{.....(((((..(((((((((..((.((((.(((((...((((((((......))))))))....((((.(((.......))).))))..........{,,.......)))......))))).))))))...(((((..((.....))..))))).)))))))))))))){{{......}}|(({....}||{,({{,,,,|{|,|({(({{(((((((((((((.((((...((.((((((((........(((((.((({{.((((.((((.((((((((.(.((((..(((((........)))))..)))).))))))))).))).).))))..,||,.|{{{{{{{...((((....)))).,,,||{|(((({..((((((........))))))((((({{(((((,(({{(,{{,,{.....,,||{||.|}}},)}}}}.,,.....||}}}}.|((((,,{((((((((((.((((((......)))))).))).))))))).})||||||..}}}||..,.,,..,(((((({.,((({...}))).,)))).)))}{{|||,.,..(((((,,({{..(((({.{((({((((.(((((((((((.{.......}.)))))...)))))).)).)),)))}))))).,}}},..|,||{.,,,|.||.....(((((.((((((((..........)))))).)).)))))..{{.{,((((.....)))).})},}|,}},,||,}}}}}...})}))))})))).)).))))}|{{|....,}}}|...((((((..(((((........)))))...)))))}...}}}}|||.........,,,|||,.({({..,((((((((((({..,.(,(((((((((.(((.,(((((......}))))|(((...........)))}...........((((((...{.(((...))).}.))))))..........,{{..{,,{.,|...,)))}.))).))))))))).,.,.,,}.))))))))))),..(((.....}},......((.((((((((,{,,,((({((((({(((((((.......||||....,,,|((((...((..(((((..((({(((...)))...)}}}((((((((....,..,{,....,,,|{{{{{{...{{.......}},,,|}}})))}}..)))))))))))))..))...)))}{((((((((.((.{.{((((((.{{..(({{{.,,{,((((((((((((..{..((((...)))},}..))))..{{(((....)).))).....))))))))..))))}.}}.(({((.,.((((((.....((((.{.(((.((((....))))))).}.)))).|...{((((((((...(((((((.((....,((({...}))},....)).))))).))....))))))))}.,,{{(,{,,,,|}|||..{{({{{..(((((((((..(((....)))(((((((.(((((((((,((((((...)))))}.{{(((((((({((((({,,,.{((({,{,....,,,||,...||||||..{{{(((((((,{{..,..}),}}}}).)),))),|,|||,.,,..,,,,.(((((((((........))))))))).....,,...............(((((((((((((...((((...)))).,,{{,..,,,|||(((((..(({((((({{{...{{|||,...,)})))..)))),)))))))..}}}}},.....)))))))))))))....,,,,,}}})))))}}.}}}}}...........,)))))))))(((((((...................))))))){(((..((((((((((.(..{((({..,,,...,,,.....,))),...).))))))))))..))),.((((((((((((((((..{{{{{{{,{{{,{{{{(..,,,,(((...,}}}....,,|||,||..||}|||}}})),.,}...})}}}}}.}}.}}}.}..},,...,},,))))))))...)))))))))))))))...)))))))))(((((((.....)))))))....)))}))}}},,.{((((....))))){{{........}}},(((((((((({...,,{,......,}},....((((((..........(((((..(((....)))..)))))((.((((({({,((((,({{...{,(((,((((,..(((((((((......))))).))))...}}}},|}}..((.{{,..,,.,,..{{{{.....))))},.||||||}|||,,|.,|||,...}})))}},.,,,........})))))}.}}}}...}))))...}}.})))).))))))))|{,,(((((,,,{((((,{({.{|||||||{|||{{.............((((..........))))...(((((((((..((((({{,((,..((.((((((...((((((.......(((..(((..((...))..)))..))).......)))))}(((((({..((((((.......{((((({,,..{(((((...)))))),))))))).{({{{.,........,))))}))))))((((((....((((..(,,({,,(((((....))))}...||||......||,,{{|..........,(((({...(((((...,,.(((((..,(((.......))).,..))))).}}...)))))...)))))),)))))..}..})))}...,))))},.......,(((((((((.{{{....}}}(((.......)))((((((((.....,.((((.,,(((((....,(({((((.,.........,,,,,,,,}}}}}}},..}})),...((((((((((((.......))))..))))))))....,,,||,,||||....,})),.,,.,,,.)))).,,..,{{.....}},..)))))))).))))))))},))))))).)))))).))...}}},........))))))|,....,,.....(((((((......)))))))