Basic Information

Symbol
RAB18
RNA class
mRNA
Alias
RAB18, Member RAS Oncogene Family Ras-Related Protein Rab-18 RAB18 Small GTPase EC 3.6.5.2 RAB18LI1 WARBM3
Location (GRCh38)
10:27504174-27545117
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021252.5
Sequence length
4875.0 nt
GC content
0.3672

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1198.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1299.96 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1137.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001256410.2 NCBI
ACUCUGCUGAAGGGCUGAGAGGCGCACCCGGGCGGCCAGCUGGGCUCGG… 4962 nt 0.3682
NM_001256411.2 NCBI
ACUCUGCUGAAGGGCUGAGAGGCGCACCCGGGCGGCCAGCUGGGCUCGG… 4808 nt 0.3673
NM_001256412.2 NCBI
ACUCUGCUGAAGGGCUGAGAGGCGCACCCGGGCGGCCAGCUGGGCUCGG… 4683 nt 0.3686
NM_021252.5 NCBI
ACUCUGCUGAAGGGCUGAGAGGCGCACCCGGGCGGCCAGCUGGGCUCGG… 4875 nt 0.3672
Summary

The protein encoded by this gene is a member of a family of Ras-related small GTPases that regulate membrane trafficking in organelles and transport vesicles. Knockdown studies is zebrafish suggest that this protein may have a role in eye and brain development. Mutations in this gene are associated with Warburg micro syndrome type 3. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2012]

Forensic Context

A study in humans identified the RAB18 as a member of a ubiquitin-mediated proteolysis gene co-expression module that was downregulated in subjects with methamphetamine-associated psychosis (MAP) and was previously validated as a schizophrenia biomarker using a convergent functional genomics approach [Breen et al. DOI:10.1038/tp.2016.67].