Basic Information

Symbol
PTPRS
RNA class
mRNA
Alias
Protein Tyrosine Phosphatase Receptor Type S PTP-Sigma PTPsigma Receptor-Type Tyrosine-Protein Phosphatase Sigma Receptor-Type Tyrosine-Protein Phosphatase S R-PTP-Sigma EC 3.1.3.48 R-PTP-S Protein Tyrosine Phosphatase PTPsigma
Location (GRCh38)
19:5158495-5340941
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002850.4
Sequence length
7356.0 nt
GC content
0.6115

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3019.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3139.64 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2486.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((((...(((((.(((.(((.((...)).))).)))))))).)))))))...(((((((.((((..((((((((((.(((....((....))...))).)).)))))))).)))).(((((.(((..((((((((((((..(((((((.(((((((((..(((((((...((((((((((.((.....)).)))))))).)).....)).))))).)))).)).))).)).((((.((..((.((((.....))))))..)).))))))))).)))))))....))))).(((((.((((..(((((......(((((((((((....(((((((((.(((((......)))))......((.....))((((.(..((((((((((((............))))))).....)))))..).)))).((((((((((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((.(..(((......))).).))))))).))))((((((((......))).)))))((((((.(((((((((......((((((((((((.((((((....((((((((((((....(((.....((..((((....((((((...)))))).))))))...)))..)))))))))..)))..))))))))))((((.((((((.((((((....))....(((((.((((((..(((...(((.((((....)).)))))......(((((((...((.((((((((((((((......((((((....))).)))..........(((..(((((....)))))..)))((((.......))))..)))))).......)))).))))...)))))))))))).....))))))))))).......(((((......))))).))))))))))..))))..)).))))))(((((((((((..((((((((((((....)))))....((.(((((((((((.((((((((....((((....))))..((((...)))))).)))))))))))))..(((((((((.(((.((.((((((((.((((((((((((.(((..(((((((...((.(((((((((.((((((...(((((((((((..(.((((((..(((((.(((((.((((......))))..........(((((((((((((((((((((((.((((...(((((((..((((((((((...((((((((....))..((((.(((......))).))))(((((((((((...(((((((.((((..........)))).)))))))...(((.((((((.....(((...((((..((((((((((.............((......))..................(((((((.((..((((.((((.....))))...))))..)))))))))..((((((((((......((.(((((((((((.((((((..((((...((((.((.(((....))).)).))))))))...((((.(((......)))..))))))))))...)))).)))..)))).)).))))))))))....)))))))).))...))))(((((..((.((((((((((...((((((..(((((.(((.....(((((..((.(..(((((.(((..((...(((((.((((.(((((.(((((((((((......)))...))).))))))))))(((((((((((((.((((.((((((..((((((((((.......))))......((((((((((((...((((.((((..........))))...)))).((((((.....(((.....)))(((((.((((((...((((.(((((.((((......))))...)))))(((((((...((...))....)))))))((((((((.....(((...)))...)))))))).((((((.(((((((.((((((.((.((.....(((........)))(((((((.....)).)))))((((((((..((((...((((((.((.(((((((((((((........((((.............)))).......)).))))))))))))).).)))))...)))..)..))))))))..(((.(((...........)))))))))).)))))).))).)))).)))))).)))).))))))..)))))(((..(((......)))...))).......))))))..)))))....)))))))..((((((((.((.((((........)))).)).(((...)))(((((......))))).))))))))))))))...))))))..(((((......)))))((.(((((...)))))))))))))).))))))))))...((((.....))))..((((.((((((((..(.(((((......))))))((((((((..(((.((.(((.((((((....((.....)).((.((((.......)))))).((((....)))))))))).)))..)).)))..))))))))(((((((((((((.((.(((((((((((........(((.(((((((........((.((.(.(..((((.(........).))))..).).)).)).......(((((((((((.(((((((..(((...))).)))))))((..(((.(...