..)))))))))..((({(,,,,,.}|}}}(((,.......|||..}}))))...,,}..})))}))}))))),})))}}||(({.((.((....((({...))))..)))).)))))))))))))).)))))).))))).)))))))).}).)))))))))))),)))}))))))......)))))))).))(((((((.(((....,((((({....}))))).,....))))))))))...............,,,..}}}}...|,|(((.(((((((((((((((.((((((((((,...|||||((((((...))))))....|{{.....,((((.{(((.(((..(({({((((.,,,{(({.{|,.......}})}}}.,,|}.}}},..{|||(((((,((,((..,,{{,.((((..((((.(((((.........((((.(..(((((..({.((((({.((((.((.(((((...))))).)).))....}).)))))).))..)))))..,..,)))).)))))))))..)))).......}}.}}}}}}}}.))),,,,,||{|||||||.{{{{{(({{{..,{|{{{|{{{,....,,.{{{{..,,,,||}}.,..((((({{...,|}|||{{,(({{{...((...,,,,,},..,||||}}}))))).},.,||}}},..)}))(((((((((.........))))))))).(((((((((.(((((....)))))...))))))))),|,..,.,,,,))))))||.....,})))}|)))},,,}).,})))),,)}))}}},)))),...}}}.,))))).))))))))))))))).)))),},.{(((.....)))}..)))))........),))))))).))...)))).))))),,....)))))))))}}}}}}||}.}}|}||,,,....,,|..((((((((((((..((,,,(({.......,)}))))..)))))))))))),,|{{{{,.....}))},.,((((((.(((((...........{{{.(((((...(((((.....(((({({(..,.(((({....)))))......)))}..))))))))).)))))}))))))).)))))).,.....,})}}.}))))},,|||{......}})),...)))))))))))))).))))))..,|||(((({.((((.((((((((..........)))))))).))))..)))....}}}}}.,,,....,}}}})),,..,,.((((((((.((......)).))))))))))))))}}))))..}.)))))))))).....((({...}))).............)))))))),{||,,...}}},.....,,.....,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001316676.2 NCBI
GGACAAAUUUCCUGCUAGGCUGCGGACAGCGGGCGGCAGGAGCCGGCGC… 5460 nt 0.4707
NM_001316677.2 NCBI
ACAGCAGACCCAGUUCAAAGUUGGAAUUCUUCUAGAAAUCCUUUCUCAG… 3043 nt 0.4919
NM_001323354.2 NCBI
AGUAGCGCUGGCUGUCUGCAGUAGAGAUGGUUUUCAAUGAUUGUUUCAG… 6874 nt 0.4537
NM_001323355.2 NCBI
GGACAAAUUUCCUGCUAGGCUGCGGACAGCGGGCGGCAGGAGCCGGCGC… 5266 nt 0.4673
NM_001323356.2 NCBI
GGACAAAUUUCCUGCUAGGCUGCGGACAGCGGGCGGCAGGAGCCGGCGC… 5260 nt 0.4673
NM_001323357.2 NCBI
GAGACACACAGAGGCCAGGCCUUAGCGCGGCUCAGCCAUGAGCAACAGG… 4824 nt 0.4500
NM_006504.6 NCBI
GGACAAAUUUCCUGCUAGGCUGCGGACAGCGGGCGGCAGGAGCCGGCGC… 5289 nt 0.4674
NM_130435.5 NCBI
GAGACACACAGAGGCCAGGCCUUAGCGCGGCUCAGCCAUGAGCAACAGG… 4915 nt 0.4486
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the protein tyrosine phosphatase (PTP) family. PTPs are known to be signaling molecules that regulate a variety of cellular processes including cell growth, differentiation, mitotic cycle, and oncogenic transformation. Several alternatively spliced transcript variants of this gene have been reported, at least two of which encode a receptor-type PTP that possesses a short extracellular domain, a single transmembrane region, and two tandem intracytoplasmic catalytic domains; another one encodes a PTP that contains a distinct hydrophilic N-terminus, and thus represents a nonreceptor-type isoform of this PTP. Studies of the similar gene in mice suggested the regulatory roles of this PTP in RAS related signal transduction pathways, cytokine-induced SATA signaling, as well as the activation of voltage-gated K+ channels. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the PTPRE as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].