Basic Information

Symbol
PUM2
RNA class
mRNA
Alias
Pumilio RNA Binding Family Member 2 PUMH2 KIAA0235 Pumilio Homolog 2 Pumilio-2 Pumilio Homolog 2 (Drosophila) PUML2
Location (GRCh38)
2:20248691-20352234
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015317.5
Sequence length
6309.0 nt
GC content
0.4069

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1779.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1898.59 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1524.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282752.3 NCBI
AGGGGAGGGCAGGCGGCGGUGGCAGCCAUGUUGUUGUGAGUCUCUGUGU… 6200 nt 0.4066
NM_001282790.2 NCBI
UUCAACAGGUUUGAUCUGUGGAUGAAAUGAAUCAUGAUUUUCAAGCUCU… 5891 nt 0.3918
NM_001282791.2 NCBI
UUCAACAGGUUUGAUCUGUGGAUGAAAUGAAUCAUGAUUUUCAAGCUCU… 6016 nt 0.3936
NM_001352917.3 NCBI
AGGGGAGGGCAGGCGGCGGUGGCAGCCAUGUUGUUGUUUGAUCUGUGGA… 6102 nt 0.3969
NM_001352918.2 NCBI
GCACGCGCAGGGCGCCCCCGGCCCGCGCGGCGGCAGCGCGGGAGCAGGG… 6140 nt 0.4003
NM_001352919.3 NCBI
AGGGGAGGGCAGGCGGCGGUGGCAGCCAUGUUGUUGUUUGAUCUGUGGA… 6096 nt 0.3971
NM_001352920.3 NCBI
AGACCUGGGAAGCAAGGCUAGCAUUAGUGAGGAGGCAGAGGAAGACUGU… 5918 nt 0.3937
NM_001352923.3 NCBI
AGGGGAGGGCAGGCGGCGGUGGCAGCCAUGUUGUUGUUUGAUCUGUGGA… 5865 nt 0.3940
NM_001352925.3 NCBI
AGACCUGGGAAGCAAGGCUAGCAUUAGUGAGGAGGCAGAGGAAGACUGU… 5912 nt 0.3939
NM_001352926.2 NCBI
GCACGCGCAGGGCGCCCCCGGCCCGCGCGGCGGCAGCGCGGGAGCAGGG… 5903 nt 0.3976
Showing 1 to 10 of 15 entries
Summary

This gene encodes a protein that belongs to a family of RNA-binding proteins. The encoded protein functions as a translational repressor during embryonic development and cell differentiation. This protein is also thought to be a positive regulator of cell proliferation in adipose-derived stem cells. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2013]

Forensic Context

A study in Sprague-Dawley rats demonstrated that the PUM2 mRNA was used as one of four original genes in an "up, no change, or down" model for wound age estimation in contused skeletal muscle, with its relative expression level simplified to a vector for analysis [Dang et al. DOI:10.1007/s00414-020-02411-z]. In human traumatic brain injury, a top up-regulated circular RNA derived from the parent gene PUM2 was identified, with its expression verified by qRT-PCR in brain injury tissues [Li et al. DOI:10.3389/fneur.2022.1086553].