(((((.(((((........).)))).)))))...))))..))...(((....)))..((((((....))))))(((((..((((.((((.((((((.(((((............((((((((.((((....(((((...((((..(((((((........)))).))).........(((((((((((........((((((.((((.((......(((((((.((((((.((((...))))))))))..(((((((((((((((((((.((..(.(((.((.((((....(((((..((.((.((....(((((((((((((.........)))))..))).))))))).)).))..))))).)))).)).))).).))..))))))).))..........((((((((((((.(((((((...((((.((((.((((((((..(..((((((((((....))))..(((.(((((((.....)))))))..)))(..((((.....))))..)((((((....((.((((.(((.(((((((...((...(((((....)))))....)).....((((((....)))))).....(((((((...)))))))....(((((((.((.(((....((.(.(((.....)))).))...))).)).)))))))...........................(((........)))...))))))).))))))).))....))))))..........))))))(((.((((...(((.................))).))))))).)..))).)))))..))))))))))))))).))..))))))))))...)).)))))))).............))))))))))))).))))))..)))))))))))..)))).......)))))....)))).))))))))))))).)))))))))).((((..(((((..((((((((.((((.((....))...))))..))))..((((((..((.(((((...))))).(((..((((((((((((.........(((((....((((((((((.((((.(....((((.....)))).((((((((((.(((((((.....(((((.(((.((((.....(((((((.......(((((.....)).))).....)))))))))))))).))))).)))))))(((((((.((((....((.(((.......)))))..)))).)))))))....(((((......))))).....(((........)))..))))))))))(((.((((((((((((..((((((...))))).)..).))))....))))))).)))).)))).)).))))))))))))).....((.(((((((........((((((..(((................)))...)).)))).((((......(((.....)))...))))))))))).))....((..((((((((............))))...))))..)).....)))))))).))))..))).))..))))))((((((((...)))..))))).))))..)))))....)))).((...((((((..((........))..)))))).))....((((.((((..((((........))))..))))))))((((.((.(((.....)))))))))....((.((((((.........(((((...)))))))))))..)).......))))..))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))...)))))))..))))))...((((.((((...)))).))))...)))))))).))))..)))))))))...)).....))))))))..)..))..))))).....))).)))))..))))))..)))))))))).))..)))))..(((..((((.....)))).)))((((((((.........((((((..((((.(((((((.(((((.....(((((.((........))))))).....)))))...)))).)))....((..(((((...((((((..((((((........)))).)).))))))...)))))..)).))))..))))))....))))))))(((((((((((((((....(((((.............)))))((((((((((((((...)))))))))...........(((((((....(((((((...((((....)))).(((((((((((((((......(((((((..((.((.((..(((((((.(((.(((((((..((((....(((((.....))))).))))..(((((...))))).)))))..)).)))...)))))))..))..)).))((((((..(((((......)))))..))))))((((...((((((((((..(((....)))...)).))))))))....)))).((((..(((((((((.(((((((.((((((((....)))))..)))...(((((.(((((..(((.....))))))))((((((......(.(((.........))))......)))))).....))))).....)))))))(((....(((((...)))))...)))..((((((.((((((.(((....))).))))))))))))(((.....)))..)))))))))...)))).....)))))))....))))))))))).).))).)))))))))))))).......)))))...)))))).)))))))))))).....)))))).))).)))))))))))..........)))))).))))..))))))....))))).)).)))).)))))......((((((((((((((........))))))...))..)))))).........))))))))....(((..((....)).))).....)))))))))).))))))))))..))).))).)..))))))))..)))...))))))...)).))))))).))...))))))).))))))).......((.((((((((((((.............))).))))))))))).))))))..)).)))))))).)))))..))))))))))))).))((((((((((..(((...((.((......))))....)))..)))))))))))))))))(((((.((.....))))))).......((((((..((((.((.((((...(((((((..((.....)).))))))))))))))))).)))).))..))).))))))))(((((....((........))..)))))..((((((((......(((((((..