Basic Information

Symbol
PTPRF
RNA class
mRNA
Alias
Protein Tyrosine Phosphatase Receptor Type F Leukocyte Common Antigen Related LAR Leukocyte Antigen-Related Tyrosine Phosphatase Receptor-Type Tyrosine-Protein Phosphatase F EC 3.1.3.48 Protein Tyrosine Phosphatase, Receptor Type, F Polypeptide Receptor-Linked Protein-Tyrosine Phosphatase LAR Leukocyte Antigen-Related (LAR) PTP Receptor LCA-Homolog BNAH2
Location (GRCh38)
1:43525086-43626579
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002840.5
Sequence length
7720.0 nt
GC content
0.5939

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3192.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3316.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1905.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001329137.2 NCBI
AGAUGGGAAUGCUAUAGUGAAGAGGGUGCAGUGGACGGGGAAUAGAGAG… 6887 nt 0.5794
NM_001329138.2 NCBI
AGAUGGGAAUGCUAUAGUGAAGAGGGUGCAGUGGACGGGGAAUAGAGAG… 6911 nt 0.5786
NM_001329139.2 NCBI
GGCGGGAGCGGUGGCGGCGGCAGAGGCGGCGGCUCCAGCUUCGGCUCCG… 6868 nt 0.5868
NM_001329140.2 NCBI
GGCGGGAGCGGUGGCGGCGGCAGAGGCGGCGGCUCCAGCUUCGGCUCCG… 6808 nt 0.5868
NM_002840.5 NCBI
GGCGGGAGCGGUGGCGGCGGCAGAGGCGGCGGCUCCAGCUUCGGCUCCG… 7720 nt 0.5939
NM_130440.4 NCBI
GGCGGGAGCGGUGGCGGCGGCAGAGGCGGCGGCUCCAGCUUCGGCUCCG… 7693 nt 0.5938
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the protein tyrosine phosphatase (PTP) family. PTPs are known to be signaling molecules that regulate a variety of cellular processes including cell growth, differentiation, mitotic cycle, and oncogenic transformation. This PTP possesses an extracellular region, a single transmembrane region, and two tandem intracytoplasmic catalytic domains, and thus represents a receptor-type PTP. The extracellular region contains three Ig-like domains, and nine non-Ig like domains similar to that of neural-cell adhesion molecule. This PTP was shown to function in the regulation of epithelial cell-cell contacts at adherents junctions, as well as in the control of beta-catenin signaling. An increased expression level of this protein was found in the insulin-responsive tissue of obese, insulin-resistant individuals, and may contribute to the pathogenesis of insulin resistance. Two alternatively spliced transcript variants of this gene, which encode distinct proteins, have been reported. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for PTPRF Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PTPRF was identified as a high-confidence gene common between mice and humans within the top 10% of genes related to lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159].