((((..(((((.((((.....))))((....)).)))))))))....)))))))(((((((.((((((((..((((.((((....)))).)))).))))))))(((((.......((((((((.((((((((((((....((((((..((((.(....).))))...))))))..(((...........)))....(((((((..(((((((.((((.............))))))))))).)))))))(((.(((((........))))).)))......(((((.((.((((..(...........)..)))))).)))))......))))))..))))).).)))))))))))))...))))))).))))))))(((((((((((((.......)))))))...............)))))).....)))))))))(((((..((((.....)))))))))........((((((((((((..((((((((((.(((.((((((...(((((...((((...((((((........)))))).....))))...(((((....)))))(((((.........)))))..((((..(((((.(((......))))))))))))(((.((((......)))))))...))))).....)))))).))).))))))))))..((((.........))))(((.((...)).)))))))))))))))))))))..........))))))))))).....)))))))))))))...............(((((((((...............))))))))).)))))))))))).))))(..(((.((..(.(((((.((((..(((((((((((((((.(.(((((((.((...........))))))))).).)))...))).))).)))).))..)))).))))).)..)).((((((......)))))).)))..)....)))))))))))..(((((((((((((((((.........))))))...)))))))))))....)))))..)))).)))))..)))))))).......((((.((((..(((((.(((......))))))))...)))).))))..(((((..........))))).....)))))))..(((...((((((.....))))))...)))...(((((..(((..((((......))))..))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.(((({({(((((((((,((({((...,}|})},))})|)})},,||}}|{,{{,(((((,(((.(((((((.(((((.{({{.(((.,({{{,.,,,|}),..))}}})|.,.,)}}||||}|||}}}}}}}}||{|{{|,(((((({{(((({.,(({{((({(((,,.{,((((,((({.{{|.{(({{(((((({...,,,||{||,|||||{,|{{{||{|||,||.((((.{{.,((,((((....,|||||}.,}|,||}}}}))}|)}),))),}}})))))))))}..,}))))))))).,))}}))(({{...}}}}..|,)))}}}}.|||||.}}}.}))|||,..,|{({.....,,,||}))..||||||{||||||..||,.}}}}}))|||||{{{,..}}}}..},},}|.{||{{|{|{,{{{,{{{{{{.,,{{|||||{{||({{,(((((({.{|{{,,....}})},.},}))))}|.|}}}||||({{{,||,,,|})||||||||||||}|||((({{{....||||,.(((.((((.((((((....{{{(((((((((....,{{.....({..((((....((((((...)))))).))))}}...,)))})))))))))..})}..)))))))))).))).,(((((({(,,{(..,,||,.,.||}}}}.||{||}}}|{{{{({|||||....{((,{({{{,{..,..,,||{|,.{((...{{{|,||{,||||||||.((((((....))).)}}.......,},(((..(((((....)))))..)))((((,,,,,..|||||,||||{,...{,..((((((((({..{{....,}|{{{....,{,{|||{|{{||,|....,(({{..,,}})}))),})))))),,))),....}}...,}}},||,|||||{{|},|||((((((,(({..{||}||{{{{(({(((((((((((.((((((((....((((....))))..((((...)))))).)))))))))))))..(((({{(((.((({((,,({((((({{(((((((((({.(((,,((({(({,,.,,.{{{{||||.}||||||.,,(({((({{{{{..|,|||||{..((((|.(((({.{,.,......}))}|,..||||..{{||||||||{{{{{(({((((({((((.{{((,(((,..,,{{((((,,...,,,,,|||,....)}},|||}|||}}....)))}),)){|||||{{{,|,,,|||||{|.{|||}..,,,,{,.}|||,||}}}}},.{({{.{{{{{{.....,,,,,{{(((,,{{.{|||,..........,,,{{(({{{{{.||,......,..,,,{{,,.(((((((.((..((((.((((.....))))...))))..))))))))),,{{{{{..(((({{{{{{,..,,,{{(((((({(((((,.,{((.,,((({.((,(((.,.{|||,||{||||||||,.{{(((.,((,,{,..|||,,||||}..,.(((({.{{((({{({(({.({{((({,((({{{{...,))).,..))))))))},||{{.,||}||,{{(((((|..{{((,{..|||||}||({....{||,,..||,|,,|||||.,{,{{({,{{(({((,,,,|},||||}{||||((((((.{{{{,|||.{,}},.),))))})))|||||||((((((.((((,((((((..(((((((.(({..{{({((|{......((((((((((((...((((.((((.,......,.))))...)))).((((((.(,.{(((.....))))||((.((((((...((((.(((((.((((......))))...)))))(((((((...((...)).,..)))))))((((((((.....(((...})}.}.)))))))).,(((((.(((((((.((((({.({,(({,...,,,}}}}|{{{,(((((..,,..}}})).)))),.(((((((..((((...((((((.((.(((((((((((((.....,{.((((.............))))},.....)).))))))))))))).),}))))...)))..)..)))))))}|,{((,{{(...........)))))),})).)))))).))).)))).)))))).)))).)))))).,,|||.(((..(((......)))...)))..}},..))))))..)))))....)))))))..||}}||}}}{{.((((,,...,,.)))).}}.(,,.,,|}}{{({{.,....))))).,,,))),)))))))...)))))).|(({((.{{,{{||||,((.{(((({{{||||||||||||||,,}||||||||,{.((((.....)))).},|||.|||||{|{}}|}||||{.,{{{.}|||||(((((,,,..,||}||.{,,.{((((({,{{.{{,.,.|..,{|{{{|,{{{,{,||||,|.{{({,..,))))||||}|{|||..},.|||,.}}}|||}}{,{||||||||{{.||,{({{{{{,{{|,.......{{{.{(((({(|.......,|..|,,}|,,||||}|,.},,,,,}.})))}})})),...........|||||{{||||,(({((((..{((...})}.))}})}){{..{||.|,.}|||||}||{||....,,.})})))),)||||{.,|||}..)))..|||,}}})||..((((((....)))))){{||{,,||||,||.||,|)))}}||||,.,,))}})},}}}}))}||,|,||}}}}}.,}}}}}})))}...,|||||}}......,,||{{||,{.({{,..,(((..,,(((((((....((((((((((..((({((((((..(((...,.(({{((.((((.((((........)))).)))).))))).}.)))..)))))}.)))}}...))))))).)))(((((((.(((((((((((((({..(({,{{||.((((,,({(,,.,.,,(((((({({,.{(((({{.({{...),)}.})))|((((((((.......))))))))|{{|{|{,,||{{{{,{{,{{(((({({{,,,{{,,({,,({((((({(((,((,,{((.(((((((((((((((.(((.....((((((((((.....))))...((((((..,.((.(((,,(((.(((((((...((...(((((....)))))..,.)).....((((((....)))))).....(((((((...)))))))....{{{((((.,({(({....{|,|.|||,,...}|||,}}...}}},)},||||||,..,|........,..}}..........{,{........)),...))))))).))))))).)).,..)))))).......(((((........((.......)).......))))).,......,|((((.((......))))))}(((.(((({{((((((((.(((({...((((..((.((((((((.,,.(((.{{..||||(((((((((((((......))..)))))))..))))|((((((((((....,,{{{((((({(,,......},))),))),}),}......))))))))))||}|}..}),))}.},((.((((.((.((.....)).)))))).))((((((..((({..,((..((((((.,....,.)))))).))))))..)))))).)))).)))))).))))....}.)))).))))))))))))).))).......)))))).))))))))))))).,........{{,,{,.{||||}...}}|,,||.||.,}))})))))..,..,)))))}}))),)))))))),)))),,,,{(((((((..((.......))....)))))).)),,........))))))))),...,..,.}}}...,}}|,|||}(((.((((((((((((..((((((...))))).)..).))))....))))))).))),))).,,))))))))}}.,,))))).))))))),{((({..,((....,{|},,..,.,,.........}}}})}..,,||||{|||,,.,..{{{.({.,,...,||{{{{|{,....{((,,{{{.,,{{{({((((.(({{..{{{..{{|{(({{,{(|,...},}}...}})))},.))).,.,{|{|||{{{{|||||{{{{...||},||||||||{{{{,,,|||||{|{{{{{|.{{,.,((((((..((........))..)))))).||...,((((.((((..((((........))))..)))))))|{{||,||.|||||||.}},,|}}})|||.,,.{{{{,..,{{|,.|.|||||,,,||||,}|||...,{|{{.,|..||}},.||||..,||}}},|||,,|||}||||}|||||}|,|||||{{{||}}}}}..}}||||,{,((((.((((...)))).))))..,|}|||||,,||}|,,}}||}}},,.,}))}},..}}}))))).,}.{||{{|||||{.{.{||,.||}|}..,,}}}},.}},)))})})}.)}})))))}{((({...||}}},}}})).}}}))}))}}}}},..|,}}}}|,,,..}}}})}))},,..,|||,...,.{,|||}||}....},.))))))),}}}})}||,|||||}|.{,,....{{.,(((((,..{{((({{,({{{{{....,,}},))),,),)}}))),..))))),,)}.||||,|||{{{|||{||}|,.,,,,,,))}})))}}))}}}.|{||||{{,...,,,,,..,,|||{{(({(((((((((...))))))))}.,.||||,...(((((((....(((((((...((((....)))).(((((((((((((((......(((((((...,(((((((,(((((((.(((.(((((((..((((....(((((.....))))).))))..(((((...))))).)))))..)).)))...)))))))..,,.,|,.|,((((((..(((((......)))))..))))))((((.,.((((((((((..(((....)))...)).))))))))....)))).,,||,.((((((((({(((((((.((((((((....)))))..)))...(((((.{{(((,,(((,,.,{||},}|}},,((((......,.,,,}}},....,))))},..}})}}))).,,,.))))).....)))))))|{{....{{{((,..}}}})}.,)}}..((({((.((((({.(((....})),))))))})))))||,.....,,,..))))))))).}})))))}...)))))))....))))))))))).).))).)))))))))))))).},,}},)),.|{|||}||||||||}||||}|}}.....,)))|},},||||||}}||||||,....,.,,||||||,|}||{{||}}},,{{{}|}}}.})}))}}}))))).,....|||{||||((((((........))))))...}}..||||}}........,)))))))),,..|||}}||..}}},.}}},,.,.)}}}}|||||,|}},}})))),,)}},}||,|{.}}}}}||||.,,,.,,)))))),}.})})}))))),)),,,))})))),))))}}}.......,{.,((((((({(((.............))).))))))))|||{|}|||}.,|,{|||||||,,|,,,,..})))))))))))).))||||||{((({.(((((,((,,,.}}}},})))}}}})})}}))}}}))))))))}}}|||||||{|...,,))))}}}|{{.{{{((((((..((({{((.((((({{(({{,,({.......})..})))))))))))))))).)))).))..,))),,)))}}},,,}{|{{{{{........)}|}))))|,,{{({{{(({.,...{{{|{||},||||..{|{{({((((.....)))))),.}}))}))))))))),.,,||,||||(,,((((.{(((({(({.((((,(({(,,..}))).)))).||,,,}}}{,||....,}}.|||||||,.||||{|||||{(((..((((((..((((.(....,,))))...))))))..))).........,|||,....,,,,,,...,,,,{{,.,,{{.............)))))))))))}))))))},||}{,|||..}}}}|||))||{{{{{...{{(((,,(((.(((({.....{{......)}.{((({|(|||{((,((,,,..}))..))))))}.})))))))))).))).,)))))..,,))))))}||||||||{|||.......,})}}}||,,,......,...,|||||,.||,,,,,...|}|{||{{,,{{{{,,,,.,}|.||||,.,,,,,,.,,..,{{{{{{,..,,||||||||.,{|.||||({,..||,{|||.,,||,,.{(((((........)))))).....,.||,..(((({....))))),,|||...,.,,,,)}}))}}||||}}|||||},{.......}}}}||},,.)}))|}|||,.}}}..)))).)).}}})))}.....,,,,...,,,.,,,,,,,,,,..,,,,........,)))}|{{.|(...)).)))}))))}})))))))))))}}}}}}}.}}))))))))),,.....}}}}}}}|||||},..,,,,.....,},|{,{{{{|||.......,}},,).))))})))).)))},))))))),))}))).,))})))))}{((((.((((..(((((((((((((((.{.(((((((.{{.,,.......,))))))))).}.)))...))).))),)))).))..)))).))))}}}}},|,,{{{||,,,},.}}}}}}})))).)}},|)))}}.}})}}},(((((((((((((((((.........))))))...))))))))))),,(({.{{....||},..||...,}}}))}}}},}}}}||||.|||{|.{(({(.(({....,,)))))))).|,|))),}}}},|||||{{.|||||..,.{{{|,...,|},},)))})}))}}((((((.....)))))).|||||{{,,,,}},,|{|,.{{{{,,....)))),.}}))))))}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001394011.1 NCBI
AGUGAGUGUCCUCGCGCCGCCCGCCCGGCAGCCCGGCCGGCGCGCGCAC… 7290 nt 0.6125
NM_001394012.1 NCBI
AGUGAGUGUCCUCGCGCCGCCCGCCCGGCAGCCCGGCCGGCGCGCGCAC… 7269 nt 0.6125
NM_001394013.1 NCBI
AGUGAGUGUCCUCGCGCCGCCCGCCCGGCAGCCCGGCCGGCGCGCGCAC… 7230 nt 0.6127
NM_002850.4 NCBI
AGUGAGUGUCCUCGCGCCGCCCGCCCGGCAGCCCGGCCGGCGCGCGCAC… 7356 nt 0.6115
NM_130853.3 NCBI
AGUGAGUGUCCUCGCGCCGCCCGCCCGGCAGCCCGGCCGGCGCGCGCAC… 6015 nt 0.5938
NM_130854.3 NCBI
AGUGAGUGUCCUCGCGCCGCCCGCCCGGCAGCCCGGCCGGCGCGCGCAC… 7242 nt 0.6127
NM_130855.3 NCBI
AGUGAGUGUCCUCGCGCCGCCCGCCCGGCAGCCCGGCCGGCGCGCGCAC… 6027 nt 0.5937
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the protein tyrosine phosphatase (PTP) family. PTPs are known to be signaling molecules that regulate a variety of cellular processes including cell growth, differentiation, mitotic cycle, and oncogenic transformation. This PTP contains an extracellular region, a single transmembrane segment and two tandem intracytoplasmic catalytic domains, and thus represents a receptor-type PTP. The extracellular region of this protein is composed of multiple Ig-like and fibronectin type III-like domains. Studies of the similar gene in mice suggested that this PTP may be involved in cell-cell interaction, primary axonogenesis, and axon guidance during embryogenesis. This PTP has been also implicated in the molecular control of adult nerve repair. Four alternatively spliced transcript variants, which encode distinct proteins, have been reported. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.